| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 9 (0.090) | 9/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 | aaCACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCa > 1:608896‑M2/1‑96 (MQ=255) cacGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatt < 1:879788‑M2/97‑4 (MQ=255) acGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatta < 2:863229‑M2/97‑5 (MQ=255) acGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatta < 2:2009915‑M2/97‑5 (MQ=255) acGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatta < 2:689630‑M2/97‑5 (MQ=255) aGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggt > 2:59624‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggt > 1:2019120‑M2/1‑90 (MQ=255) tGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgt > 1:812160‑M2/1‑88 (MQ=255) ggAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtt > 2:929126‑M2/1‑87 (MQ=255) ggAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtt > 2:1486882‑M2/1‑87 (MQ=255) ggAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtt > 2:1486866‑M2/1‑87 (MQ=255) ggAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtt > 2:1807962‑M2/1‑87 (MQ=255) ggAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtt < 1:124312‑M2/97‑11 (MQ=255) gAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtta < 1:1993694‑M2/97‑12 (MQ=255) aaaaTATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaa > 2:2283307‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaTATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaat < 2:1461041‑M2/97‑14 (MQ=255) aaTATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatg < 2:1512081‑M2/97‑15 (MQ=255) aaTATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatg < 1:1753944‑M2/97‑15 (MQ=255) aaTATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatg < 1:1284686‑M2/97‑15 (MQ=255) atatTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgt > 2:318677‑M2/1‑82 (MQ=255) atatTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgt < 1:1798640‑M2/97‑16 (MQ=255) atatTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgt > 1:188188‑M2/1‑82 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt < 1:1903911‑M2/97‑18 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt > 2:1354265‑M2/1‑80 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt > 1:67654‑M2/1‑80 (MQ=255) tttAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtc > 1:1198458‑M2/1‑79 (MQ=255) aagttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataa < 1:2394041‑M2/97‑23 (MQ=255) agttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataat > 1:2471644‑M2/1‑74 (MQ=255) gttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCcttaggtgttaatgtgtcataatg > 2:2314557‑M2/1‑73 (MQ=255) ttaaagtGGTAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAGACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatga > 2:792848‑M2/1‑72 (MQ=255) aaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgata < 1:341201‑M2/97‑28 (MQ=255) aaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgata < 1:1511959‑M2/97‑28 (MQ=255) gtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacag > 2:821390‑M2/1‑67 (MQ=255) gtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGt < 2:602524/97‑1 (MQ=255) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacaga < 1:1543131‑M2/97‑32 (MQ=255) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTg < 2:113028/97‑1 (MQ=255) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTg < 1:848677/97‑1 (MQ=255) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTg < 1:1639897/97‑1 (MQ=255) gATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGa < 2:1044069/97‑1 (MQ=255) gATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGa > 2:671616/1‑97 (MQ=255) aTAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAt < 2:479956/97‑1 (MQ=255) aTAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAt < 2:1522322/97‑1 (MQ=255) tAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataa < 2:2352453‑M2/97‑35 (MQ=255) aagaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtttt < 2:42549/94‑1 (MQ=255) aaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtttt > 1:1399116/1‑97 (MQ=255) aaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgcc > 2:2375340‑M2/1‑59 (MQ=255) aaCATTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTAt > 2:142063/1‑97 (MQ=255) cTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTg > 2:2052421/1‑97 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa > 1:1716105/1‑97 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa > 2:2480027/1‑97 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa > 1:1552616/1‑97 (MQ=255) ttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGaa < 1:2154367/97‑1 (MQ=255) tGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAAt < 2:2126798/97‑1 (MQ=255) tGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAAt > 1:1294493/1‑97 (MQ=255) tatTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGa < 1:1366322/97‑1 (MQ=255) tatTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGa < 2:74332/97‑1 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAg > 1:932541/1‑97 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAg > 1:2344361/1‑97 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAg > 2:1392422/1‑97 (MQ=255) ttACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGt > 1:978097/1‑97 (MQ=255) 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ttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTg > 1:1762748/1‑97 (MQ=255) ttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTg > 1:2141421/1‑97 (MQ=255) ttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTg > 1:510089/1‑97 (MQ=255) tAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggt > 1:714207‑M2/1‑37 (MQ=255) tAAACGGTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCGTAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTgg < 2:1278785/97‑1 (MQ=255) aaaCGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGa < 1:1326558/97‑1 (MQ=255) aaCGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGat < 2:1036946/97‑1 (MQ=255) cGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgttc < 2:1722894‑M2/97‑65 (MQ=255) 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tttGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACa < 1:1469537/97‑1 (MQ=255) tGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATg < 1:1144236/97‑1 (MQ=255) agaATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTa < 2:1418302/97‑1 (MQ=255) agaATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTa < 2:720157/97‑1 (MQ=255) gaATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTaa < 1:636291/97‑1 (MQ=255) aaTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAt < 2:1261538/97‑1 (MQ=255) aTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAtt < 1:416539/97‑1 (MQ=255) cGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaa < 2:731191/97‑1 (MQ=255) gTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaaa < 2:99329/97‑1 (MQ=255) gTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaaa < 1:800497/97‑1 (MQ=255) ttttACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgttcagaatgtgttgcaaggtaaaaaaggg < 1:2546780‑M2/97‑91 (MQ=255) ttACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGt > 2:858391/1‑97 (MQ=255) tACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTc < 1:1020760/97‑1 (MQ=255) tACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGGGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTc < 2:1612089/97‑1 (MQ=255) ccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAg < 1:1803620/97‑1 (MQ=255) cATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGt < 1:2307103/97‑1 (MQ=255) | AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |