New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	REL606	1425653 =	NA (NA)	10 (0.210)	6/146	4.5	10.1%	coding (211/267 nt)	ynaE	predicted DNA‑binding transcriptional regulator
	?	REL606	1426028 =	92 (1.860)					intergenic (‑165/+763)	ynaE/ynaF	predicted DNA‑binding transcriptional regulator/stress‑induced protein, ATP‑binding protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

AAAAAGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGTT  >  REL606/1425578‑1425665                                                                             |             ctgaagtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaa              >  2:1496580/4‑76 (MQ=21) aaaaaGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaa              <  2:1069431/76‑1 (MQ=34) aaaaaGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaa              <  2:1282157/76‑1 (MQ=34)  aaaaGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaat             <  2:666708/76‑1 (MQ=34)   aaaGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaata            <  1:360854/76‑1 (MQ=34)    aagtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaataa           <  1:1312175/76‑1 (MQ=34)    aagtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaataa           <  2:3330/76‑1 (MQ=34)    aagtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaataa           <  1:963030/76‑1 (MQ=34)    aagtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaataa           <  1:963034/76‑1 (MQ=34)    aagtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGtaataa           <  2:1555484/76‑1 (MQ=34)     agtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTaataat          <  1:1106312/76‑1 (MQ=34)     agtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTaataat          <  1:885636/76‑1 (MQ=34)      gtaagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAAtt         >  2:1180584/1‑76 (MQ=34)       taagtTTATTATATTACATTTTACCACTTTAAATTTT‑TTTGTTTTTTTTAACTGATATCGCTGTTTTTTATAtttt        >  1:677187/1‑75 (MQ=2)       taagtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTc        >  2:95324/1‑76 (MQ=34)         agtTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCtt      >  2:760482/1‑76 (MQ=34)            ttattaTATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGt   >  1:1030070/1‑76 (MQ=32)            ttattaTATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGt   >  1:361083/1‑76 (MQ=32)            ttattaTATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGt   >  2:678651/1‑76 (MQ=32)             tattatattaCATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGtt  >  2:186793/1‑76 (MQ=31)                                                                             |             AAAAAGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCA‑TTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGTT  >  REL606/1425578‑1425665

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.