| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1286708 = | 51 (0.740) | 20 (0.360) | 12/176 | 2.9 | 36.3% | intergenic (+182/+358) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| ? | NC_000913 | = 1287241 | 29 (0.520) | intergenic (‑5/+3) | rttR/tyrV | rtT sRNA, processed from tyrT transcript/tRNA‑Tyr | |||||
CGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGG > NC_000913/1287115‑1287371 | cGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggg > 2:76311‑M2/1‑127 (MQ=255) ttGCCTGCGGTAACGGTTCCTCGCCGGCGCTAGAGCCGAAACTTAAACAAAGCTTCTCCCCCTTCCCCGCATTGTCAGAATGTTTAATTGCGGATTCG‑TTAGGAAGTTCAAGGACTTTTGAAAGCGATGGTGGTggggg < 1:683655/139‑1 (MQ=255) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:407243‑M2/1‑125 (MQ=255) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:330475‑M2/1‑125 (MQ=255) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTACTTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggat < 1:102925‑M2/139‑21 (MQ=255) cAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattact < 1:199223‑M2/139‑25 (MQ=255) tttcgcTGACGCTCGAGCCGAACCTAAATCGCAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGTGCAGAATATTTCATTGCGGCTTCG‑TTGGGAAGTTCACGGACTTTTGAAAGGgatggtggtgggggaaggattactcagcgctg < 1:1384377‑M2/137‑33 (MQ=255) cTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:1001733‑M2/1‑102 (MQ=255) cTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:1001733‑M2/116‑15 (MQ=255) acgctCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:961608‑M2/2‑99 (MQ=255) acgctCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:961608‑M2/112‑15 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTATTTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCTGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:931620‑M2/1‑95 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgccc < 2:853900‑M2/139‑45 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 2:931620‑M2/109‑15 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:693849‑M2/1‑95 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:693849‑M2/109‑15 (MQ=255) aatcgAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttc > 1:989888‑M2/3‑81 (MQ=255) aatcgAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttc < 2:989888‑M2/126‑48 (MQ=255) atCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTg < 1:932233/138‑1 (MQ=17) aaGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcgg > 2:199223‑M2/1‑76 (MQ=255) aaGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcgg < 1:671865‑M2/139‑64 (MQ=255) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCggg > 2:171489/1‑139 (MQ=18) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACgg > 1:863066/1‑104 (MQ=11) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACgg < 2:863066/104‑1 (MQ=11) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct < 1:636323‑M2/139‑85 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgct > 1:850878‑M2/1‑55 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgct < 2:850878‑M2/133‑79 (MQ=255) ggacgAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc < 1:233116/135‑1 (MQ=18) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc < 2:1276079/139‑1 (MQ=18) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGCGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc < 1:1155332/139‑1 (MQ=18) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattagtcagcgacgcttgtttcgctcttctgctccttgccagcggcaacgctctctcgctggcgctcgag < 1:1363579‑M2/139‑89 (MQ=255) atatTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGt > 2:473928/1‑139 (MQ=18) tatTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTa > 2:69743/1‑139 (MQ=18) tAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaacctta < 2:932233‑M2/139‑99 (MQ=255) tAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 2:534516‑M2/55‑15 (MQ=255) tAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:534516‑M2/1‑41 (MQ=255) tAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:352039‑M2/1‑41 (MQ=255) tAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 2:352039‑M2/55‑15 (MQ=255) tAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggt > 1:1358435‑M2/1‑41 (MQ=255) tAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggt < 2:1358435‑M2/50‑10 (MQ=255) tccGGATTCGCTTGAG‑AGTTCTGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAGAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc > 1:967641/3‑118 (MQ=17) tGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAcc > 1:311904/1‑119 (MQ=17) tGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAcc < 2:311904/119‑1 (MQ=17) tGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 2:967641/118‑1 (MQ=17) tGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:343088‑M2/51‑15 (MQ=255) tGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:343088‑M2/1‑37 (MQ=255) tGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAAt > 1:1535399/1‑139 (MQ=18) gCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcga > 2:636323‑M2/1‑36 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGc > 1:1496688/1‑105 (MQ=17) cGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAAttt > 2:969847/1‑139 (MQ=18) cGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaa < 2:18997‑M2/139‑105 (MQ=255) cGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcaccgctgcgcgcatcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaa < 2:233116‑M2/139‑105 (MQ=255) cGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGc < 2:1496688/105‑1 (MQ=17) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggggaaggattactcagcgcttcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaac > 2:1287132‑M2/1‑33 (MQ=255) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcggttcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaac < 1:1287132‑M2/129‑97 (MQ=255) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccg > 2:1517910‑M2/1‑33 (MQ=255) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccg < 1:1517910‑M2/124‑92 (MQ=255) attcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc < 2:1436227/108‑1 (MQ=255) attcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc > 1:1436227/12‑119 (MQ=255) tcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg > 2:86586/10‑139 (MQ=255) tcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg < 1:86586/130‑1 (MQ=255) cgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGt < 1:473928/131‑1 (MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaa > 2:1216900‑M2/1‑18 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggatt > 1:1002977‑M2/1‑17 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggatt < 2:1002977‑M2/38‑22 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCt > 2:1130522/1‑133 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCt < 1:1130522/133‑1 (MQ=255) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAtg < 1:1552141/139‑1 (MQ=255) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCg > 2:457111/1‑85 (MQ=255) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCg < 1:457111/85‑1 (MQ=255) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAtggtggtgg > 2:613510/1‑139 (MQ=255) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAtggtggtgg > 2:1232167/1‑139 (MQ=255) | CGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGG > NC_000913/1287115‑1287371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |