New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | 534 (4.160) | 185/530 | 0.0 | 81.8% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | NC_000913 | 3712115 = | 119 (0.930) | intergenic (‑108/+121) | yhjX/yhjY | pyruvate‑inducible inner membrane protein, putative transporter/autotransporter beta‑domain protein |
Only 100 of 534 total aligned reads displayed.
CGCACTATGGCGACGCTGGGGCGTCTTATGAGCCTGCTGTCACCCTTTGACGTGGTGATATGGATGACGGATGGCTGGCCGCTGTATGAATCCCGCCTGAAGGGAAAGCTGCACGTAATCAGCAAGCGATATACGCAGCGAATTGAGCGGCATAACCTGAATCTGAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3583908‑3584195 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCC > NC_000913/3712115‑3712399 ACTATGGCGACGCTGGGGCTTCTTATGAGCCGGCTGTCACCCGTTGACGTGGTGATATGGATGACGGATGGCTGGCCGCTGTATGAATCCCGCCTGAAGGGAAAGCTGCACGTAATCAGCAAGCGATATACGCAGCGAATTGAGCGGCATAACCTGAATCTGAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAA < 1:99020/288‑1 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ATGACGGATGGCTGGCCGCTGTATGAATCCCGCCTGAAGGGAAAGCTGCACGTAATCAGCAAGCGATATACGCAGCGAATTGAGCGGCATAACCTGAATCTGAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGT < 1:877931/288‑1 GACGGATGGCTGGCCGCTGTATGAATCCCGCCTGAAGGGAAAGCTGCACGTAATCAGCAAGCGATATACGCAGCGAATTGAGCGGCATAACCTGAATCTGAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTA > 1:643110/1‑288 CTGGCCGCTGTATGAATCCCGCCTGAAGGGAAAGCTGCACGTAATCAGCAAGCGATATAAGCAGCGAATTGAGCGGCATAACCTGAATCTGAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACT < 1:54685/288‑1 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2:426710/279‑1 GAAGCTGAGGCAGAACCTGGCACGGCTCGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAAACGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCGGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGT < 1:1011876/289‑1 CTGAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATGTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCT < 1:888127/289‑1 GAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTAT > 1:714607/1‑289 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TTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCACTATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTG > 1:1000242/1‑288 TTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTG > 1:11656/1‑288 TTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACACCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGATCAACATATCAGCGCCTACTGTta > 2:1006036/1‑287 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TATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTCGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGATCAACATATCAGCCCCTACGGTGACATCCAGCCATTTTCCTTT > 2:792962/1‑289 TATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGT > 2:779227/1‑288 TATCAATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCAT < 1:1217641/169‑1 ATAAGTTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATT > 2:58715/1‑197 TTGGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAA > 1:31123/1‑98 GGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATAGTTTGATTGAGCAACATAACATCGCCGACGGTGACATCCAGCACGTTGGCGTTCTGGTTgtgtg > 2:828442/1‑283 GGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGC > 2:840480/1‑220 GGAGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGC > 1:274253/1‑91 AGTCATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCC < 2:257775/151‑1 ATTACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCAT > 1:35218/1‑289 TACCAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCAAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCC > 1:168083/1‑289 CGCACTATGGCGACGCTGGGGCGTCTTATGAGCCTGCTGTCACCCTTTGACGTGGTGATATGGATGACGGATGGCTGGCCGCTGTATGAATCCCGCCTGAAGGGAAAGCTGCACGTAATCAGCAAGCGATATACGCAGCGAATTGAGCGGCATAACCTGAATCTGAGGCAGCACCTGGCACGGCTGGGACGGAAGTCGCTGTCGTTCTCAAAATCGGTGGAGCTGCATGACAAAGTCATCGGGCATTATCTGAACATAAAACACTATCAATAAGTTGGAGTCATTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3583908‑3584195 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCC > NC_000913/3712115‑3712399 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |