New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | 534 (4.160) | 185/530 | 0.0 | 81.8% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | NC_000913 | 3712115 = | 119 (0.930) | intergenic (‑108/+121) | yhjX/yhjY | pyruvate‑inducible inner membrane protein, putative transporter/autotransporter beta‑domain protein |
Only 100 of 653 total aligned reads displayed.
CCAGCCCCAGACTTAACAAGCCGAAAGAGAAAGCGACCTGGC‑TTACCGGCGCATCCAGCTTGGCGGAAAGCGCGCCATTAAACAGGCTCCAGGTATAAACCGACCCCAGCGCAAACTGGGTAATGATAGTACCGATGAGTGTCAGCCAGCGGGTACGCTGATAATTTGAAGGTGTCATGGCAGTATTCCTGCAGTAATAAAAAGGAAAAATCTCTGCCGACAACCATAACGAAGTGCACTTTATGCCTGGGGAAAAACGGCATGAAATGCCATCAGAACGGAATGAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCC > NC_000913/3711830‑3712399 | actatggcgacgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccaaa < 1:808580‑M2/3‑1 (MQ=255) acccAGACTGAGCAAGAGGAAAGAGAAAGGCAACGGGCGTGACGGGCG‑ATCCAGCGTGGCGGAAAGAGCGCCATTAAACAGGCTCCCGGTATAAACCGAACCCAGCGCAAACTGAGTAATTATAGTAACGAGGAGTGTCAGCCAGCGGGTACGCTGATAATTGGAAGGTGGAATGGCAGTATTCATGCAGTAATAAAAAGGAAAAATCTCTGCCGACAACCATAACGAAGTGCGCTTTATGCCTGGGGAAAAACGGCATGAAATGCCATCAGAACGGAATGAAATGCCt < 2:767341/288‑1 (MQ=255) atggcgacgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaaactaaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCt > 1:745932‑M2/282‑289 (MQ=255) aggcgacgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggggatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataaactgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCt < 1:477877‑M2/8‑1 (MQ=255) gacctcaacaGCCGAAAGGGGAAGGCACCTGGC‑TTAGCGGCTCATTCAGCTTGGCGGGAAGCGCGCCATTAGACAGGCTCCGGGTATTAACCGACCCCAGCGCAAACTGTGTAATGCTAGTACCGATGAGTGTCATCCAGCGGGTACGCTGATAATTTGAAGGTGTCATGGCAGTATTCCTGCAGTCATAAAAAGGGAAAATCTCTGCCGACAACCATAACGAAGTGCACTTTATTCCTGGAGAAAAACTGCATGAAATTCCATCAGAACGGAATGAAATGCCTTAGtt < 2:29454/280‑1 (MQ=255) aaCAAGCCGAAAGAGAAAGCGACCTGGC‑TTACCGGCGCATCCAGCTTGGCGGAAAGCGCGCCATTAAACAGGCTCCAGGTATAAACCGACCCCAGCGCAAACTGGGTAATGATAGTACCGATGAGTGTCAGCCAGCGGGTACGCTGATAATTTGAAGGTGTCATGGCAGTATTCCTGCAGTAATAAAAAGGAAAAATCTCTGCCGACAACCATAACGAAGTGCACTTTATGCCTGGGGAAAAACGGCATGAAATGCCATCAGAACGGAATGAAATGCCTTAGTTCAGga > 1:1097773/1‑289 (MQ=255) ggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAgg < 1:309181‑M2/17‑1 (MQ=255) ttatgagcctgatgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggccggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccaaa < 1:587033‑M2/3‑1 (MQ=255) gcctgcgggcaccctttgacgtggtgagatggaggacggatggctggccgctgtatgaatcccgccggaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGa < 2:1234102‑M2/31‑1 (MQ=255) ctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctggagggacagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctggcacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggaccttcatgacaaagtcatcgggcattctctgaacataaaacactatcattaagtaggactaattaccAAATGCCTTAGGTCAGGAATTAatgaagcgtaaa > 2:743919‑M2/256‑285 (MQ=255) 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tgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGc < 1:1199575‑M2/6‑1 (MQ=255) cGGCGCATCCAGCTTGGCGGAAAGCGCGCCATTAAACAGGCTCCAGGTATAAACCGACCCCAGCGCAAACTGGGTAATGATAGTACCGATGAGTGTCAGCCAGCGGGTACGCTGATAATTTGAAGGTGTCATGGCAGTATTCCTGCAGTAATAAAAAGGAAAAATCTCTGCCGACAACCATAACGAAGTGCACTTTATGCCTGGGGAAAAACGGCATGAAATGCCATCAGAACGGAATGAAATGCCTTAGtt < 1:163182/252‑1 (MQ=255) ggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcccggctgggacggaagtagctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaaggcagcgggcattctcggacaagaaaccactagcaataagttggagtacttaccAAATGCCTCAGTGCAGGACAGAATGAGGCGACAATTCATCACCAAATTaaatat > 2:860543‑M2/236‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |