| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1770191 | 165 (1.090) | 5 (0.030) | 5/564 | NT | 2.9% | intergenic (+5/‑181) | ydiK/rprA | UPF0118 family inner membrane protein/sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | = 1770216 | 170 (1.120) | intergenic (+30/‑156) | ydiK/rprA | UPF0118 family inner membrane protein/sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
ACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTC > NC_000913/1769896‑1770487 | ccTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAggc < 1:657811/300‑1 (MQ=255) cTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCGTGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGGAATTTCTCATCAggcg > 1:449106/1‑300 (MQ=255) tGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAggcg > 1:331643/1‑299 (MQ=255) gAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGctc < 1:932365/299‑1 (MQ=255) aaCGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGCAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGctct > 1:1190092/1‑299 (MQ=255) aCGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTg < 1:146029/299‑1 (MQ=255) ttGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCTCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTcatcaggcggcagagccgcctg < 1:206540‑M1/300‑23 (MQ=255) tAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGAtt < 1:1329917/299‑1 (MQ=255) tgGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTAGATAACGTCCTCCGCCCAATGTTAATGCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCGGATTCTCGCTTGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGTTGGATGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCTAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTgcc < 2:367854/286‑1 (MQ=255) aGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCAAAGGTTAATTCGCCTGGGTGCCGTTTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTgccgcc < 2:1261657/286‑1 (MQ=255) gtgtGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCt > 1:561120/1‑300 (MQ=255) tgtttgtcACGTTGGATAACGTCATCCACCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTTATCTTGATTCTCTCTGTCTTTATTTGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTcatcaggcggcagagccgcctgatgag < 2:507733‑M1/283‑28 (MQ=255) tgGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGTTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGt < 2:189239/286‑1 (MQ=255) cccGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGCCCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATACGTAATTTCTCATCAGGCGACTCTGCCGCCTGATTGTTAaccac > 2:234263/3‑286 (MQ=255) aaCGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGctct < 1:1014807/300‑1 (MQ=255) tCCGCCCAATGTTCATGCGCATGTGTGCCGATTGACCGCTGATCCTGTTTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGGTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATttgc < 2:289237/286‑1 (MQ=255) cGCCCAATGTGAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTGCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 2:86505/285‑1 (MQ=255) aaTGTTTATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGAGTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGctct < 2:580071/286‑1 (MQ=255) aaTGTTAATGCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGGCTGGTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGGTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACGTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGctct < 2:37898/286‑1 (MQ=255) tGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAAACACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCt > 1:378447/1‑299 (MQ=255) tAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTcccc < 2:66079/286‑1 (MQ=255) cGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCg > 1:1026376/1‑299 (MQ=255) 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aaGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAAc > 1:15155/1‑300 (MQ=255) aGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACa > 1:219570/1‑300 (MQ=255) ttCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTc < 1:631718/300‑1 (MQ=255) | ACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTC > NC_000913/1769896‑1770487 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |