| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1323147 | 25 (0.460) | 42 (0.780) | 21/210 | 0.9 | 76.4% | intergenic (‑65/‑73) | trpL/yciV | trp operon leader peptide/PHP domain protein |
| ? | NC_000913 | = 3742633 | 1 (0.020) | intergenic (‑101/‑100) | yiaJ/yiaK | transcriptional repressor for the yiaKLMNO‑lyxK‑sgbHUE operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent | |||||
TCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAAT > NC_000913/3742496‑3742771 | tctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCct < 1:17218‑M2/139‑3 (MQ=255) cGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt > 1:1291556‑M2/1‑134 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACCTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttga < 1:96253‑M2/139‑8 (MQ=255) cgtcgcgctgatcccggaagagctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGcc < 1:453250‑M2/9‑1 (MQ=255) tttttttCCCATCCCTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaatt < 2:868879‑M2/139‑13 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaatt < 2:533166‑M2/139‑13 (MQ=255) cgctgatcccggaagagctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGtt > 1:972531‑M2/126‑139 (MQ=255) gctgatcccggaagagctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTa > 1:1117068‑M2/125‑139 (MQ=255) tttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGACTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatc > 2:943221‑M2/1‑123 (MQ=255) tCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:307241‑M2/1‑121 (MQ=255) atcccggaagagctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTaaaaa > 1:1255975‑M2/121‑139 (MQ=255) ccATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcg > 2:17218‑M2/1‑119 (MQ=255) cATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcga > 2:808250‑M2/1‑118 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:806028‑M2/1‑117 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 2:806028‑M2/135‑19 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggca > 2:993240‑M2/1‑116 (MQ=255) cACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaagcatcggcat > 1:868879‑M2/1‑115 (MQ=255) ttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatag < 1:1108351‑M2/138‑27 (MQ=255) ttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatag > 2:1108351‑M2/1‑112 (MQ=255) cttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAA‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt < 1:998513‑M2/115‑6 (MQ=255) cttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACCATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt > 2:998513‑M2/1‑110 (MQ=255) ttCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatagtatat > 1:245381‑M2/1‑108 (MQ=255) ctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCt < 1:918606‑M2/10‑1 (MQ=255) ctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCt > 2:918606‑M2/109‑118 (MQ=255) ctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 2:61506‑M2/24‑1 (MQ=255) ctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt > 1:61506‑M2/109‑132 (MQ=255) ctggtgcctgccgtacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGatata > 2:1089558‑M2/109‑139 (MQ=255) aTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatc < 1:1035381‑M2/118‑17 (MQ=255) aTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatc > 2:1035381‑M2/1‑102 (MQ=255) tacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGcc < 1:1069863‑M2/9‑1 (MQ=255) tacagcaagctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGcc > 2:1069863‑M2/96‑104 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 2:894814‑M2/109‑19 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:894814‑M2/1‑91 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaat < 2:49880‑M2/106‑16 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaat > 1:49880‑M2/1‑91 (MQ=255) agctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt > 2:465030‑M2/89‑112 (MQ=255) agctgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 1:465030‑M2/24‑1 (MQ=255) tgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCt < 2:419403‑M2/10‑1 (MQ=255) tgtcgctgaacaatatgaagcaaaaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCt > 1:419403‑M2/86‑95 (MQ=255) tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat > 2:327969‑M2/1‑82 (MQ=255) tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat < 1:327969‑M2/106‑25 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatagtata < 2:89773‑M2/110‑31 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatagtata > 1:89773‑M2/1‑80 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat > 1:1094035‑M2/1‑80 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat < 2:1094035‑M2/104‑25 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 2:605196‑M2/97‑19 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:605196‑M2/1‑79 (MQ=255) cGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat < 2:906673‑M2/91‑25 (MQ=255) cGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat > 1:906673‑M2/1‑67 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt < 1:156726‑M2/67‑6 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt > 2:156726‑M2/1‑62 (MQ=255) aaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 1:987404‑M2/24‑1 (MQ=255) aaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt > 2:987404‑M2/63‑86 (MQ=255) aaacaggtattaaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGa > 2:492295‑M2/63‑139 (MQ=255) taaagagactttttacgtttgtaaaccatcacaaggagcaggacagtgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAAc > 2:1053803‑M2/53‑139 (MQ=255) 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1:428200‑M2/7‑107 (MQ=255) tgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGa < 2:428200‑M2/101‑1 (MQ=255) tgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGt < 2:799335‑M2/108‑1 (MQ=255) tgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGt < 1:392147‑M2/108‑1 (MQ=255) tgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGt > 1:799335‑M2/7‑114 (MQ=255) tgctgaCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGt > 2:392147‑M2/7‑114 (MQ=255) aCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAg < 2:1066965‑M2/118‑1 (MQ=255) 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TCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAAT > NC_000913/3742496‑3742771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |