New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2038074 = | 73 (1.230) | 12 (0.230) | 9/134 | 4.6 | 16.7% | coding (57/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
? | REL606 | 2038286 = | 55 (1.040) | coding (663/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAAACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTA > REL606/2038212‑2038361 | gAAACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTaa < 2:1129239/76‑1 (MQ=255) aaaCAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTGAt > 1:607822/1‑76 (MQ=255) caacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCg < 1:702140/76‑1 (MQ=255) aacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgt < 1:1624986/76‑1 (MQ=255) aacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgt < 1:881300/76‑1 (MQ=255) acaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgtt > 1:1885950/1‑76 (MQ=255) caaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttg < 1:827352/76‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgtt < 1:1337733/76‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgtt < 1:1637280/76‑1 (MQ=255) ttCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGttt < 1:1373137/76‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTAt < 1:423328/76‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTAt < 1:423355/76‑1 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGTGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCa < 1:1850510/76‑1 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCa > 1:1733548/1‑76 (MQ=255) cTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCAt < 1:1833100/76‑1 (MQ=255) cTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCAt > 2:574265/1‑76 (MQ=255) tCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTAt > 1:1748639/1‑76 (MQ=255) tCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTAt < 1:1762955/76‑1 (MQ=255) tCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTAt > 1:888113/1‑76 (MQ=255) cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATg < 1:414446/76‑1 (MQ=255) cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATg < 1:425828/76‑1 (MQ=255) ccAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa < 1:1432792/76‑1 (MQ=255) caaaTCTTCCGGGATATGAAATGTTCAATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa < 2:1503461/74‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 1:1884858/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACa < 1:1509891/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACa < 1:1297113/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACa > 1:875119/1‑76 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACa < 1:1297106/76‑1 (MQ=255) cTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAt > 1:1769517/1‑76 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAtt < 1:1773950/76‑1 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCGTTATGTAACAAttt > 1:535358/1‑76 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt < 1:528198/76‑1 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 1:881006/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:337268/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:929111/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATCAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTCAg < 1:337281/76‑1 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCt > 2:1147569/1‑76 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCt > 2:1147571/1‑76 (MQ=255) atatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTg < 1:110406/76‑1 (MQ=255) cccaaaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGAt > 2:1542884/4‑76 (MQ=255) atGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGAt < 1:1690971/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:438548/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:1507169/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:1078941/76‑1 (MQ=255) gAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc < 1:410563/76‑1 (MQ=255) gAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc < 1:864593/76‑1 (MQ=255) gAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc < 1:1376027/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1286126/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1286125/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1286097/76‑1 (MQ=255) cATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTa < 2:771857/76‑1 (MQ=255) aGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtgt < 1:1099524/76‑1 (MQ=255) aGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtgt < 1:1099546/76‑1 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat > 1:876776/1‑76 (MQ=255) gCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCaa > 1:1686132/1‑76 (MQ=255) ttAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGAc < 1:1883325/76‑1 (MQ=255) aaTTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGagaa < 2:885476/76‑4 (MQ=255) | GAAACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTA > REL606/2038212‑2038361 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |