| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | REL606 | 3,928,221 | (CACTATGAA)1→2 | coding (5/1260 nt) | rho → | transcription termination factor Rho |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 3928213 = | 5 (0.100) | 50 (0.960) | 42/150 | 0.2 | 86.2% | intergenic (+81/‑4) | rhoL/rho | rho operon leader peptide/transcription termination factor Rho |
| ? | REL606 | = 3928221 | 11 (0.210) | coding (5/1260 nt) | rho | transcription termination factor Rho | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TGGATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAACCTGG > REL606/3928146‑3928295 | tGGATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTTTGaa < 1:56697/76‑1 (MQ=255)ctgccataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaacactatgaa > 2:241626‑M1/68‑76 (MQ=255)ctgccataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaacactatgaa < 2:36975‑M1/9‑1 (MQ=255) tgccataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAAt < 2:952434‑M1/10‑1 (MQ=255) ggATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAc < 2:1381567‑M2/76‑2 (MQ=255) gccataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATc > 2:60311‑M1/66‑76 (MQ=255) gccataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATc < 1:12583‑M1/11‑1 (MQ=255) gatgatCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAca > 1:1048123‑M2/1‑74 (MQ=255) ccataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCt > 1:1664457‑M1/65‑76 (MQ=255) tgacCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcact > 2:725884‑M2/1‑72 (MQ=255) cataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCtt > 2:927681‑M1/64‑76 (MQ=255) cataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCtt > 2:1499504‑M1/64‑76 (MQ=255) gatCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcacta < 2:886294‑M2/76‑6 (MQ=255) ataccattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTa > 2:879118‑M1/63‑76 (MQ=255) cattcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGa < 1:799117‑M1/18‑1 (MQ=255) cTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaa < 2:36975‑M2/76‑10 (MQ=255) cTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaa > 2:241626‑M2/1‑67 (MQ=255) cTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaa < 2:1050335‑M2/76‑10 (MQ=255) tGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaat > 1:562070‑M2/1‑66 (MQ=255) attcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGaa > 1:1519513‑M1/58‑76 (MQ=255) attcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGaa > 2:591691‑M1/58‑76 (MQ=255) gCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatc < 1:12583‑M2/76‑12 (MQ=255) tcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAAtt > 2:883088‑M1/56‑76 (MQ=255) tcacaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAAtt > 2:426362‑M1/56‑76 (MQ=255) ccATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatct > 1:1664457‑M2/1‑64 (MQ=255) cATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatctt > 2:927681‑M2/1‑63 (MQ=255) cATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatctt > 2:1499504‑M2/1‑63 (MQ=255) acaacattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTaa > 1:859045‑M1/54‑76 (MQ=255) aTACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatctta > 2:879118‑M2/1‑62 (MQ=255) tACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttac < 2:1462405‑M2/76‑16 (MQ=255) aCCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAATCTTACCGAATTAAAg < 1:231033/76‑1 (MQ=255) cattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGaa < 2:1358169‑M1/27‑1 (MQ=255) cattaagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGaa < 1:1113879‑M1/27‑1 (MQ=255) cATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccga < 1:799117‑M2/76‑19 (MQ=255) aTTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaa > 2:591691‑M2/1‑57 (MQ=255) aTTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaa > 1:1519513‑M2/1‑57 (MQ=255) tCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaatt > 2:426362‑M2/1‑55 (MQ=255) tCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaatt > 2:883088‑M2/1‑55 (MQ=255) aagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACg > 2:1380049‑M1/46‑76 (MQ=255) aagttcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACg < 1:1457971‑M1/31‑1 (MQ=255) acaacaTTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaa > 1:859045‑M2/1‑53 (MQ=255) tcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCgg > 2:1536179‑M1/42‑76 (MQ=255) tcgagatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCgg < 1:1125180‑M1/35‑1 (MQ=255) caTTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaa < 2:1358169‑M2/76‑28 (MQ=255) caTTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaa < 1:1113879‑M2/76‑28 (MQ=255) gatttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTc > 1:1121807‑M1/38‑76 (MQ=255) aaGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacg > 2:1380049‑M2/1‑45 (MQ=255) aaGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacg < 1:1457971‑M2/76‑32 (MQ=255) ttaccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGa < 2:1031256‑M1/42‑1 (MQ=255) taccccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAg < 1:331091‑M1/43‑1 (MQ=255) tCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccgg > 2:1536179‑M2/1‑41 (MQ=255) tCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccgg < 1:1125180‑M2/76‑36 (MQ=255) accccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGc < 2:1357225‑M1/44‑1 (MQ=255) cccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTg > 1:1039950‑M1/31‑76 (MQ=255) ccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGa > 1:171394‑M1/30‑76 (MQ=255) ccaagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGa < 2:711527‑M1/47‑1 (MQ=255) gaTTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttc > 1:1121807‑M2/1‑37 (MQ=255) caagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGAt > 1:536533‑M1/29‑76 (MQ=255) aagtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATc < 1:651338‑M1/49‑1 (MQ=255) agtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCa < 1:85690‑M1/50‑1 (MQ=255) agtttaagaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCa > 2:1392690‑M1/27‑76 (MQ=255) ttACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctga < 2:1031256‑M2/76‑43 (MQ=255) tACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgag < 1:331091‑M2/76‑44 (MQ=255) aCCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagc < 2:1357225‑M2/76‑45 (MQ=255) cccAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctg > 1:1039950‑M2/1‑30 (MQ=255) ccAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctga > 1:1623991‑M2/1‑29 (MQ=255) ccAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctga > 1:171394‑M2/1‑29 (MQ=255) ccAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctga < 2:711527‑M2/76‑48 (MQ=255) agaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCg < 2:1631383‑M1/56‑1 (MQ=255) agaactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCg < 2:247070‑M1/56‑1 (MQ=255) cAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgat > 1:536533‑M2/1‑28 (MQ=255) aactcacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGc < 1:1127389‑M1/58‑1 (MQ=255) aaGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatc < 1:651338‑M2/76‑50 (MQ=255) aGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatca < 1:85690‑M2/76‑51 (MQ=255) aGTTTAAGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatca > 2:1392690‑M2/1‑26 (MQ=255) cacaccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGaaa < 1:261438‑M1/62‑1 (MQ=255) caccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAat > 1:1275245‑M1/13‑76 (MQ=255) caccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAat > 1:1504868‑M1/13‑76 (MQ=255) aGAACTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcg < 2:1631383‑M2/76‑57 (MQ=255) ccactatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAatat < 2:397311‑M1/66‑1 (MQ=255) aaCTCACACCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcggc < 1:1127389‑M2/76‑59 (MQ=255) tatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATgggg < 2:1370754‑M1/70‑1 (MQ=255) tatgaaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATgggg > 1:1207145‑M1/7‑76 (MQ=255) cacaCCACTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcggcgaaa < 1:261438‑M2/76‑63 (MQ=255) caccacTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcggcgaaaat > 1:1504868‑M2/1‑12 (MQ=255) caccacTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcggcgaaaat > 1:1275245‑M2/1‑12 (MQ=255) aaCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTgg < 2:251982‑M1/74‑1 (MQ=255) ccacTATGAAcactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcggcgaaaatat < 2:397311‑M2/76‑67 (MQ=255) cacTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGaa < 1:106438/76‑1 (MQ=255) cacTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGaa > 2:1639104/1‑76 (MQ=255) acTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGaaa < 1:1570909/76‑1 (MQ=255) acTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGaaa < 2:1565914/76‑1 (MQ=255) tatgaacactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcggcgaaaatatgggg < 2:1370754‑M2/76‑71 (MQ=255) aTGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAAcc > 2:359138/1‑76 (MQ=255) tGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAACCt < 2:1125180/76‑1 (MQ=255) tGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAACCt < 1:370482/76‑1 (MQ=255) gAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAACCTg < 2:446029/76‑1 (MQ=255) aacactatgaatcttaccgaattaaagaatacgccggtttctgagctgatcactctcggcgaaaatatggggctgg < 2:251982‑M2/76‑75 (MQ=255) aaTCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAACCTgg < 2:78295/76‑1 (MQ=255) aaTCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAACCTgg > 1:1252510/1‑76 (MQ=255) | TGGATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACACCACTATGAATCTTACCGAATTAAAGAATACGCCGGTTTCTGAGCTGATCACTCTCGGCGAAAATATGGGGCTGGAAAACCTGG > REL606/3928146‑3928295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |