New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 2042274 | 67 (1.290) | 13 (0.280) | 6/134 | 4.6 | 19.6% | coding (547/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) |
? | REL606 | = 2042743 | 47 (1.020) | coding (78/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGAAATAAAGTTAGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGTTTGTTATTCATC > REL606/2042669‑2042818 | aGAAATAAAGTTAGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATtaataata < 1:473827/76‑1 (MQ=255) aGTTAGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATg < 1:1618080/76‑1 (MQ=255) ttAGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGc > 2:534997/1‑76 (MQ=255) aGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCtt > 2:1228732/1‑76 (MQ=255) aGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCtt > 2:1385113/1‑76 (MQ=255) aGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCtt > 2:663427/1‑76 (MQ=255) aGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCtt < 2:924143/76‑1 (MQ=255) aGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCtt < 1:1508837/76‑1 (MQ=255) gCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTg < 2:1428267/76‑1 (MQ=255) gCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTg < 1:671121/76‑1 (MQ=255) tACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGt > 2:501914/1‑76 (MQ=255) aaCATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCt > 1:354739/1‑76 (MQ=255) aaCATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCt < 1:83944/76‑1 (MQ=255) aCCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCtt < 1:684469/76‑1 (MQ=255) cAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTc > 1:256533/1‑76 (MQ=255) aaaaGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCa > 1:439205/1‑76 (MQ=255) gCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATtgtg > 1:777132/1‑76 (MQ=255) tCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCat < 1:583682/76‑1 (MQ=255) tCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCat > 2:711537/1‑76 (MQ=255) ccAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCata < 2:748365/76‑1 (MQ=255) ccAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCata > 2:1305015/1‑76 (MQ=255) gAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCAtaataa > 2:433811/1‑76 (MQ=255) gAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCAtaataa > 2:433820/1‑76 (MQ=255) aaCCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATaataat < 2:170561/76‑1 (MQ=255) aaCCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATaataat > 2:1656845/1‑76 (MQ=255) aCCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATc > 2:1081658/1‑76 (MQ=255) cccTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATcc > 1:1544275/1‑76 (MQ=255) ctaaaTACAACAGTAATGTTATTTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCt < 1:315387/74‑1 (MQ=255) ccAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCt < 1:1363091/76‑1 (MQ=255) ccAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCt < 1:315365/76‑1 (MQ=255) ccAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCt < 1:890412/76‑1 (MQ=255) ccAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCt > 1:654694/1‑76 (MQ=255) cAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCtn < 1:166229/76‑2 (MQ=255) cAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTg < 1:1098462/76‑1 (MQ=255) cAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTg < 1:795487/76‑1 (MQ=255) aaaTACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTgg < 1:369169/76‑1 (MQ=255) tACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTa > 1:758939/1‑76 (MQ=255) acaacaTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAg < 2:642866/76‑1 (MQ=255) acaacaTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAg < 2:1317014/76‑1 (MQ=255) caacaTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGt > 2:615854/1‑76 (MQ=255) ctaTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGttt > 2:1000755/3‑76 (MQ=255) ctaTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGttt > 2:57594/3‑76 (MQ=255) caTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATCATCATCCTTGCCTGGCTCGTTTg > 2:269566/1‑76 (MQ=255) caTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGTTTg > 2:269577/1‑76 (MQ=255) aTTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGTTTGt < 2:633959/76‑1 (MQ=255) ttAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGTTTGtt < 2:1183651/76‑1 (MQ=255) taatTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGTTTGTTATtcatc > 2:1308651/1‑76 (MQ=255) taatTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGTTTGTTATtcatc > 1:1503665/1‑76 (MQ=255) | AGAAATAAAGTTAGCATACCAACATAACCAAAAGAGCTTGGTCCAAGAACCCTACCCAAATACAACATTAATAATAATTGTATGGCTTGCGTTCCTAGCCTTTCAATTGTGCTCCATAATAATCCTTGCCTGGCTAGTTTGTTATTCATC > REL606/2042669‑2042818 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |