| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | REL606 | 3,612,965 | Δ4 bp | intergenic (‑26/+154) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3612964 | 2 (0.040) | 69 (1.390) | 47/150 | 0.1 | 97.2% | intergenic (‑25/+158) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 | 3612969 = | 2 (0.040) | intergenic (‑30/+153) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase | |||||
TATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAT > REL606/3612889‑3613039 | tATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAg < 1:624019/76‑1 (MQ=255) aTCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGt < 1:768596‑M1/76‑2 (MQ=255) cGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGtgt < 2:873125‑M1/76‑4 (MQ=255) cGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGtgt < 2:1474409‑M1/76‑4 (MQ=255) cTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGtgtaa > 1:1557052‑M1/1‑71 (MQ=255) gTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGtgtaagg > 1:153550‑M1/1‑69 (MQ=255) tCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGtgtaaggt > 2:449398‑M1/1‑68 (MQ=255) tCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGcgtaaggt > 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gtgtaaggttatggggtacctgcggccttaaaataacacccagacaacatcacagaaatgtacctggatcataatt < 1:1228890‑M1/76‑76 (MQ=255) | TATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAT > REL606/3612889‑3613039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |