New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2036832 = | 54 (0.920) | 7 (0.130) | 6/136 | 5.5 | 12.4% | coding (127/1113 nt) | wbbC | putative glycosyltransferase WbbC |
? | REL606 | 2037060 = | 50 (0.940) | coding (1071/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GATTATAGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGTATACTCCAAC > REL606/2036757‑2036904 | gATTATAGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACtat < 1:1648358/76‑1 (MQ=255) gATTATAGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACtat < 1:1648367/76‑1 (MQ=255) gATTATAGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACtat < 1:1648379/76‑1 (MQ=255) aTTATAGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACtatt < 1:561909/76‑1 (MQ=255) taGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTAttt < 1:206563/76‑1 (MQ=255) taGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTAttt < 1:206543/76‑1 (MQ=255) ggTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTca < 1:968861/76‑1 (MQ=255) ggTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTca < 1:968885/76‑1 (MQ=255) ggTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTca < 1:968874/76‑1 (MQ=255) tAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTcaca < 1:835647/76‑1 (MQ=255) atatTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaat > 1:255939/1‑76 (MQ=255) atatTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaat > 1:255964/1‑76 (MQ=255) tattatTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatc > 2:581349/1‑76 (MQ=255) tattatTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatc > 1:475494/1‑76 (MQ=255) attattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatca < 1:1415702/76‑1 (MQ=255) attattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatca > 1:1393133/1‑76 (MQ=255) attattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatca > 1:1393132/1‑76 (MQ=255) ttattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatcaa < 1:322980/76‑1 (MQ=255) ttattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatcaa < 1:781984/76‑1 (MQ=255) ttattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatcaa < 1:322995/76‑1 (MQ=255) ttattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatcaa < 1:822557/76‑1 (MQ=255) ttattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatcaa < 1:822539/76‑1 (MQ=255) ttattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatcaa < 1:322968/76‑1 (MQ=255) tattGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCAcaatcaat > 1:1201291/1‑76 (MQ=255) attGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACaatcaatc > 2:1385558/1‑76 (MQ=255) attGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACaatcaatc > 1:1816805/1‑76 (MQ=255) ttttCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCAt > 2:88970/1‑76 (MQ=255) ttCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCg > 1:1774664/1‑76 (MQ=255) tCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGa > 1:1163736/1‑76 (MQ=255) aaaaTTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATAtt < 2:1465891/76‑1 (MQ=255) aaCAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTaa > 2:445203/1‑76 (MQ=255) aaTTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAatat > 2:912151/1‑76 (MQ=255) aTTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATAtt > 1:1036531/1‑76 (MQ=255) aTTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATAtt > 1:1036502/1‑76 (MQ=255) tCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATAtttt > 1:579629/1‑76 (MQ=255) tCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATAtttt > 1:579611/1‑76 (MQ=255) tCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATAtttt > 2:1489994/1‑76 (MQ=255) ttAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTg > 1:1315462/1‑76 (MQ=255) aaCAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCa > 1:187753/1‑76 (MQ=255) aGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAAtt < 2:528891/76‑1 (MQ=255) aGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAAtt > 2:1298818/1‑76 (MQ=255) ggATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTaa < 2:75062/76‑1 (MQ=255) ggATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTaa > 1:358808/1‑76 (MQ=255) atatTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAAt > 1:555176/1‑76 (MQ=255) atTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAAtct > 1:1087781/1‑76 (MQ=255) atTAGCCTGGCGCACAACTACTATTTCACACTCAATCCCATCGAATATTTCCTTAATATTTTTTGCCATTACAtat > 1:245288/1‑74 (MQ=255) ccTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTaaa > 2:1862733/1‑76 (MQ=255) ccTGGTGAACAACGATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTaaa < 1:94204/76‑1 (MQ=255) gTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGtat > 2:118548/1‑76 (MQ=255) gTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGtat < 1:581349/76‑1 (MQ=255) tGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGtata < 1:1287887/76‑1 (MQ=255) acaacTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGTATACTc > 1:520378/1‑76 (MQ=255) acTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGTATACTCCaa > 1:750100/1‑76 (MQ=255) tttttattTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGTATACTCCAAc > 2:156483/4‑76 (MQ=255) cTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGTATACTCCAAc > 1:57872/1‑76 (MQ=255) | GATTATAGGTAATATTATTGTTTTCTGGAAAATTGAACAATTCTTTAACAGGGATATTAGCCTGGTGAACAACTATTATTTCACAATCAATCCCATCGAATATTTCATTAATATTTTTTGCAATTAAATCTCTAAAGTATACTCCAAC > REL606/2036757‑2036904 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |