New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2041245 = | 50 (0.840) | 14 (0.250) | 11/140 | 4.1 | 17.6% | coding (139/1113 nt) | vioA | VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
? | REL606 | 2041495 = | 84 (1.520) | coding (1326/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAATTAAACATAGACACCAT > REL606/2041420‑2041570 | cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata > 2:449907/1‑76 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata < 1:52089/76‑1 (MQ=255) aTAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattatat < 1:987754/76‑1 (MQ=255) aTAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattatat < 1:749412/76‑1 (MQ=255) aaaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAttt < 1:422204/76‑1 (MQ=255) aaaTAATTCTTTGTTCATAAATCGAAATAGGGGGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAttt < 1:1473377/76‑1 (MQ=255) atatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaa < 1:1699735/76‑1 (MQ=255) atatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaa < 1:384537/76‑1 (MQ=255) atatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaa < 1:1699751/76‑1 (MQ=255) atatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaa < 1:1461729/76‑1 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATttatta < 1:1150265/76‑1 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaata < 2:1124315/76‑1 (MQ=255) tttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaataa < 1:22621/76‑1 (MQ=255) ttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATaaa < 1:222507/76‑1 (MQ=255) ttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATaaa < 1:393376/76‑1 (MQ=255) tCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAg < 1:968373/76‑1 (MQ=255) tttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGt > 1:1139142/1‑76 (MQ=255) tGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTc < 1:52633/76‑1 (MQ=255) tGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTc > 1:548370/1‑76 (MQ=255) tGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTc < 1:52636/76‑1 (MQ=255) tGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTc > 1:548363/1‑76 (MQ=255) tGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTc > 1:548373/1‑76 (MQ=255) ttACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTcc > 2:513956/2‑76 (MQ=255) ttACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTcc > 2:513958/2‑76 (MQ=255) tACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCa < 1:1313203/76‑1 (MQ=255) tACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCa > 2:1805632/1‑76 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt < 1:1474410/76‑1 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt > 1:1824026/1‑76 (MQ=255) cATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATa < 1:15601/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 1:1118407/76‑1 (MQ=255) aaTTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACtt > 1:655955/1‑76 (MQ=255) aTTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTa > 1:107026/1‑76 (MQ=255) ttCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAt > 1:57590/1‑76 (MQ=255) tCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAtt > 1:1335417/1‑76 (MQ=255) ggAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAttt < 1:832226/75‑1 (MQ=255) cGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAttt < 2:429291/76‑1 (MQ=255) gAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTc < 1:11848/76‑1 (MQ=255) aTTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCAt > 1:1497136/1‑76 (MQ=255) gtgtGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtat < 1:1310026/76‑1 (MQ=255) gtgtGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtat < 1:825649/76‑1 (MQ=255) tgtgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtata < 2:364422/76‑1 (MQ=255) tgtgATGTATATAATGGCATGTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtata < 1:364422/76‑1 (MQ=255) ttgATGTATATAATGGCATTTAGTAAGAGAGGAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATGCTTATTTCATTTataa < 2:520947/75‑1 (MQ=255) gtgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTataa < 1:520947/76‑1 (MQ=255) gtgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTataa < 1:768461/76‑1 (MQ=255) aTGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAatat > 2:1581578/1‑76 (MQ=255) tGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAAtata < 1:586772/76‑1 (MQ=255) tGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTACAAtata < 1:586795/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTGATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 1:1017789/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 1:1159261/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 2:516975/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTCCATTTATAATATAg < 1:1159287/76‑1 (MQ=255) tatataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGt < 1:1723750/76‑1 (MQ=255) tatataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAACAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGt < 1:1723735/76‑1 (MQ=255) gatataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGt < 2:1723735/75‑1 (MQ=255) gatataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGt < 2:1723750/75‑1 (MQ=255) atataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGtt < 2:1403148/76‑1 (MQ=255) atataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGtt < 1:1468437/76‑1 (MQ=255) atataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGtt < 1:1403148/76‑1 (MQ=255) atataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGtt < 1:1468416/76‑1 (MQ=255) tataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTa > 1:894082/1‑76 (MQ=255) tataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTa > 2:1910518/1‑76 (MQ=255) tataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTa < 2:1497136/76‑1 (MQ=255) ataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAg < 1:1826091/76‑1 (MQ=255) ataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAg > 2:1709251/1‑76 (MQ=255) tGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAAcc > 1:322956/1‑76 (MQ=255) tGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAAcc > 1:322965/1‑76 (MQ=255) cATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTaa > 1:1397471/1‑76 (MQ=255) aTTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAAc < 1:652508/76‑1 (MQ=255) aTTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAAc < 1:652527/76‑1 (MQ=255) tttAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAAcc > 2:1489157/1‑76 (MQ=255) tttAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAAcc < 1:646661/76‑1 (MQ=255) tttAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAAcc > 1:852438/1‑76 (MQ=255) tttAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAAcc > 1:852416/1‑76 (MQ=255) ttAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAAccc < 2:1294101/76‑1 (MQ=255) taaAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTa > 2:619967/1‑76 (MQ=255) aaaaTAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTaa > 1:1468274/1‑76 (MQ=255) aaaaTAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTaa > 1:1468294/1‑76 (MQ=255) aaaaTAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTaa > 1:1847936/1‑76 (MQ=255) aaTAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAAtt > 2:1726689/1‑76 (MQ=255) tAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAATTaa > 1:1723289/1‑76 (MQ=255) aGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAAttcga < 2:1335417/76‑4 (MQ=255) aaaTATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAATTAAACAt > 2:1841636/1‑76 (MQ=255) atattatattTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAATTAAACATAg < 1:91369/76‑1 (MQ=255) attTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAATTAAACATAGACACCat > 2:1636058/1‑76 (MQ=255) attTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAATTAAACATAGACACCat > 1:1883358/1‑76 (MQ=255) | CATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAACCCACTAATTAAACATAGACACCAT > REL606/2041420‑2041570 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |