| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_007779 | 3419810 = | 114 (0.700) | 8 (0.050) | 4/408 | NT | 7.2% | pseudogene (914/1025 nt) | Y75_RS16995 | amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_007779 | 3419983 = | 97 (0.620) | intergenic (+62/‑6) | Y75_RS16995/Y75_RS17000 | amino acid ABC transporter substrate‑binding protein/amino acid ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCA > NC_007779/3419748‑3420215 | GGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGttt > 1:1154543‑M1/1‑239 (MQ=255) tGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGGAATCAGTACGCACCGCCCGCGCGTTAAGTTGGGGGGAGGGAAAGAGCGTCGCGACGGCGGCGCTCTCTTCCG‑CGTTATGCTTTCCGCGGTTTTTATTTCTCATcgcc > 1:504676/1‑238 (MQ=255) ataataAAGGGGCCTATAACATCATCAATCAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCGCTGGAATAACGGCTGTATTCAGTACGCACCGCCCTTGCGTTAAGTCGGTGTGAGTTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑Ct < 2:1823781/238‑1 (MQ=255) tGGGCCTGTAACATCATTAAACATGGTGGTAACTACTCGGAAATTTTTGATCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCCGCGAATGATGCGTGGGCAAAATAATCTCCGGGATAACGGCGGTATTCAGTCCGCACCGCCCGTTAGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCGACGGCGGTGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑GTCTACCGATa < 2:230585/239‑1 (MQ=255) ggCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGGATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGGTAAAGCGGGGTGAGGGAAAGAGCGGCGCTAAGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGGTATGCTTTTCGCGGGTTCTATGTCTCAACGCCG‑CCCAACCCTTaaa > 1:303210/1‑239 (MQ=255) ggCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGGAATCTGTAACCACCGCCCCGGCGTTAAGTGGGTGGGAGGTGACGAGCGTAGCCACGGCGGCGCCACCTTCAGCCGTGTGGCTTTCTG‑GGGTTCTTTGACTCCTCGCCG‑CACAACCGCTata > 2:1727016/1‑237 (MQ=255) gCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTaaa < 1:147678/238‑1 (MQ=255) taACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTTAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGGGTGAGGGAACGAGGGTCGCCACGGCGGCGCCCTCTTCAG‑CGGTATGCTTTTCGCGGGTTCTTTTTCTCATCGCCGCCCCAACGTTTAAAggtc > 1:1010157/1‑236 (MQ=255) catcaAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCActctct < 1:1053225/239‑1 (MQ=255) gTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGc < 1:868374/230‑1 (MQ=255) 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> 1:1536377/1‑239 (MQ=255) gCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTGTGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTCCGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAgg < 1:1331133/238‑1 (MQ=255) tAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTg < 2:716632/239‑1 (MQ=255) tAAGGCGGTGGGAGGTGACGGGAGTGGCTACGGCGGGGGTCGCTTCAG‑GGTTATGCGTTCCGAGGTTTCTCTGTATCATCGCCG‑CTCAACCGGTAAAGGCTCACTCTCGTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCAGTACTTCAGGTTTTg < 2:1792581/239‑1 (MQ=255) 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ggTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCtt > 2:1091695/1‑237 (MQ=255) ggTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCtt > 1:745145/1‑237 (MQ=255) gtgtGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAG‑CGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCtt > 1:770969/1‑236 (MQ=255) 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1:1080307/1‑238 (MQ=255) tGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTa > 1:1115777/1‑238 (MQ=255) tGCTTTCAGAGGTTTCTATGTCTCATAGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTAATTCAGGTTTTGCCGTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGTTCTTGTCGAGCTTTTGATCGATTa > 2:849125/1‑238 (MQ=255) tttccgagGTTTCTATGTCTCATCGCCG‑CTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACcag < 2:778340‑M2/231‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |