| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1770191 | 165 (1.090) | 5 (0.030) | 5/564 | NT | 2.9% | intergenic (+5/‑181) | ydiK/rprA | UPF0118 family inner membrane protein/sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | = 1770216 | 170 (1.120) | intergenic (+30/‑156) | ydiK/rprA | UPF0118 family inner membrane protein/sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCAC > NC_000913/1769918‑1770510 | tAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGAtt < 1:1329917/299‑1 (MQ=255) gtgGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGACCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTATGGCGTTATTGTTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTaa < 1:928846/300‑1 (MQ=255) ggAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAATGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAacc < 1:1354287/300‑1 (MQ=255) ggAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCTAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTTATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAacc < 1:242545/300‑1 (MQ=255) gtgtGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCt > 1:561120/1‑300 (MQ=255) gTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAAtta > 1:461334/1‑299 (MQ=255) aaCGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGctct < 1:1014807/300‑1 (MQ=255) ccGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCata < 1:211266/300‑1 (MQ=255) cGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 2:281788/285‑1 (MQ=255) cGCCCAATGTGAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTGCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 2:86505/285‑1 (MQ=255) 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tctgctgATCCTGATTCTCTCTGGCGGTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATGCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTAATCAGGCGGCAGAGCCGCCTGATGagaaattacttattcagtttctcgatttagccaagttcttcgagaatttcttccggttggtccgtcggcggcgg > 1:515159‑M2/4‑226 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGgtagta > 1:1248806/1‑298 (MQ=255) gCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGgtagta > 1:172274/1‑296 (MQ=255) 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gccgccTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGcc > 1:343050/1‑299 (MQ=255) ccgccTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGccc > 1:1010218/1‑299 (MQ=255) cTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCAc < 1:1040743/300‑1 (MQ=255) | TAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTTCTGTTAGCCGTTTCCTGGCGTCTGTTTGCCGCGTGGGTGGAAGAAGTCCCGCCGCCGACGGACCAACCGGAAGAAATTCTCGAAGAACTTGGCGAAATCGAGAAACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCAC > NC_000913/1769918‑1770510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |