New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2038074 = | 55 (0.920) | 8 (0.150) | 7/134 | 5.6 | 12.7% | coding (57/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
? | REL606 | 2038286 = | 61 (1.140) | coding (663/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCCTCT > REL606/2038001‑2038149 | cAGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAat > 1:643078/1‑76 (MQ=255) aGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAata > 1:707845/1‑76 (MQ=255) tCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTaa > 1:1096522/1‑76 (MQ=255) cTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAg > 1:1771932/1‑76 (MQ=255) gATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATAATGAGCg < 2:1463508/76‑1 (MQ=255) tttAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTa < 1:1410363/76‑1 (MQ=255) ttAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTaa < 2:1450277/76‑1 (MQ=255) aaCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGaa < 2:525876/76‑1 (MQ=255) aaCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGaa > 1:735058/1‑76 (MQ=255) aCCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAAt < 1:1380837/76‑1 (MQ=255) cccATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTa < 1:708685/76‑1 (MQ=255) cATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGt < 2:1661098/76‑1 (MQ=255) cATCAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGt < 1:453792/76‑1 (MQ=255) aaaTCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAAtg > 2:749183/1‑76 (MQ=255) aaTCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAAtgt < 1:1494174/76‑1 (MQ=255) aTCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAAtgtg < 2:1618504/76‑1 (MQ=255) tCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGa < 1:1752553/76‑1 (MQ=255) tCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGa < 2:478713/76‑1 (MQ=255) cGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGAt > 2:1443068/1‑76 (MQ=255) gCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGAtt < 1:605950/76‑1 (MQ=255) gCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGAtt < 2:433432/76‑1 (MQ=255) ccAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTg < 1:1130334/76‑1 (MQ=255) aatcaatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGgt > 1:650522/1‑76 (MQ=255) aatcaatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGgt < 2:427724/76‑1 (MQ=255) caatAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTc > 2:1582842/1‑76 (MQ=255) aataatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCg > 1:1418816/1‑76 (MQ=255) aataatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCg < 2:1873844/76‑1 (MQ=255) ataatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgt < 2:1791127/76‑1 (MQ=255) taatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgtg > 1:397209/1‑76 (MQ=255) taatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgtg > 2:558428/1‑76 (MQ=255) taatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgtg > 1:953995/1‑76 (MQ=255) taatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgtg > 1:953987/1‑76 (MQ=255) taatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgtg > 1:953956/1‑76 (MQ=255) taatTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCgtg > 2:558411/1‑76 (MQ=255) atTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTa < 2:580986/76‑1 (MQ=255) tCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTaaa < 1:1510135/76‑1 (MQ=255) ttgttTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAAtttt > 2:303628/1‑76 (MQ=255) tttATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTtc > 1:1120706/1‑76 (MQ=255) tttATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTtc > 1:366441/1‑76 (MQ=255) tataACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTtctc > 1:80130/1‑76 (MQ=255) taACTACAATTGATGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCAt > 1:687815/1‑76 (MQ=255) aaCTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCAtt > 1:104622/1‑76 (MQ=255) aCTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCAttt < 1:872439/76‑1 (MQ=255) aCTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCAttt < 1:224176/76‑1 (MQ=255) tACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTaa < 2:1086668/76‑1 (MQ=255) tACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTaa > 1:1563314/1‑76 (MQ=255) tACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTaa > 1:1563307/1‑76 (MQ=255) aCAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAAt > 1:334530/1‑76 (MQ=255) cAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAAtt < 1:1813793/76‑1 (MQ=255) aTTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATtat > 1:22236/1‑76 (MQ=255) tgttgCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATaa > 1:1375259/1‑76 (MQ=255) gttgCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAAt < 1:1110104/76‑1 (MQ=255) tgCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCt < 1:1524072/76‑1 (MQ=255) cagcaATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTc > 1:1437530/1‑76 (MQ=255) gcaATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCct < 2:1903085/76‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCctct < 1:1206993/76‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCctct < 1:1207019/76‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCctct < 2:397209/76‑1 (MQ=255) | CAGTTTCTGATTTAAACCCCATTAAATCGCCAATCAATAATTCACTGTTGTTTATAACTACAATTGTTGCAGCAATATTAAGCGTAAGAATTAGTAATGTGATTGGTGTCGTGTAAAAATTTTTTCTCATTTAATTATAATCTTCCTCT > REL606/2038001‑2038149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |