New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2042091 = | 53 (0.900) | 8 (0.150) | 7/140 | 5.2 | 10.7% | coding (730/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) |
? | REL606 | 2042518 = | 84 (1.530) | coding (303/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TAAGTTACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGT > REL606/2042021‑2042164 | tAAGTTACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTAATTGCAGGTAGGCTAGAGATCTGATTAGCATGTGTAAATTGcc > 1:784080/1‑76 (MQ=255) ttACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTAc > 1:1118640/1‑76 (MQ=255) ttACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTAc > 1:406168/1‑76 (MQ=255) ttACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTAc > 1:1839074/1‑76 (MQ=255) ttACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTAc > 1:1484648/1‑76 (MQ=255) ttACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTAc > 2:356280/1‑76 (MQ=255) tACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACa < 1:801923/76‑1 (MQ=255) ctctctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAg > 2:1421464/1‑76 (MQ=255) tctctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGc < 1:716828/76‑1 (MQ=255) tctctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACACTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAgt < 1:716840/76‑2 (MQ=255) ctctGAATAATATTCGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACACGcc > 2:495027/1‑75 (MQ=255) ctctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCt > 1:954498/1‑76 (MQ=255) tctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtg > 1:807899/1‑76 (MQ=255) tctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtg < 2:1104664/76‑1 (MQ=255) tctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtg < 1:1430518/76‑1 (MQ=255) ctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtgt > 2:1491015/1‑76 (MQ=255) ctGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtgt > 2:1491032/1‑76 (MQ=255) tGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtgtg > 2:1621857/1‑76 (MQ=255) tGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtgtg > 1:603188/1‑76 (MQ=255) tGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtgtg > 1:47807/1‑76 (MQ=255) tGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCtgtg > 1:47805/1‑76 (MQ=255) gAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTgtgg > 1:697607/1‑76 (MQ=255) ataataTTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTgtggtg < 2:773620/76‑1 (MQ=255) tAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTaaaaaa < 2:221308/76‑1 (MQ=255) gtCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCta < 2:402842/76‑1 (MQ=255) tCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCtat < 1:1846733/76‑1 (MQ=255) cATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCtata > 1:1336844/1‑76 (MQ=255) cATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCtata > 1:1464809/1‑76 (MQ=255) ttGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTAtaat < 2:1310551/76‑1 (MQ=255) cAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTAtaattaa > 1:817676/1‑76 (MQ=255) tAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatatat < 1:577862/76‑1 (MQ=255) tAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatatat < 1:607805/76‑1 (MQ=255) tAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatatat < 1:607818/76‑1 (MQ=255) agagATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatatata < 1:1795867/76‑1 (MQ=255) gaTCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATAttt < 2:1496369/76‑1 (MQ=255) tGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAAt > 2:1006795/1‑76 (MQ=255) tGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAAt < 1:1757789/76‑1 (MQ=255) tGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAAt < 2:1820301/76‑1 (MQ=255) tGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAAt < 2:1820285/76‑1 (MQ=255) gATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATa > 1:718440/1‑76 (MQ=255) aTTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATaa < 2:748808/76‑1 (MQ=255) gCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAg < 1:1206048/76‑1 (MQ=255) gCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAg > 1:577783/1‑76 (MQ=255) gCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAg < 1:367683/76‑1 (MQ=255) gCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAg < 1:1826032/76‑1 (MQ=255) gCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAg < 1:1206063/76‑1 (MQ=255) gCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAg < 1:1206062/76‑1 (MQ=255) cTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCt < 1:336169/76‑1 (MQ=255) gtgtAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTc < 1:178911/76‑1 (MQ=255) gtgtAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTc < 1:178905/76‑1 (MQ=255) gtgtAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTc < 1:178892/76‑1 (MQ=255) aaaTTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAgc > 2:795175/1‑75 (MQ=255) aaaTTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGt > 2:1622276/1‑76 (MQ=255) | TAAGTTACTCTCTGAATAATATTAGTAAGTGTCATTGCAGGTACGCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGT > REL606/2042021‑2042164 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |