| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1323147 | 25 (0.460) | 42 (0.780) | 21/210 | 0.9 | 76.4% | intergenic (‑65/‑73) | trpL/yciV | trp operon leader peptide/PHP domain protein |
| ? | NC_000913 | = 3742633 | 1 (0.020) | intergenic (‑101/‑100) | yiaJ/yiaK | transcriptional repressor for the yiaKLMNO‑lyxK‑sgbHUE operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent | |||||
GTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATGGCTG > NC_000913/1323020‑1323284 | gTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGa > 2:898312/1‑139 (MQ=255) cTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGcc > 2:486876/1‑139 (MQ=255) gCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg < 1:486876/139‑1 (MQ=255) gcgcCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg > 1:603320/1‑123 (MQ=255) gcgcCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg < 2:603320/123‑1 (MQ=255) aCCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCATAACCGTTATGATGTCGGCGCaaa < 2:1069650/137‑1 (MQ=255) aCCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAATCGTTATGATGTCGGCGCaaa > 1:1069650/1‑137 (MQ=255) gTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATc > 1:204847/1‑139 (MQ=255) tACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATcc > 1:175896/1‑139 (MQ=255) gAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGa > 2:1154539/1‑139 (MQ=255) aaaaTTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGaa < 1:898312/139‑1 (MQ=255) aTTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGcc < 2:175896/139‑1 (MQ=255) aTTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGcc < 2:204847/139‑1 (MQ=255) ttttACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTa > 1:304872/1‑106 (MQ=255) ttttACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTa < 2:304872/106‑1 (MQ=255) tGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTTAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAATCATTATCCAGaa < 1:80498/106‑1 (MQ=255) tGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACAGTTATGATGTCGGCGCAAAAATCATTATCCAGaa > 2:80498/1‑106 (MQ=255) cGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTa > 1:811858/1‑139 (MQ=255) atatactatgccgatgattaattGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaa > 1:245381‑M1/12‑31 (MQ=255) tatactatgccgatgattaatTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgc < 2:89773‑M1/100‑81 (MQ=255) tatactatgccgatgattaatTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgc > 1:89773‑M1/11‑30 (MQ=255) tAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGca < 2:811858/139‑1 (MQ=255) aaCTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGt > 1:6022/1‑123 (MQ=255) aaCTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGt < 2:6022/123‑1 (MQ=255) aaCTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGcac > 1:1223922/1‑139 (MQ=255) ctatgccgatgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaa < 1:1108351‑M1/132‑113 (MQ=255) ctatgccgatgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaa > 2:1108351‑M1/7‑26 (MQ=255) atgccgatgCTTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtg > 1:868879‑M1/5‑24 (MQ=255) 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(MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgat > 1:806028‑M1/1‑18 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcagga < 2:894814‑M1/109‑92 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcagga > 1:894814‑M1/1‑18 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcg > 1:605196‑M1/1‑18 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcg < 2:605196‑M1/97‑80 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaatt > 1:654773‑M1/1‑18 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaatt < 2:654773‑M1/62‑45 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttata > 2:1275681‑M1/1‑18 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttata < 1:1275681‑M1/58‑41 (MQ=255) tgatTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACg > 2:1013584/1‑120 (MQ=255) tgatTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACg < 1:1013584/120‑1 (MQ=255) gatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaagtcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaa > 2:943221‑M1/1‑16 (MQ=255) gatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaat > 2:1035381‑M1/1‑16 (MQ=255) gatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaat < 1:1035381‑M1/118‑103 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcagga < 2:49880‑M1/106‑92 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcagga > 1:49880‑M1/1‑15 (MQ=255) aaTTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaaaaaa < 2:533166‑M1/139‑128 (MQ=255) aaTTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagggatgggaaaaaaa < 2:868879‑M1/139‑128 (MQ=255) tCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaggtgatgggaaaaaaagagaa < 1:96253‑M1/139‑133 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaatttttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaag < 1:998513‑M1/115‑111 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatggtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaag > 2:998513‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaaaaaagagaacg > 1:1291556‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaa > 2:156726‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaa < 1:156726‑M1/67‑63 (MQ=255) aGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaaaaaagagaacgaga < 1:17218‑M1/139‑138 (MQ=255) | GTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATGGCTG > NC_000913/1323020‑1323284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |