| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 1211753 = | 42 (1.900) | 3 (0.150) | 3/140 | 2.7 | 7.1% | intergenic (+11/+92) | icdA/ycgW | isocitrate dehydrogenase/hypothetical protein |
| ? | REL606 | 1212292 = | 39 (1.890) | intergenic (‑124/+572) | ycgW/ycgX | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGAAGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCATATCGAGCA > REL606/1211681‑1211827 | tGGAAGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGtt < 2:250547/76‑1 (MQ=255) ggAAGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGttt < 2:448785/76‑1 (MQ=255) gtgaataatttattgttttcactaaatctcattttgtttaacatccattgagattccttgctttaaatttTgtttn > 1:576329‑M1/71‑75 (MQ=255) gcTAAACTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTg < 1:197208/76‑1 (MQ=255) tAAACTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCa > 2:430242/1‑76 (MQ=255) aaaCTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCaa < 1:200011/76‑1 (MQ=255) aaCTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAAc > 1:139081/1‑76 (MQ=255) aCTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACg < 1:326751/76‑1 (MQ=255) aaaTGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGtaa < 2:280524/76‑2 (MQ=255) aTGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATaa < 1:309568/76‑1 (MQ=255) gTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAAACACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAaca < 1:635001/76‑1 (MQ=255) ttCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAacac < 2:683720/76‑1 (MQ=255) tCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACg > 2:504530/1‑76 (MQ=255) gAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGccc < 2:682942/76‑1 (MQ=255) tttGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCgtt < 2:243375/76‑1 (MQ=255) ttGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCgttg < 2:344330/76‑1 (MQ=255) tGGTGATGCTATCATCAAGAACATTTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCGCgttgt < 2:116763/76‑1 (MQ=255) tGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCgttgt < 2:318066/76‑1 (MQ=255) tGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCgttgt < 2:531539/76‑1 (MQ=255) ggTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACGCGCCCgttgtt < 2:391382/76‑1 (MQ=255) tGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGtttt < 1:619450/76‑1 (MQ=255) gATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTttta < 1:709891/76‑1 (MQ=255) aTGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTtttat > 2:515372/1‑76 (MQ=255) aTGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGGATAACACGCCCGCTGtttttt > 2:343876/1‑74 (MQ=255) gCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTtttattt < 2:637525/76‑1 (MQ=255) cGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTtttattta < 2:69902/76‑1 (MQ=255) tcaAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAgg < 2:232828/76‑1 (MQ=255) caAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGt < 2:625255/76‑1 (MQ=255) gagattccttgctttaaatttTGTTTAATATTGCAACCGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTCTTTATGTAGGtat < 2:611626‑M1/55‑1 (MQ=255) aGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGtat < 2:86876/76‑1 (MQ=255) gAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGtatt < 2:589572/76‑1 (MQ=255) agattccttgctttaaatttTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTTTTTATGTAGGtatt < 2:485296‑M1/56‑1 (MQ=255) aCATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGtattat < 2:650398/76‑1 (MQ=255) aCATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGtattat < 2:82285/76‑1 (MQ=255) tGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTaa > 2:305026/1‑76 (MQ=255) tGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGCTTAACACGCCCCCTGTTTTTTTTATTTAGGGatttttta > 1:238737/1‑74 (MQ=255) aTCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGc < 2:97183/76‑1 (MQ=255) aTCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGc > 2:462692/1‑76 (MQ=255) tCACTTCATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCa > 2:185135/1‑76 (MQ=255) tCACTTCATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCa > 2:185140/1‑76 (MQ=255) tCACTACATGTTTTTAATATTCCAACGGGCGTATAACCCGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCa < 1:283501/76‑1 (MQ=255) tCACGACATGTGTTGAATATTGCAACGGGCGTATAACGCTCCCGTTGTTTTATTTATCTAGGTCTTATTAATACCa < 2:31153/76‑1 (MQ=255) cACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCat > 2:134337/1‑76 (MQ=255) tttTTTTTAATTTTGCAGGGGGAATAAAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCATATCGAg > 1:259537‑M1/4‑76 (MQ=255) aTGTTTTTAATATTGCAGCGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCATATCGAg < 2:352954/76‑1 (MQ=255) gtgtTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCATATCGAGCa > 2:11235/1‑76 (MQ=255) | TGGAAGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGATGCGATCATCAAGAACATGTAATCACTACATGTGTTTAATATTGCAACGGGCGTATAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTAGGTATTATTAATAGCATATCGAGCA > REL606/1211681‑1211827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |