| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 3737856 = | 77 (1.260) | 16 (0.290) | 10/136 | 4.3 | 16.3% | intergenic (‑30/+16) | waaL/waaV | Lipid A‑core, surface polymer ligase/putative beta1,3‑glucosyltransferase |
| ? | REL606 | 3738065 = | 95 (1.710) | coding (791/984 nt) | waaV | putative beta1,3‑glucosyltransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTAAAGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAATTTT > REL606/3737781‑3737930 | taaaaGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAggatggat > 2:192883/3‑76 (MQ=255) tAAAGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGatt < 1:286120/76‑1 (MQ=255) aaaGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGatta > 2:966664/1‑76 (MQ=255) aaaGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGatta > 2:1420797/1‑76 (MQ=255) aaaGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGatta < 1:176544/76‑1 (MQ=255) aaaGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGatta < 1:1416892/76‑1 (MQ=255) aGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGattatt > 2:805268/1‑76 (MQ=255) gACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTAttt < 2:1572675/76‑1 (MQ=255) aCTTTATACCAGAATTAATTTCATTACAACAAAATGACATATGTTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTa < 1:375337/76‑1 (MQ=255) cTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTaa > 1:613952/1‑76 (MQ=255) atgtataCCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTaa > 2:1171648/4‑76 (MQ=255) tttATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTaaaa < 2:1237625/76‑2 (MQ=255) tttATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAAt > 1:754308/1‑76 (MQ=255) tttATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTAAGCTACGAGGATGGATTATTaaaa < 2:1237624/76‑2 (MQ=255) tgtataCCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAAt > 2:950318/3‑76 (MQ=255) tgtataCCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAAt > 2:950307/3‑76 (MQ=255) ttATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATg < 1:468715/76‑1 (MQ=255) ttATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATg < 2:1851895/76‑1 (MQ=255) cAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGAt < 2:947917/76‑1 (MQ=255) aGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATc < 1:1539410/76‑1 (MQ=255) aGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATc < 1:1539394/76‑1 (MQ=255) aattaattTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTa > 2:1736909/1‑76 (MQ=255) attaattTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTaa < 1:405271/76‑1 (MQ=255) attaattTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTaa > 1:517054/1‑76 (MQ=255) attaagtTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTaa < 1:1311685/76‑1 (MQ=255) ttaattTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAAc < 1:926211/76‑1 (MQ=255) aattTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGt > 2:1001963/1‑76 (MQ=255) ttCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTa < 1:33975/76‑1 (MQ=255) ttCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCt < 2:498314/76‑1 (MQ=255) tCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCtt < 1:1298564/76‑1 (MQ=255) ccAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCttt > 1:103917/1‑76 (MQ=255) acaaAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCttttgg < 2:1374073/76‑3 (MQ=255) caaAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTcc > 2:446244/1‑76 (MQ=255) aaaaTGACATATATTTTCAACCTATGCTAAAATTCTCGCATACTTAATGCACGATCTAATGTTTATTCTTTTTctt > 1:1769489/1‑74 (MQ=255) aaaTGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTa < 2:1357631/76‑1 (MQ=255) aaaTGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTa < 2:1357618/76‑1 (MQ=255) aaTGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTAt < 1:769073/76‑1 (MQ=255) aaTGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTAt > 1:1413801/1‑76 (MQ=255) aTGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTAtt > 1:1911056/1‑76 (MQ=255) tGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTAttt < 2:165778/76‑1 (MQ=255) cATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTAcc < 1:1217390/76‑1 (MQ=255) tatatTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAg < 2:344862/76‑1 (MQ=255) atatTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGt < 1:91869/76‑1 (MQ=255) tatTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTc > 2:1413731/1‑76 (MQ=255) ttttCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCtt < 1:1225544/76‑1 (MQ=255) tttCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTa > 2:252021/1‑76 (MQ=255) ttCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTAc > 2:611111/1‑76 (MQ=255) ttCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTAc < 1:1368954/76‑1 (MQ=255) ttCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTAc < 1:1368950/76‑1 (MQ=255) aaCCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAt < 2:370959/76‑1 (MQ=255) aaCCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAt < 1:612161/76‑1 (MQ=255) aaCCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAt < 2:370965/76‑1 (MQ=255) aCCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAtc < 1:641251/76‑1 (MQ=255) ccTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAtcc < 2:1394984/76‑1 (MQ=255) cTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAtcct < 2:1689884/76‑1 (MQ=255) tATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAtcctc > 1:492238/1‑76 (MQ=255) aTGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAtcctcc < 1:1301587/76‑1 (MQ=255) aTGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCAtcctcc > 1:728359/1‑76 (MQ=255) tGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCa < 1:784533/76‑1 (MQ=255) gCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCag > 1:627596/1‑76 (MQ=255) tACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCagag > 2:1269318/1‑76 (MQ=255) cGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGaa < 1:462377/76‑1 (MQ=255) cGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGaa > 2:1764264/1‑76 (MQ=255) cGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGaa < 1:462384/76‑1 (MQ=255) cGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGaa > 1:124340/1‑76 (MQ=255) cGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGaa > 2:1251870/1‑76 (MQ=255) gAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAat < 1:1818574/76‑1 (MQ=255) gAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAat > 1:276916/1‑76 (MQ=255) aGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAata > 2:722173/1‑76 (MQ=255) ggatggatTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAatat < 2:932571/76‑1 (MQ=255) ggatggatTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAatat > 2:1335329/1‑76 (MQ=255) ggatggatTACTTAATGCAAGATCTAACGCTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAatat < 2:932578/76‑1 (MQ=255) gatagatTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTTCCATCCTCCAGAGAAtata < 2:1454555/76‑1 (MQ=255) tggatTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAAt > 1:1841205/1‑76 (MQ=255) gatTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAAttt < 1:1887985/76‑1 (MQ=255) cgttattTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAAttt > 2:60417/3‑76 (MQ=255) cgttattTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAAttt > 2:60437/3‑76 (MQ=255) cgttattTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAAttt > 2:1307341/3‑76 (MQ=255) attattTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAAtttt > 2:1261837/1‑76 (MQ=255) attattTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAAtttt < 2:849753/76‑1 (MQ=255) | TTAAAGACTTTATACCAGAATTAATTTCATTCCAACAAAATGACATATATTTTCAACCTATGCTACGAGGATGGATTATTTAATGCAAGATCTAACGTTTATTCTTTTTCCTATTTACCAGTCTTACCATCCTCCAGAGAATATAATTTT > REL606/3737781‑3737930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |