| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1286875 = | 44 (0.740) | 22 (0.530) | 19/146 | 0.9 | 47.6% | intergenic (+349/+191) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| ? | NC_000913 | = 1287230 | 18 (0.440) | noncoding (7/171 nt) | rttR | rtT sRNA, processed from tyrT transcript | |||||
CTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATG > NC_000913/1287107‑1287364 | cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatg > 1:131030‑M2/1‑124 (MQ=255) tGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaagga > 1:578058‑M2/1‑109 (MQ=255) cGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggatt < 1:423162‑M2/139‑33 (MQ=255) ctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgc < 2:1120631‑M2/139‑45 (MQ=255) gacgctcGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgctt > 2:423162‑M2/3‑89 (MQ=255) acgctCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtggggg > 1:1038456‑M2/2‑88 (MQ=255) acgctCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtggggg < 2:1038456‑M2/112‑26 (MQ=255) gcTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgc < 2:798461‑M2/139‑54 (MQ=255) gcTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaa < 1:241392‑M2/94‑9 (MQ=255) gcTCGAGCCGAACATTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaa > 2:241392‑M2/1‑86 (MQ=255) cGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTATCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgccct > 1:1386016‑M2/1‑83 (MQ=255) cATCTTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTa > 2:831806/1‑120 (MQ=14) cATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTa < 1:831806/120‑1 (MQ=14) gCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAc < 1:149538/110‑1 (MQ=14) gCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAc > 2:149538/1‑110 (MQ=14) gCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggt < 1:1152734‑M2/108‑63 (MQ=255) gCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggt > 2:1152734‑M2/1‑46 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGAc < 2:430852/94‑1 (MQ=11) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGAc > 1:430852/1‑94 (MQ=11) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc > 1:1170109/1‑139 (MQ=18) ggCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtggggg > 1:1201429‑M2/1‑41 (MQ=255) ggCAGAATATCTAATTGCGGATGCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtggggg < 2:1201429‑M2/66‑26 (MQ=255) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggc > 2:1391781‑M2/1‑40 (MQ=255) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggc < 1:1391781‑M2/115‑76 (MQ=255) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcc < 1:887605‑M2/109‑70 (MQ=255) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcc > 2:887605‑M2/1‑40 (MQ=255) cAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagc < 2:232914‑M2/139‑101 (MQ=255) atatTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActttt < 2:1013637‑M2/40‑6 (MQ=255) atatTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActttt > 1:1013637‑M2/1‑35 (MQ=255) gaTTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGa > 1:85101/2‑119 (MQ=18) gaTTGCGGATTCG‑CTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGa < 2:85101/118‑1 (MQ=17) tGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcg < 2:1392964‑M2/139‑114 (MQ=255) tGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcg > 1:226617‑M2/1‑26 (MQ=255) tGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcg < 2:226617‑M2/90‑65 (MQ=255) tGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggt < 1:1267326‑M2/46‑21 (MQ=255) tGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggt > 2:1267326‑M2/1‑26 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc > 2:1083577/1‑122 (MQ=17) cGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc < 1:1083577/122‑1 (MQ=17) cGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAAttt > 1:837775/1‑139 (MQ=18) cGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaa < 2:1404481‑M2/139‑116 (MQ=255) cGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtggggg > 1:1026104‑M2/1‑24 (MQ=255) cGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtggggg < 2:1026104‑M2/49‑26 (MQ=255) ggATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaag > 1:232914‑M2/1‑23 (MQ=255) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcg > 2:1062531‑M2/1‑22 (MQ=255) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcg < 1:1062531‑M2/86‑65 (MQ=255) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaagga > 1:681410‑M2/1‑22 (MQ=255) gATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaagga < 2:681410‑M2/52‑31 (MQ=255) tcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg < 2:885339/130‑1 (MQ=255) cttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTaa < 2:1170109/133‑1 (MQ=255) gggAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccg < 2:1208562‑M2/116‑103 (MQ=255) gggAAGTTCAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccg > 1:1208562‑M2/1‑14 (MQ=255) agaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATCCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCTGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCt > 1:956727/3‑139 (MQ=255) aGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATCTTGAGGTAATGCTTg < 2:956727/139‑1 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTga > 1:173743/1‑139 (MQ=255) cAGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaagcttctcatccttccccg < 2:1260260‑M2/139‑134 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAt > 2:604409/1‑139 (MQ=255) aGGGActtttgaaagtgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaagcttctcatccttccccgc > 1:1392964‑M2/1‑5 (MQ=255) | CTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATG > NC_000913/1287107‑1287364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |