| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3737261 | 115 (1.850) | 6 (0.100) | 5/142 | 6.6 | 6.1% | coding (566/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase |
| ? | REL606 | = 3737695 | 76 (1.290) | coding (132/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
ATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG > REL606/3737186‑3737336 | atGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTAt > 2:1529575/1‑76 (MQ=255) tGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATg > 2:92189/1‑76 (MQ=255) tGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATg > 2:1693727/1‑76 (MQ=255) tGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATg > 2:258597/1‑76 (MQ=255) cTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCt > 1:590207/1‑76 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa < 1:1052356/76‑1 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa > 1:1972043/1‑76 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa < 1:157164/76‑1 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa > 2:798847/1‑76 (MQ=255) cACGCGCTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaaa < 1:1456354/76‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAg < 2:1940925/76‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAg < 2:613834/76‑1 (MQ=255) cgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCg > 1:542808/1‑76 (MQ=255) gTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCgg < 1:873271/76‑1 (MQ=255) ttCAGTTACTATGACAGCACATATGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAt < 2:1886204/76‑1 (MQ=255) tCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtt > 2:113979/1‑76 (MQ=255) ttACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaa < 1:481514/76‑1 (MQ=255) ttACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaa < 1:1480699/76‑1 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa > 1:1376650/1‑76 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa > 1:1752370/1‑76 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa > 1:1752376/1‑76 (MQ=255) cTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAAt > 1:42555/1‑76 (MQ=255) cTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAAt > 1:371098/1‑76 (MQ=255) cTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAAt > 1:273870/1‑76 (MQ=255) tATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATg < 2:1964366/76‑1 (MQ=255) tATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATg < 1:1122499/76‑1 (MQ=255) tATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATg < 2:526980/76‑1 (MQ=255) tATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATg < 2:490965/76‑1 (MQ=255) aTGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATga > 1:179454/1‑76 (MQ=255) aTGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATga < 2:1556027/76‑1 (MQ=255) gACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgaga < 1:902755/76‑1 (MQ=255) aCAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGaa > 1:271017/1‑76 (MQ=255) gCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTg < 1:1439034/76‑1 (MQ=255) cacaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAtgaa < 2:483114/76‑4 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGGTTTTTAAATGAGAATTGAt > 1:557481/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 1:733893/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 2:349650/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt < 1:483511/76‑1 (MQ=255) caTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATg > 2:140469/1‑76 (MQ=255) caTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATg > 2:1317335/1‑76 (MQ=255) taagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGcc > 1:1711381/1‑76 (MQ=255) taagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGcc < 1:717894/76‑1 (MQ=255) aagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCa > 2:606966/1‑76 (MQ=255) aagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCa > 2:1016976/1‑76 (MQ=255) agctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAg < 2:246088/76‑1 (MQ=255) agctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAg > 1:1928283/1‑76 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 2:528572/1‑76 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 2:1118808/1‑76 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 1:979677/1‑76 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 1:768268/1‑76 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa < 2:1597216/76‑1 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa > 2:978871/1‑76 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa > 1:1179760/1‑76 (MQ=255) cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa > 1:671713/1‑76 (MQ=255) cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa < 2:632993/76‑1 (MQ=255) cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa > 1:671725/1‑76 (MQ=255) aTGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaag > 2:530391/1‑76 (MQ=255) gAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAggg < 2:513622/76‑1 (MQ=255) gAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAggg < 1:742357/76‑1 (MQ=255) gAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAggg > 1:684772/1‑76 (MQ=255) gTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaa < 2:1954590/76‑1 (MQ=255) gTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaa > 1:969320/1‑76 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGGTGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 1:742459/1‑76 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 2:1736943/1‑76 (MQ=255) tAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAg < 1:233561/76‑1 (MQ=255) tAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAg > 1:1717751/1‑76 (MQ=255) tAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAg < 1:1952382/76‑1 (MQ=255) aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga < 1:741272/76‑1 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:1048122/1‑76 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:1906434/1‑76 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:1135825/1‑76 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:1597959/1‑76 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg < 2:928480/76‑1 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg < 1:751819/76‑1 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg < 2:1729651/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatga > 2:1475571/1‑76 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATTTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:22241/1‑76 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:799132/1‑76 (MQ=255) atataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGatgatg > 2:902612/1‑76 (MQ=255) atataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAAAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGatgatg > 1:277713/1‑76 (MQ=255) tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt < 1:305942/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 1:668281/1‑76 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 1:164443/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 1:668296/1‑76 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 1:1395231/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 1:1210661/1‑76 (MQ=255) taATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAg > 1:1760600/1‑76 (MQ=255) taATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAg < 1:1621819/76‑1 (MQ=255) aTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGcc < 1:452107/76‑1 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:1514236/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc < 1:1542054/76‑1 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:1078858/1‑76 (MQ=255) tgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgct > 1:1381475/1‑76 (MQ=255) tgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgct < 2:1852528/76‑1 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg < 2:273785/76‑1 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt > 2:1322108/1‑76 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt < 2:1151702/76‑1 (MQ=255) tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg > 1:184923/1‑76 (MQ=255) tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg > 1:812339/1‑76 (MQ=255) tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg > 1:753523/1‑76 (MQ=255) | ATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG > REL606/3737186‑3737336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |