| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 130 (2.210) | 78/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 108 (1.840) | 67/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 | catcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCaa > 2:1731158‑M2/71‑76 (MQ=255)catcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCaa > 2:908541‑M2/71‑76 (MQ=255)catcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCaa > 1:621144‑M2/71‑76 (MQ=255) gTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCACAAc > 1:516296‑M2/1‑75 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttatgttagcgcttatgggCCGCAACCCCg > 1:355849‑M2/66‑76 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg < 2:766266‑M2/11‑1 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat < 1:1760360‑M2/76‑6 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCATTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 2:1438651‑M2/1‑71 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 2:1150282‑M2/65‑76 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttacgttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 2:647633‑M2/64‑76 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:167859‑M2/1‑69 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 2:1028611‑M2/1‑67 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct < 1:1595937‑M2/17‑1 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct > 1:542329‑M2/60‑76 (MQ=255) aggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctgc > 2:12208‑M2/58‑76 (MQ=255) ccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa < 1:1288732‑M2/76‑15 (MQ=255) ccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa < 1:1579836‑M2/76‑15 (MQ=255) ccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa < 1:1572342‑M2/76‑15 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac < 1:1233210‑M2/76‑16 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact < 1:1176428‑M2/76‑17 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact > 2:845485‑M2/1‑60 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 1:332838‑M2/1‑59 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt < 2:1233904‑M2/23‑1 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg > 1:968093‑M2/53‑76 (MQ=255) aaTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta < 2:1564095‑M2/76‑19 (MQ=255) aaTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta > 1:1188685‑M2/1‑58 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 2:876056‑M2/76‑20 (MQ=255) tAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaag < 1:1107588‑M2/76‑21 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:1751759‑M2/29‑1 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 1:215660‑M2/30‑1 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 2:828996‑M2/32‑1 (MQ=255) cgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa > 1:86585‑M2/44‑76 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:1443140‑M2/42‑76 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt < 1:1859437‑M2/76‑30 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 2:1732877‑M2/76‑31 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:448424‑M2/37‑1 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:1706796‑M2/37‑1 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc > 2:937378‑M2/39‑76 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 1:547346‑M2/1‑44 (MQ=255) ccATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTTCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttacgggttgtggtattcc < 1:273621‑M2/76‑35 (MQ=255) ccATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattac < 1:1824372‑M2/76‑35 (MQ=255) ccATTCCGCTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattac > 2:371718‑M2/1‑42 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg < 1:1512393‑M2/76‑36 (MQ=255) cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg > 2:1854115‑M2/35‑76 (MQ=255) cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg > 1:1430797‑M2/35‑76 (MQ=255) aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc > 2:1778963‑M2/1‑40 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 2:263448‑M2/1‑38 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt < 1:808567‑M2/44‑1 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 2:1581484‑M2/1‑37 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 2:1273329‑M2/1‑37 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg < 1:692663‑M2/76‑40 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTc < 2:324456‑M2/45‑1 (MQ=255) cGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGGAAcccataagggctgacttaaggtttgtggtattacgcctga < 2:360876‑M2/76‑41 (MQ=255) cGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctga < 1:449682‑M2/76‑41 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 1:1304237‑M2/76‑42 (MQ=255) gttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGt < 2:580598‑M2/48‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCGTGATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat > 2:1406098‑M2/1‑33 (MQ=255) tcatcccttaagttagcgcttacgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGTCCTTCAAGGTTCAGTAt < 2:1496312‑M2/50‑1 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAt > 1:305138‑M2/27‑76 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg < 1:1219643‑M2/76‑45 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg < 1:1036111‑M2/76‑45 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa > 2:926474‑M2/25‑76 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 1:1144210‑M2/55‑1 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc < 1:1102201‑M2/57‑1 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac > 2:613583‑M2/1‑25 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt < 1:120595‑M2/76‑54 (MQ=255) ttATTCTGCACCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt > 1:1837775‑M2/1‑23 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 2:578033‑M2/59‑1 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 1:1695675‑M2/60‑1 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 1:446064‑M2/60‑1 (MQ=255) aggtagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 2:738894‑M2/60‑1 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAc > 1:751150‑M2/16‑76 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc > 1:376193‑M2/1‑21 (MQ=255) ttttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgcgcc < 2:289493‑M2/76‑57 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAcc < 1:1529500‑M2/62‑1 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc < 2:1820535‑M2/63‑1 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc > 2:1334691‑M2/14‑76 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc < 1:1122333‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAgg < 1:1491455‑M2/66‑1 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 2:130544‑M2/76‑62 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 2:42234‑M2/1‑15 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaa > 1:1620223‑M2/1‑14 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 1:711827‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 1:1410386‑M2/8‑76 (MQ=255) aCCGGGGCCGCACcccataagcgctaacttaagggttgcggtattacgcctgatatgatttaacgcgccgatgaat < 2:342151‑M2/76‑64 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaat < 1:365674‑M2/76‑64 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaat < 2:1617500‑M2/76‑64 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 1:1310206‑M2/7‑76 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt < 2:1547788‑M2/76‑65 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 1:678635‑M2/5‑76 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg < 2:497685‑M2/73‑1 (MQ=255) ggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactc < 2:21707‑M2/76‑69 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct < 1:1373644‑M2/76‑70 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctc > 2:1428655‑M2/1‑6 (MQ=255) gCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTc < 1:1269961/76‑1 (MQ=255) cAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCa < 1:1875292/76‑1 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 1:489532/1‑76 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:153235/1‑76 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:1497893/1‑76 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgat < 2:1934928‑M2/76‑76 (MQ=255) | AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |