New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2041054 = | 54 (1.060) | 9 (0.200) | 5/136 | 5.1 | 13.2% | coding (330/1113 nt) | vioA | VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
? | REL606 | 2041468 = | 70 (1.520) | coding (1353/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTT > REL606/2041393‑2041536 | ttATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATg < 1:1195168/76‑1 (MQ=255) ttATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATg < 1:425948/76‑1 (MQ=255) tATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATgg < 1:1486998/76‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 1:936316/76‑1 (MQ=255) tttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTta > 2:523887/1‑76 (MQ=255) tttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTta > 1:1636378/1‑76 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa < 2:82902/76‑1 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa < 1:1594320/76‑1 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa > 2:796631/1‑76 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa < 1:162935/76‑1 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa < 1:419145/76‑1 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa < 1:73395/76‑1 (MQ=255) aaGAGCAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 2:1602518/76‑1 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa > 1:841676/1‑76 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 1:1140638/76‑1 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa > 1:1567123/1‑76 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa > 1:1567122/1‑76 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 1:900270/76‑1 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 2:1185148/76‑1 (MQ=255) gagaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAAt < 1:351376/76‑1 (MQ=255) gagaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAAt < 1:1467657/76‑1 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGNCATTTAATAAAATa < 1:885787/76‑1 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATa < 1:655311/76‑1 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATa < 1:308078/76‑1 (MQ=255) gaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAg < 1:1400799/76‑1 (MQ=255) gaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAg > 1:1241446/1‑76 (MQ=255) gaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATAAAAAAAAATAg < 2:788359/76‑1 (MQ=255) 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> 2:92735/1‑76 (MQ=255) aGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatt > 1:1628558/1‑76 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat > 2:441075/1‑76 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata < 1:620448/76‑1 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata < 1:1334431/76‑1 (MQ=255) aaaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAttt < 1:826094/76‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTta < 1:1144808/76‑1 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTCTATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat > 2:1450739/1‑76 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTCTATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat > 2:1450748/1‑76 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat > 1:1485077/1‑76 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat > 1:1485070/1‑76 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaata < 1:341806/76‑1 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaata < 2:1230308/76‑1 (MQ=255) ttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATaaa > 2:408778/1‑76 (MQ=255) tttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGt < 1:1202951/76‑1 (MQ=255) gTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTcc < 1:1274355/76‑1 (MQ=255) tACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCa < 1:1486520/76‑1 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt > 1:796354/1‑76 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 1:429948/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 1:429960/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 1:940085/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 1:429973/76‑1 (MQ=255) ttCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAt > 2:872714/1‑76 (MQ=255) ttCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAt > 1:345855/1‑76 (MQ=255) tCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAtt < 2:621167/76‑1 (MQ=255) cGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAttt < 1:486260/76‑1 (MQ=255) gAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTc < 1:1284198/76‑1 (MQ=255) aaTTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCa < 1:1111623/76‑1 (MQ=255) aaTTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCa > 1:1033867/1‑76 (MQ=255) aGTGTGATGTATATAATGGCATGTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTta < 1:329266/76‑1 (MQ=255) tgtgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtata < 2:1232183/76‑1 (MQ=255) aTGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATTTTATATTTAATAAGGGTTCCATACTTATTTCATTTATAatat < 1:995764/76‑1 (MQ=255) aTGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAatat < 1:995745/76‑1 (MQ=255) aTGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAatat < 2:995745/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 1:1483087/76‑1 (MQ=255) atataATAGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGtt > 1:1053171/1‑76 (MQ=255) | TTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTT > REL606/2041393‑2041536 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |