New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	REL606	= 3737261	87 (1.480)	6 (0.110)	6/142	5.7	6.7%	coding (566/1254 nt)	waaL	Lipid A‑core, surface polymer ligase
	?	REL606	= 3737695	85 (1.530)					coding (132/1254 nt)	waaL	Lipid A‑core, surface polymer ligase
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

GGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG  >  REL606/3737188‑3737336                                                                          |                                                                            ggCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGt                                                                           >  1:1447313/1‑76 (MQ=255)   cTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCt                                                                         <  2:901816/76‑1 (MQ=255)   cTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCt                                                                         <  2:1180599/76‑1 (MQ=255)   cTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCt                                                                         <  2:1515963/76‑1 (MQ=255)    tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa                                                                        <  1:418282/76‑1 (MQ=255)    tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa                                                                        <  1:1042926/76‑1 (MQ=255)    tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa                                                                        <  1:1149460/76‑1 (MQ=255)      cACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaaa                                                                      >  1:576014/1‑76 (MQ=255)       aCGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAg                                                                     <  2:815633/76‑1 (MQ=255)          cgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCg                                                                  >  2:1361201/1‑76 (MQ=255)          cgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCg                                                                  >  2:1390766/1‑76 (MQ=255)           gTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATNAAGTTAATTGTATATAATNTTGNNTTATGTCTAAAGTCgg                                                                 >  1:687280/1‑76 (MQ=255)            tttCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGa                                                                >  1:127119/1‑76 (MQ=255)            tttCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGa                                                                <  1:1191030/76‑1 (MQ=255)            tttCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGa                                                                >  1:251200/1‑76 (MQ=255)               cAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAttt                                                             <  2:616865/76‑1 (MQ=255)                aGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtttt                                                            <  2:346399/76‑1 (MQ=255)                    aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGCTTTTaaaa                                                        >  2:1308912/1‑76 (MQ=255)                    aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa                                                        >  2:876694/1‑76 (MQ=255)                      tATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATg                                                      >  2:271520/1‑76 (MQ=255)                        tGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgag                                                    <  1:1814949/76‑1 (MQ=255)                           cAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAt                                                 >  1:239029/1‑76 (MQ=255)                           cAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAt                                                 >  1:294282/1‑76 (MQ=255)                            aGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAtt                                                <  2:1652708/76‑1 (MQ=255)                            aGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAtt                                                <  1:489459/76‑1 (MQ=255)                              cacaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGa                                              >  2:1160564/1‑76 (MQ=255)                                caTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATg                                            >  1:1820002/1‑76 (MQ=255)                                 aTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGc                                           >  2:589589/1‑76 (MQ=255)                                  taagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATCAGAATTGATGcc                                          <  2:1697697/76‑1 (MQ=255)                                     gctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGt                                       <  1:89956/76‑1 (MQ=255)                                      ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa                                      >  1:290258/1‑76 (MQ=255)                                      ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa                                      >  1:377831/1‑76 (MQ=255)                                      ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa                                      >  1:377845/1‑76 (MQ=255)                                        aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa                                    >  2:1396590/1‑76 (MQ=255)                                        aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa                                    >  1:1233739/1‑76 (MQ=255)                                           cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa                                 <  2:1323083/76‑1 (MQ=255)                                           cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa                                 <  2:114933/76‑1 (MQ=255)                                           cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa                                 >  1:1313308/1‑76 (MQ=255)                                            aTGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGAAaagaag                                >  1:65506/1‑76 (MQ=255)                                             tGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAgg                               <  2:1687769/76‑1 (MQ=255)                                                aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa                            >  2:198055/1‑76 (MQ=255)                                                  ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa                          <  2:859011/76‑1 (MQ=255)                                                  ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa                          >  2:918666/1‑76 (MQ=255)                                                  ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa                          >  1:1499888/1‑76 (MQ=255)                                                   tAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAg                         >  1:558892/1‑76 (MQ=255)                                                   tAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAg                         >  1:385709/1‑76 (MQ=255)                                                    aaTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAgg                        <  1:642472/76‑1 (MQ=255)                                                     aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga                       <  2:1866387/76‑1 (MQ=255)                                                     aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga                       >  1:249948/1‑76 (MQ=255)                                                      ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat                      >  1:1026586/1‑76 (MQ=255)                                                      ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat                      >  1:636240/1‑76 (MQ=255)                                                      ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat                      >  1:1026599/1‑76 (MQ=255)                                                      ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat                      >  1:319080/1‑76 (MQ=255)                                                      ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATAAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat                      >  1:1026585/1‑76 (MQ=255)                                                         tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat                   >  1:782199/1‑76 (MQ=255)                                                          atataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGatgatg                  >  1:600065/1‑76 (MQ=255)                                                          atataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGatgatg                  >  1:436575/1‑76 (MQ=255)                                                           tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt                 <  2:1203598/76‑1 (MQ=255)                                                           tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt                 <  2:1203607/76‑1 (MQ=255)                                                           tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt                 <  2:187484/76‑1 (MQ=255)                                                           tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt                 >  1:1225643/1‑76 (MQ=255)                                                           tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt                 >  1:1225669/1‑76 (MQ=255)                                                           tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt                 >  2:1488837/1‑76 (MQ=255)                                                            ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa                >  1:440105/1‑76 (MQ=255)                                                            ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa                >  1:19832/1‑76 (MQ=255)                                                             taATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAg               >  2:1508549/1‑76 (MQ=255)                                                             taATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAg               >  1:1309504/1‑76 (MQ=255)                                                               aTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGcc             <  1:1368156/76‑1 (MQ=255)                                                                tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct            >  1:222413/1‑76 (MQ=255)                                                                tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct            <  2:474474/76‑1 (MQ=255)                                                                tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct            >  1:222417/1‑76 (MQ=255)                                                                tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct            >  1:425477/1‑76 (MQ=255)                                                                 gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg           >  2:289723/1‑76 (MQ=255)                                                                 gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg           >  1:604884/1‑76 (MQ=255)                                                                 gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg           >  1:750340/1‑76 (MQ=255)                                                                 gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg           <  2:1264261/76‑1 (MQ=255)                                                                 gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg           <  2:1264242/76‑1 (MQ=255)                                                                  ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc          >  1:103056/1‑76 (MQ=255)                                                                   tgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgct         >  1:834960/1‑76 (MQ=255)                                                                     ttttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgt       >  1:1403774/1‑76 (MQ=255)                                                                     ttttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgt       >  1:1233155/1‑76 (MQ=255)                                                                     ttttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgt       >  1:607687/1‑76 (MQ=255)                                                                        tATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt    >  1:451307/1‑76 (MQ=255)                                                                         aTGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTa   <  1:1295385/76‑1 (MQ=255)                                                                          tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg  >  1:1579056/1‑76 (MQ=255)                                                                          tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg  >  1:1579080/1‑76 (MQ=255)                                                                          tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg  >  1:1579087/1‑76 (MQ=255)                                                                          |                                                                            GGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG  >  REL606/3737188‑3737336

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.