New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2038074 = | 73 (1.230) | 12 (0.230) | 9/134 | 4.6 | 16.7% | coding (57/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
? | REL606 | 2038286 = | 55 (1.040) | coding (663/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACAGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCCTCT > REL606/2038000‑2038149 | gttgTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCaa > 2:955682/4‑76 (MQ=255) aCAGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCaa < 1:996051/76‑1 (MQ=255) aCAGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCaa < 1:1537893/76‑1 (MQ=255) aGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAata < 1:20857/76‑1 (MQ=255) tttCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATAtt < 1:1602045/76‑1 (MQ=255) cTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAg < 2:616806/76‑1 (MQ=255) gATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCg < 1:231584/76‑1 (MQ=255) gATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCg < 1:44372/76‑1 (MQ=255) tttAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTa > 2:1152947/1‑76 (MQ=255) tttAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTa < 1:1586956/76‑1 (MQ=255) tAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAg > 2:1285189/1‑76 (MQ=255) tAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAg > 2:1285180/1‑76 (MQ=255) tAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAg < 1:922987/76‑1 (MQ=255) aaaCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGa < 1:309421/76‑1 (MQ=255) aaaCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGa < 1:1330147/76‑1 (MQ=255) aCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAAt < 1:550898/76‑1 (MQ=255) aCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAAt < 1:224136/76‑1 (MQ=255) aCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAAt < 1:220701/76‑1 (MQ=255) ccccATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAAtt < 1:1425514/76‑1 (MQ=255) ccATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAg < 1:887512/76‑1 (MQ=255) cATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGt < 1:515954/76‑1 (MQ=255) cATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGt > 1:708927/1‑76 (MQ=255) cATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGt < 1:803120/76‑1 (MQ=255) ttAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTaa < 1:893257/76‑1 (MQ=255) aaaTCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAAtg < 1:1754555/76‑1 (MQ=255) aaTCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAAtgt < 1:871610/76‑1 (MQ=255) aTCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTTTTAATTCAAATGTTGCAGCCATATTTACCGTAAGAATTAGTAAtgtg > 1:987735/1‑76 (MQ=255) aTCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAAtgtg > 1:1600758/1‑76 (MQ=255) cGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGAt < 1:777103/76‑1 (MQ=255) gCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGAtt < 2:580217/76‑1 (MQ=255) ccAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTg > 1:878242/1‑76 (MQ=255) ccAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTg > 1:878263/1‑76 (MQ=255) ccAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTg > 1:878268/1‑76 (MQ=255) aatcaatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGgt > 1:570798/1‑76 (MQ=255) atcaatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGAAATGTGATTGgtg > 1:910867/1‑76 (MQ=255) tcaatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGgtgt < 1:1444939/76‑1 (MQ=255) tcaatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGgtgt < 1:1444941/76‑1 (MQ=255) caatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTc > 1:1533658/1‑76 (MQ=255) caatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTc > 1:771857/1‑76 (MQ=255) caatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTc < 2:32287/76‑1 (MQ=255) aataatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCg > 2:929111/1‑76 (MQ=255) ataatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTCAGCGTAAGAATTAGTAATGTGCTTGGTGTCgt > 1:1844228/1‑76 (MQ=255) taatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgtg > 1:1763454/1‑76 (MQ=255) cACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTaaaa > 1:1436575/1‑76 (MQ=255) cACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTaaaa > 1:700075/1‑76 (MQ=255) aCTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTaaaaa > 1:1709378/1‑76 (MQ=255) cTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAt < 1:365117/76‑1 (MQ=255) cTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAt < 1:1525619/76‑1 (MQ=255) ttgttTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAtttt > 1:33872/1‑76 (MQ=255) ttgttTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAtttt > 1:1397539/1‑76 (MQ=255) ttgttTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAtttt > 1:1674407/1‑76 (MQ=255) ttgttTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAtttt > 1:1674437/1‑76 (MQ=255) tgttTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAttttt > 1:1254380/1‑76 (MQ=255) ttATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTtct > 1:666749/1‑76 (MQ=255) ataACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCa > 1:1789167/1‑76 (MQ=255) cTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTa < 2:510014/76‑1 (MQ=255) cTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTa > 1:1636002/1‑76 (MQ=255) tACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTaa > 2:1099524/1‑76 (MQ=255) tACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTaa > 2:1099546/1‑76 (MQ=255) ctaaaTTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTaa > 2:337281/4‑76 (MQ=255) ctaaaTTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTaa > 2:337268/4‑76 (MQ=255) aCAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAAt > 2:1690971/1‑76 (MQ=255) aaTTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATta < 1:225419/76‑1 (MQ=255) aTTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTTTTATTTAATtat > 1:1058715/1‑76 (MQ=255) aTTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATtat > 1:521103/1‑76 (MQ=255) ttgttgCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATtata < 1:1093110/76‑1 (MQ=255) tgttgCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATaa < 1:973520/76‑1 (MQ=255) ttgCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATc > 2:655994/1‑76 (MQ=255) gcagcaATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCtt < 1:1214153/76‑1 (MQ=255) cagcaATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTc > 1:1067794/1‑76 (MQ=255) agcaATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTcc > 1:807378/1‑76 (MQ=255) gcaATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCct > 1:590830/1‑76 (MQ=255) gcaATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCct > 1:1524106/1‑76 (MQ=255) aaTATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCctct < 2:28449/76‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCctct < 1:1741896/76‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCctct < 1:1741887/76‑1 (MQ=255) | ACAGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCCTCT > REL606/2038000‑2038149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |