| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 3876426 | 148 (0.790) | 8 (0.050) | 5/378 | NT | 8.6% | coding (1807/4134 nt) | Y75_RS19225 | RHS element protein RhsA |
| ? | NC_007779 | = 3876544 | 31 (0.170) | coding (1689/4134 nt) | Y75_RS19225 | RHS element protein RhsA | |||||
CCGTCCGGCAGCATCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCGCAGGGTAAGTCACTGTGTGGATTATCATAACGGTAGCGGGTGATATCGCCGTCAGGGGCAGTTTCCTGAATCAGACGGCCCAATTCATCATATTCCCGGC > NC_007779/3876307‑3876776 | ccGTCCGGCAGCATCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 1:1652932‑M2/1‑238 (MQ=255)ccGTCCGGCAGCATCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGCGGTGCGGACGGCCTTTCCCCACGCAGCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATGCCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGGACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 1:1144822‑M2/1‑238 (MQ=255)cagtcCGGCAGCATCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 1:1993099‑M2/3‑238 (MQ=255) cGTCCGGCAGCATCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGCGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCCTACCGCGGTTCCTGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTTTCCCCCGCCGTCGTATGCGCGGGACTTACTCAGCCCTTTCCCCCGGTGCa < 2:1144822‑M2/238‑2 (MQ=255) cagcaTCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGGACTGGCCCAGCCCCTCCCCCCGGGGCcccgccgc < 2:663861‑M2/238‑9 (MQ=255) caTCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCCGTGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGGATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGGGCcccgccggcaat < 2:162383‑M2/239‑13 (MQ=255) ttCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGGGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCCCGGTGCccccccctcacttgcccca < 2:1526794‑M2/239‑20 (MQ=255) tCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGaa < 2:612539/239‑1 (MQ=31) ccATCCTGCGCGTTAGCCCGCCCTGGGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAg < 1:2206036/239‑1 (MQ=14) ccATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAg < 1:662087/239‑1 (MQ=31) ccATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAg < 1:490419/239‑1 (MQ=31) ccATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAg < 1:757851/239‑1 (MQ=31) tACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCCATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCCCGGGACTTACTCCGCCCCTCCTCCCGGTGCACCG‑CCGTCACCTGCCCGAAGCgg > 2:2094494/1‑239 (MQ=11) tACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCACGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGACGCgg > 1:1749757/1‑239 (MQ=14) tACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACCGCTGTCGTATGCGCGGGACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGGGCACCG‑CCGTCCTCCGCCCGGAGCgg > 2:2206036/1‑239 (MQ=9) aCTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGGTGTATTCATACCCCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCCGGCGGATGCGCGGGACTTGCTCAACCCTTCCCTCCGGGGCCCCC‑CCCTCCCCCGCCCGCAGCgg > 2:1368118/1‑238 (MQ=11) cTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGTGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCggtc < 1:1338923/239‑1 (MQ=14) tGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTTTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTTTCCACCGCTGTCCTATGCGCGGGACTGCTTCACCCCTTCCTCCCGGTGCACCC‑CCGCCATCTTCCCGCACCggtc > 2:1589847/1‑238 (MQ=11) tGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCCTACCGCGGTTCCTGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCCATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGAACCCGCCCTTCCCCGCGGTGCACCGCCCGTC‑TCTGCCCGGAGCgggcc > 2:753126/1‑236 (MQ=11) tGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCCATTAACTGGCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGCCTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGGCCTCTGCCCGAAGCggtc > 2:2023022/1‑238 (MQ=9) tGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGGACTGACTCAGCCCCTCCTCGCGGTGCCCCC‑CCGTCATCTGCCCGAAGCggac > 2:2075286/1‑236 (MQ=9) tGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGGCACCGGCGCTGTTGTATTCATACCGCGGTTCATGGGCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTACATGTCCACGGCTGGCGTTTGCGGGGGACTGGCTCCTCCCTTCCTCCCTGCGCCCCC‑CCGTCATCGGCCCCAGGCggta > 2:418342/1‑237 (MQ=11) tGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGGCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACCCAGCCCTTCCTCGCCGTGCCCCG‑CCCGCATCTGCCCGAAGCgggca > 2:1122212/1‑239 (MQ=255) ggcggcttAGCCCGCCCTGCGTGGGAAGGCGGGCCTTCCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCggtc < 2:1785518/232‑1 (MQ=2) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTCTGCGCGGTACTGGCTCAGCCCTTCCTCGCGGTGGCCCG‑CCGTCATCTGCCCGACGCggtcatg > 2:1306460/1‑239 (MQ=9) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGTGACTGACCCAGCCCTTCCTCGCGGTGCCCCC‑CCCCCCTCTGCCCGAAGCggccagg > 2:1736522/1‑237 (MQ=11) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCggtcatg > 1:1596248/1‑239 (MQ=31) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCCCCCGGTGCACCC‑CCGTCCTTTGCCCGAAGCggtcatg > 2:351780/1‑239 (MQ=9) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGGACTGACTCCGCCCTTCCTCGCGGGGCACCC‑CCGTCCTCCGCCCGACACggtcatg > 2:419808/1‑239 (MQ=11) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGGATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGGGTCTTTCACGGCCATTAACTGTCCACGGCCGTCGCATGCGCGGTACTGACTCCGCCCCTCCCCGCGGTGCACCG‑CCGTCCTCTCCCCGCAGCggtcatg > 2:1450774/1‑239 (MQ=11) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTCCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGGACTGACTCCGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGCCATCTGCCCGAAGCggtcatg > 2:689925/1‑239 (MQ=9) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTCCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGGATGCGCGGGACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGGGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCggtcatg > 2:632497/1‑239 (MQ=9) cgcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTCCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGGATGCGCGGGACTGACTCAGCCCTTCCCCCCGGTGCACCG‑CCGTCCTCTGCCCGAAGCggtcaag > 2:589565/1‑237 (MQ=9) gcgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGTCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCGCGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCggtcatg < 1:805649/238‑1 (MQ=14) cgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGACCTGCGTGCCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGCGCACCG‑CCGTCCTCTGCCCGAACCcgtcatgg > 1:376650/1‑238 (MQ=9) cgTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGGCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTTACTGTCCACGGCCGTCGTATGCGCGGTACTGACCCAGCCCTTCCCTGCGGGGCACCC‑CCGTCATCCGCCCCAAgggggccgggt > 2:1282954/1‑232 (MQ=11) gTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCTCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCCCGCGGTGCACCC‑CCGTCATCTGCCCGAAGCgggcatggt > 2:644796/1‑238 (MQ=9) gTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCggtcatggt < 1:1259487/238‑1 (MQ=31) cGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 1:903358‑M2/1‑193 (MQ=255) acggCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGGCGTACTGACCCAGCCCTTCCTCGCGGTGCccccccgtcat < 2:903358‑M2/194‑12 (MQ=255) cGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa < 1:115857‑M2/170‑2 (MQ=255) cGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 2:115857‑M2/1‑169 (MQ=255) tCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTGCCTCGCGGTGCa > 1:2138675‑M2/1‑165 (MQ=255) cGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 1:1265593‑M2/1‑164 (MQ=255) cGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa < 2:1265593‑M2/165‑2 (MQ=255) tgtCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCTATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 1:1888150‑M2/1‑157 (MQ=255) tgtCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCCGTGCa < 2:1888150‑M2/158‑2 (MQ=255) tttCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 2:475247‑M2/1‑150 (MQ=255) tttCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa < 1:475247‑M2/151‑2 (MQ=255) cGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCaccgccgtcattgccccggacggcagcagaaacgggacacagtacgatgcg > 2:386566‑M2/1‑110 (MQ=255) cGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCaccgccgtcattgccccggacggcagcagaaacgggacacagtacgatgcg < 1:386566‑M2/161‑52 (MQ=255) ggCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCaccgccgtcattgccccggacggcagcagaaacgggacacagtacgatgcg < 1:1764732‑M2/160‑52 (MQ=255) ggCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCaccgccgtcattgccccggacggcagcagaaacgggacacagtacgatgcg > 2:1764732‑M2/1‑109 (MQ=255) cGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCCCGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGC < 2:72569‑M2/238‑1 (MQ=255) gtttttgtattcATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:570767‑M2/5‑238 (MQ=255) ggtgttttttTCATACCGCGTTTCAGGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTACCTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:425605‑M2/3‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATCCCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAGCTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:884690‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATCCCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:1025009‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATACCGGGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTTAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:419837‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:1457783‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:1375555‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:351780‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:589236‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTACACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:1850304‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGAAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:1226994‑M2/1‑238 (MQ=255) gATGTTGTATCCTTCCCGCTGTTCTTGGCCCTGGTTGTCTTCCACGGGAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGGGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:1720342‑M2/1‑238 (MQ=255) caggttgttttcATACCGCGTTTCATGGCCCGGCGTGTCTTCCACGGCAATTAACGGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:2112260‑M2/4‑238 (MQ=255) gcgttgtatTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCaccaccgtcattgccccggacggcagcagaaacgggacacagtacgatgcgtggggaaaagccatctgtaccacgcagggcggtctgacgcgcagtatggaatacgatgctgccggacgggtcatccgcctga < 1:933239‑M2/236‑134 (MQ=255) aCCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCaccaccgtcattgccccggacggcagcagaaacgggacacagtacgatgcgtggggaaaagccatctgtaccacgcagggcggtctgacgcgcagtatggaatacgatgctgccggacgggtcatccgcctgaccagtgaaaacggc > 2:933239‑M2/1‑92 (MQ=255) aCCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:753908‑M2/1‑224 (MQ=255) aCCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG < 1:753908‑M2/224‑1 (MQ=255) gcgTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:2047615‑M2/1‑221 (MQ=255) gcgTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG < 1:2047615‑M2/221‑1 (MQ=255) gCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa < 1:1019494‑M2/75‑2 (MQ=255) gCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCa > 2:1019494‑M2/1‑74 (MQ=255) tttCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG < 2:2193133‑M2/199‑1 (MQ=255) tttCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 1:2193133‑M2/1‑199 (MQ=255) gTATGCGCGGTACGGCCTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCAGCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:2155893‑M2/1‑169 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCaccgccgtcattgccccggacggcagcagaaacgggacacagtacgatgcgtggggaaaggccgtccgtaccacgcagggcgggctaacgcgcagtatggaatacgatgctgccggacgggtcatccgcctgaccagtgaaaacggcagccacaccaccttccgttacgatgtacttgaccggctgatacaggaaaccggctttgacggccgcacacagcgt < 1:1114672‑M2/239‑223 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCGatgtacttgaccggctgatacaggaaaccggctttgacggccgcacacagcgttatccccacgacctgaccggcaaacttatccgcagcg < 1:547697‑M2/239‑91 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCGatgtacttgaccggctgatacaggaaaccggctttgacggccgcacacagcgttatcaccacgacctgaccggcaaacttatccgcagcg < 1:1476685‑M2/239‑91 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:1185162‑M2/1‑149 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG < 1:1795954‑M2/149‑1 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG < 1:150417‑M2/149‑1 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG < 1:1185162‑M2/149‑1 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:150417‑M2/1‑149 (MQ=255) gCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCG > 2:1795954‑M2/1‑149 (MQ=255) cgGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCGatgtacttgaccggctgatacaggaaaccggccttgacggccgcacacagcgttatcaccacgacctgaccggcaaacttatccgcagcgaggatgaggg < 2:469285‑M2/238‑101 (MQ=255) | CCGTCCGGCAGCATCGTATTCCATACTGCGCGTTAGCCCGCCCTGCGTGGTACGGACGGCCTTTCCCCACGCATCGTACTGTGTCCCGTTTCTGCTGCCGTCCGGGGCAATGACGGCGGTCAGGTCACCGGCGATGTTGTATTCATACCGCGTTTCATGGCCCTGCGTGTCTTTCACGGCAATTAACTGTCCACGGCTGTCGTATGCGCGGTACTGACTCAGCCCTTCCTCGCGGTGCACCG‑CCGTCATCTGCCCGAAGCGGTCATGGTCATAACGGGTTACATAACCGGAACAGTCGGTGAAGCTCAGCAACTGACCGTAACGGCTCCACGTCATGGTTTTCCGGCTGCCGGTGGCATCTTCCGTTGCGCAGGGTAAGTCACTGTGTGGATTATCATAACGGTAGCGGGTGATATCGCCGTCAGGGGCAGTTTCCTGAATCAGACGGCCCAATTCATCATATTCCCGGC > NC_007779/3876307‑3876776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |