| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 9 (0.090) | 9/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981119‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGTT < BX571857/1025750‑1025655 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT < 2:1021155/97‑1CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAAGCGTTATCTGT > 1:624002/1‑97 TTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 1:1760189/1‑97 TATATACTACAATCCATCTGCCCTGTTTATGCCCTTGGTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAGCACACTGTAATTCAGGCGTTATCTGTAT < 2:1809868/97‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 2:899937/97‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 1:454316/97‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 2:2466182/97‑1 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC > 2:843678/1‑97 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC > 1:211534/1‑97 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC < 2:1264710/97‑1 TATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCA < 1:2337081/97‑1 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCAT < 1:1161766/97‑1 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCAT < 2:387246/97‑1 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCAT < 2:820722/97‑1 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATG < 1:1503687/97‑1 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATG < 2:373579/97‑1 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATG < 2:373605/97‑1 AAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 2:578641/1‑97 AAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGAC > 2:2114862/1‑97 AAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGAC > 2:1155499/1‑97 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACA < 2:1219344/97‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACAC > 1:2307852/1‑97 TCCCTCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTGTACCTTGCAACACATTCTGAACGCCTTGATAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 2:599153/97‑1 TCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA > 1:559037/1‑97 TCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 2:1499192/97‑1 TCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 1:2480763/97‑1 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 2:1945352/1‑97 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT < 1:545504/97‑1 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 1:589260/1‑97 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 2:260219/1‑97 ATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTA > 1:1976450/1‑97 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAA < 1:438945/97‑1 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTACGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAAC > 1:1340762/1‑97 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA < 1:1302480/97‑1 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA > 1:1231449/1‑97 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA < 2:1270859/97‑1 CCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACC > 2:70539/1‑97 CCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACC > 2:557889/1‑97 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCT < 1:1070441/97‑1 CTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA < 2:2386917/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTTCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 2:531993/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 1:1388572/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 1:1344587/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTGATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 1:1263799/97‑1 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT > 2:2527815/1‑97 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 1:1566952/97‑1 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 2:2005146/97‑1 CCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAA < 1:2546780/97‑1 GCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAA > 1:2509272/1‑97 ACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTAC < 2:2048442/97‑1 GAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACG < 2:1722894/97‑1 ACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTA > 1:714207/1‑97 AATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATC > 2:264119/1‑97 GGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTT < 1:1299747/97‑1 TTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTA < 2:2352453/97‑1 TCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCA < 1:1543131/97‑1 CTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCAC > 2:821390/1‑97 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT < 1:1511959/97‑1 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT < 1:341201/97‑1 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT > 1:1710101/1‑97 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ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA < 1:1221270/97‑1 GACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAA > 1:1198458/1‑97 ACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAAT > 2:1354265/1‑97 ACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAAT < 1:1903911/97‑1 ACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAAT > 1:67654/1‑97 ACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATAT > 1:188188/1‑97 ACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATAT < 1:1798640/97‑1 CATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATT < 2:1512081/97‑1 CATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATT < 1:1753944/97‑1 CATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATT < 1:1284686/97‑1 ATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTT < 2:2363062/97‑1 ATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTT < 2:1475798/97‑1 ATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTT < 2:1461041/97‑1 ATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTT < 1:530548/97‑1 TTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTT > 2:2283307/1‑97 TAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTC < 1:1993694/97‑1 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TAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGT < 1:1626644/97‑1 TAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGT < 2:863229/97‑1 TAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGT < 2:2009915/97‑1 TAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTGTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGT > 2:539519/1‑97 AATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTG < 1:1428029/97‑1 AATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTG < 1:879788/97‑1 AATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTG < 1:611997/97‑1 ATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCAATTTAACTTTAAATATTTTCCCCTCGTGT > 2:1348340/1‑97 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981119‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGTT < BX571857/1025750‑1025655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |