| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2037848 = | 51 (1.040) | 28 (0.620) | 13/140 | 2.4 | 29.5% | coding (283/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
| ? | REL606 | 2038306 = | 86 (1.890) | coding (643/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
TGAAATTACTCCGCCTCCGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTAT > REL606/2037774‑2037923 | tGAAATTACTCCGCCTCCGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATataat > 1:1454764/1‑76 (MQ=255) tACTCCGCCTCCGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCt < 1:1438528/76‑1 (MQ=255) cctccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACaaa > 1:939827/1‑76 (MQ=255) cctcgcTCATTATGACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTa < 2:894376/73‑1 (MQ=255) cgcTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaggg < 2:1433545/76‑4 (MQ=255) cgcTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaaaa < 1:1415325/76‑1 (MQ=255) cgcTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGATATATATAATAATTCTAAACAAATTaggg < 2:1433561/76‑4 (MQ=255) attattACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAACAAAATg > 1:879890/1‑76 (MQ=255) attattACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATg > 1:879867/1‑76 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg < 1:638288/76‑1 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg < 1:638289/76‑1 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg < 1:638309/76‑1 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg < 1:1534608/76‑1 (MQ=255) attaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCg > 1:1553280/1‑76 (MQ=255) taCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGAt > 2:24563/1‑76 (MQ=255) taCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGAt > 2:724387/1‑76 (MQ=255) aCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATc < 1:197342/76‑1 (MQ=255) aCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATc < 1:351149/76‑1 (MQ=255) caaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTgtact > 1:224877/1‑76 (MQ=255) aaaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctacta > 2:1021624/1‑76 (MQ=255) aaaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctacta > 1:209066/1‑76 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAt > 1:1492243/1‑76 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAt > 1:1492239/1‑76 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAt > 1:550251/1‑76 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGCCGATCGGTCTACTAt > 1:1389570/1‑76 (MQ=255) aTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAtt > 1:1134016/1‑76 (MQ=255) aTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAtt > 1:1134015/1‑76 (MQ=255) tAAGCCTGTCTTAAATACGTATGGTATATTTAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAAATGCCATCGGGCTCCCAttt > 1:762641/1‑75 (MQ=255) tAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTa > 1:74494/1‑76 (MQ=255) aGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTCCTATTAGa > 1:329906/1‑76 (MQ=255) aGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGa > 1:1166408/1‑76 (MQ=255) aGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGa > 1:329914/1‑76 (MQ=255) ccTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAAt > 1:573598/1‑76 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 1:590639/1‑76 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 1:590628/1‑76 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 1:195208/1‑76 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 1:590661/1‑76 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGCCTACTATTAGAATc > 1:678469/1‑76 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa > 1:1134466/1‑76 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa < 2:815627/76‑1 (MQ=255) gTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAg < 1:1545327/76‑1 (MQ=255) tttggtatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGc < 2:1301221‑M1/52‑1 (MQ=255) tttggtatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGc < 2:1491564‑M1/52‑1 (MQ=255) tttggtatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGc < 2:1301233‑M1/52‑1 (MQ=255) tATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGc > 1:814401/1‑76 (MQ=255) tATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGc > 1:814417/1‑76 (MQ=255) ttggtatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTCTTAGAATCAGCt < 2:1137094‑M1/53‑1 (MQ=255) ttggtatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCt < 2:1137076‑M1/53‑1 (MQ=255) ttAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTa > 1:517608/1‑76 (MQ=255) ttAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTa > 1:283457/1‑76 (MQ=255) aaaTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAt > 1:680329/1‑76 (MQ=255) tatcaagctagattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtt < 2:415357‑M1/57‑1 (MQ=255) tatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtt < 2:1445220‑M1/57‑1 (MQ=255) tatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtt < 2:415369‑M1/57‑1 (MQ=255) tatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtt < 2:1445237‑M1/57‑1 (MQ=255) tatcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtt < 2:415352‑M1/57‑1 (MQ=255) aTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAttt > 1:1440621/1‑76 (MQ=255) tcaagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtttt < 2:129161‑M1/59‑1 (MQ=255) aagctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgt < 2:882336‑M1/61‑1 (MQ=255) gTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgtt > 1:233172/1‑76 (MQ=255) agctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgtt < 2:1231345‑M1/62‑1 (MQ=255) gctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgttg < 2:1439001‑M1/63‑1 (MQ=255) gctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgttg < 2:350281‑M1/63‑1 (MQ=255) ctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTtgttgt < 2:89573‑M1/64‑1 (MQ=255) ctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTtgttgt < 2:499282‑M1/64‑1 (MQ=255) ctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTtgttgt < 2:1569927‑M1/64‑1 (MQ=255) ctaaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTtgttgt < 2:499278‑M1/64‑1 (MQ=255) taaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTACTTTTGTTGTa < 2:1157628‑M1/65‑1 (MQ=255) taaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTa < 2:1157648‑M1/65‑1 (MQ=255) taaattgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTa < 2:1157636‑M1/65‑1 (MQ=255) attgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGt < 2:1336429‑M1/68‑1 (MQ=255) ttgttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTg < 2:1075673‑M1/69‑1 (MQ=255) tcgtaataaTTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGt > 2:1175101/4‑76 (MQ=255) ttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGtt < 2:500479‑M1/72‑1 (MQ=255) ttacATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGtt < 2:500481‑M1/72‑1 (MQ=255) taataaTTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGtttt > 2:1283098/1‑76 (MQ=255) cATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTa < 2:1147691‑M1/75‑1 (MQ=255) cATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTa < 2:1147672‑M1/75‑1 (MQ=255) aataatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTa < 1:708518/76‑1 (MQ=255) ATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTAt > 1:82813‑M1/1‑76 (MQ=255) | TGAAATTACTCCGCCTCCGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTAT > REL606/2037774‑2037923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |