| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 540691 = | 116 (2.060) | 3 (0.050) | 3/150 | 6.7 | 2.5% | intergenic (+154/‑101) | emrE/ybcK | multidrug efflux protein/predicted recombinase |
| ? | REL606 | 540915 = | 122 (2.170) | coding (124/1527 nt) | ybcK | predicted recombinase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATA > REL606/540616‑540766 | cTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTatat < 2:1612997/76‑1 (MQ=255)cTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTatat < 1:1721123/76‑1 (MQ=255)cTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTatat < 2:565605/76‑1 (MQ=255) tttATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATAtt > 1:1488098/1‑76 (MQ=255) ttATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTc > 1:1769476/1‑76 (MQ=255) tATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTANTGTTGTATATTCa < 1:1237744/76‑1 (MQ=255) ttttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAg < 1:82988/76‑1 (MQ=255) tttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGa < 1:273772/76‑1 (MQ=255) tttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGa > 1:1370124/1‑76 (MQ=255) ttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGAt < 2:734379/76‑1 (MQ=255) ttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGAt > 2:258272/1‑76 (MQ=255) ttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGAt < 1:1680980/76‑1 (MQ=255) ttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGAt > 1:800800/1‑76 (MQ=255) ttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGAt < 2:1021913/76‑1 (MQ=255) ttttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGAt < 1:315436/76‑1 (MQ=255) tttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATa > 1:1442571/1‑76 (MQ=255) ttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATaa > 2:1023077/1‑76 (MQ=255) ttATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTAAATTCAAGATaa < 2:1144758/76‑1 (MQ=255) tATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAAt > 1:1749359/1‑76 (MQ=255) aTGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAAtg > 1:38769/1‑76 (MQ=255) aTGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAAtg > 1:1820608/1‑76 (MQ=255) aTGTATTATTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAAtg > 1:1143900/1‑76 (MQ=255) tGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAAtgt > 1:699429/1‑76 (MQ=255) tGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAAtgt > 1:699409/1‑76 (MQ=255) tGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAAtgt > 1:814997/1‑76 (MQ=255) tATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGa > 1:358124/1‑76 (MQ=255) tATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGa > 2:24048/1‑76 (MQ=255) tATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGa > 1:593313/1‑76 (MQ=255) tATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGa > 2:478725/1‑76 (MQ=255) tATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGa > 1:1014418/1‑76 (MQ=255) aTTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGAc > 2:1565469/1‑76 (MQ=255) aTTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGAc > 2:76578/1‑76 (MQ=255) ttCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGAcc > 2:793811/1‑76 (MQ=255) ttCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGAcc > 2:793821/1‑76 (MQ=255) tCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTTCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCt > 1:1214736/1‑76 (MQ=255) tCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCt > 2:1586261/1‑76 (MQ=255) cTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCtt < 2:1379803/76‑1 (MQ=255) ttttGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTa > 2:467259/1‑76 (MQ=255) tttGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTaa < 2:1442524/76‑1 (MQ=255) tttGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTaa > 2:1452111/1‑76 (MQ=255) tttGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTaa > 2:4035/1‑76 (MQ=255) ttGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAAt > 1:1802780/1‑76 (MQ=255) gtgCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTg < 1:830584/76‑1 (MQ=255) gCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTc > 1:329437/1‑76 (MQ=255) cTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCt > 1:685250/1‑76 (MQ=255) tttCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCtt > 2:1737578/1‑76 (MQ=255) ttCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCttt > 1:475566/1‑76 (MQ=255) tCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCtttt > 2:892998/1‑76 (MQ=255) tCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCtttt > 1:1016529/1‑76 (MQ=255) cAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCttttt < 2:418/76‑1 (MQ=255) aaGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTta < 1:478725/76‑1 (MQ=255) aTTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTtaaat < 1:154549/76‑1 (MQ=255) aTTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTtaaat < 1:1679552/76‑1 (MQ=255) aTTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTtaaat < 1:1754269/76‑1 (MQ=255) aTGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTtaaataaa > 1:698845/1‑76 (MQ=255) aTGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTtaaataaa < 1:1330754/76‑1 (MQ=255) aTGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTtaaataaa > 2:49411/1‑76 (MQ=255) ggCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATaaaaa < 2:1111130/76‑1 (MQ=255) cGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAtt > 2:1747829/1‑76 (MQ=255) cGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAtt > 1:450267/1‑76 (MQ=255) gTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTa < 1:1565469/76‑1 (MQ=255) aaGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTaaa < 2:692120/76‑1 (MQ=255) aaGAAAACTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTaaa > 1:1172691/1‑76 (MQ=255) aGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAAc < 1:655428/76‑1 (MQ=255) aaaaTTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACaa < 2:1110460/76‑1 (MQ=255) aaaTTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACaaa > 1:588480/1‑76 (MQ=255) aaaTTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACaaa < 1:1624573/76‑1 (MQ=255) aaaTTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACaaa < 1:1644879/76‑1 (MQ=255) aaTTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACaaaa > 2:1208614/1‑76 (MQ=255) aaTTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACaaaa < 1:504477/76‑1 (MQ=255) tGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAAtt > 1:1337824/1‑76 (MQ=255) gCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATta > 2:1446774/1‑76 (MQ=255) aTACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTatat > 2:241920/1‑76 (MQ=255) aTACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTatat < 2:1192478/76‑1 (MQ=255) aCGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATcc > 2:847804/1‑76 (MQ=255) aCGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATcc < 1:152414/76‑1 (MQ=255) aCGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATcc > 1:1439359/1‑76 (MQ=255) cGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATccc > 1:1093533/1‑76 (MQ=255) gATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATc > 1:1250751/1‑73 (MQ=255) gATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATc < 2:1250751/73‑1 (MQ=255) tattGTTGTATATTTAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATAACccacca > 1:983672/1‑76 (MQ=255) ttgttgTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACt < 2:1634979/76‑1 (MQ=255) ttgttgTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACt < 2:1634983/76‑1 (MQ=255) gttgtATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTaa > 1:314597/1‑76 (MQ=255) ttgtATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAg > 1:861295/1‑76 (MQ=255) ttgtATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAg > 1:1348672/1‑76 (MQ=255) ttgtATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAg > 2:469876/1‑76 (MQ=255) tgtATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAgg < 1:1491919/76‑1 (MQ=255) tatataTTCAAGATAATGTGACCTTAATAGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAgg < 1:1491904/74‑1 (MQ=255) gtATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGt > 1:1439139/1‑76 (MQ=255) tataTTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGtt < 2:495669/76‑1 (MQ=255) tataTTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGtt < 1:1651154/76‑1 (MQ=255) atatTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGttt > 1:1439492/1‑76 (MQ=255) atatTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGttt > 2:1058198/1‑76 (MQ=255) atatTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGttt < 1:449375/76‑1 (MQ=255) atTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTtat > 2:1279595/1‑76 (MQ=255) atTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTCtat < 2:1428907/76‑1 (MQ=255) ttCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTtata < 1:714478/76‑1 (MQ=255) ttCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTtata < 1:610055/76‑1 (MQ=255) ttCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTtata < 2:1749359/76‑1 (MQ=255) | CTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAATTAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATA > REL606/540616‑540766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |