| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2037848 = | 51 (1.040) | 28 (0.620) | 13/140 | 2.4 | 29.5% | coding (283/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
| ? | REL606 | 2038306 = | 86 (1.890) | coding (643/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATTCTCTC > REL606/2038231‑2038376 | taaaaccacttacaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatg < 2:1147691‑M2/1‑1 (MQ=255)taaaaccacttacaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatg < 2:1147672‑M2/1‑1 (MQ=255)cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATg > 1:872107/1‑76 (MQ=255)cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATg < 1:1147691/76‑1 (MQ=255) aCCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGt < 1:1002141/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 1:500479/76‑1 (MQ=255) aaccacttacaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTaa < 2:500481‑M2/4‑1 (MQ=255) aaccacttacaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTaa < 2:500479‑M2/4‑1 (MQ=255) aaTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaaa > 1:976755/1‑75 (MQ=255) aaTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAAc > 1:1113683/1‑76 (MQ=255) tCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACaa < 1:1075673/76‑1 (MQ=255) cacttacaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACaa < 2:1075673‑M2/7‑1 (MQ=255) cTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAt < 1:1336429/76‑1 (MQ=255) acttacaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAAt < 2:1336429‑M2/8‑1 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAtt < 1:1086453/76‑1 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt > 1:679322/1‑76 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt > 1:509435/1‑76 (MQ=255) tacaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTa < 2:1157636‑M2/11‑1 (MQ=255) tacaacaaaagtagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTa < 2:1157628‑M2/11‑1 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 1:1157636/76‑1 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 1:1157648/76‑1 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 1:1157628/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:499278/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:1569927/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:499282/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:1006608/76‑1 (MQ=255) acaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAg < 2:1569927‑M2/12‑1 (MQ=255) acaacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAg < 2:499278‑M2/12‑1 (MQ=255) caacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGc < 2:1439001‑M2/13‑1 (MQ=255) caacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGc < 2:350281‑M2/13‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAgn < 1:915611/76‑2 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:350281/76‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:825803/76‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:1439001/76‑1 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCt < 1:1421323/76‑1 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCt < 1:1231345/76‑1 (MQ=255) aacaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCt < 2:1231345‑M2/14‑1 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt < 1:882336/76‑1 (MQ=255) acaaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCtt < 2:882336‑M2/15‑1 (MQ=255) atatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTg > 1:836311/1‑76 (MQ=255) tatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGa < 1:129161/76‑1 (MQ=255) aaaattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGa < 2:129161‑M2/17‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:415352/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:415357/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:415369/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:1445220/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:1445237/76‑1 (MQ=255) aattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGATa < 2:1445220‑M2/19‑1 (MQ=255) aattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGATa < 2:415369‑M2/19‑1 (MQ=255) aattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGATa < 2:415352‑M2/19‑1 (MQ=255) aattagctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATCTAGCTTGATa < 2:415357‑M2/19‑1 (MQ=255) aaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCa < 1:160633/76‑1 (MQ=255) aaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCa < 1:160652/76‑1 (MQ=255) agctgattctaagagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGATACCaa < 2:1137094‑M2/23‑1 (MQ=255) aTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaa < 1:1137094/76‑1 (MQ=255) aTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaa < 1:1137076/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:563971/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa > 1:1297742/1‑76 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1491564/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1456822/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1301233/76‑1 (MQ=255) ggTTCAATGAAGGCACATGGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTGTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1301221/75‑1 (MQ=255) gctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 2:1301233‑M2/24‑1 (MQ=255) gctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 2:1491564‑M2/24‑1 (MQ=255) gctgattctaatagtagaccgatcgccatttttttaatttgtttagaattatGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 2:1301221‑M2/24‑1 (MQ=255) tGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATc > 1:1305630/1‑76 (MQ=255) aaGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtg > 2:1149203/1‑76 (MQ=255) aGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtgt > 2:73800/1‑76 (MQ=255) cacaTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTc > 1:1567644/1‑76 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat < 1:812056/76‑1 (MQ=255) tatTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATg < 1:847955/76‑1 (MQ=255) tatTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATg < 1:847952/76‑1 (MQ=255) ttAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGAc > 1:746593/1‑76 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACt < 1:601181/76‑1 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACt < 1:601170/76‑1 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACt < 1:601167/76‑1 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa > 1:1108348/1‑76 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa > 1:1108365/1‑76 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa > 1:1108351/1‑76 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa > 1:548020/1‑76 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa > 1:548034/1‑76 (MQ=255) cGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGaa < 1:1260089/76‑1 (MQ=255) cGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGaa < 1:1495011/76‑1 (MQ=255) cGTTGTTTACCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGaa > 1:1503648/1‑76 (MQ=255) tgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATaa > 2:1026215/1‑76 (MQ=255) tgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATaa > 1:589218/1‑76 (MQ=255) tgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATaa > 1:589206/1‑76 (MQ=255) tgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCCTTTTCTATATCAATTAAATGACTACGCATaa > 1:1026215/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTTACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTTTTTCTATATCACTTAAATGAATAACAAAAAATtc > 2:694221/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTTACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGACTAAAttt > 2:1032596/1‑75 (MQ=255) tATCATTATGTTACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc > 2:1032588/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTTACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc > 2:1032581/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTTACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc > 2:513152/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAAttt > 1:1032588/1‑75 (MQ=255) tATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc < 1:1164846/76‑1 (MQ=255) tATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc > 1:1032596/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc > 1:1032581/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc < 1:1532807/76‑1 (MQ=255) tATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCAAATCTGCGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATACATtc > 1:513152/1‑76 (MQ=255) aTTATGTAACAATTTAGCTTGATAACAAACCGCATCTGAGTTTTTATCCATTAAATAACTAAAAATACATtctctc > 1:591652/1‑76 (MQ=255) | CACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATTCTCTC > REL606/2038231‑2038376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |