| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 18 (0.310) | 17/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980901‑981093 | aacacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttacca < 2:906727‑M1/1‑1 (MQ=255) cacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAtt < 2:149909‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAtt > 2:1065630‑M1/95‑97 (MQ=255) acgtgtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactgtgatactagagcgtttttaaacgtgagtgtacgtttgagaatggcggtttcagcATTa < 2:1416342‑M1/4‑1 (MQ=255) cgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAg < 1:419170‑M1/5‑1 (MQ=255) cgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAg < 1:217756‑M1/5‑1 (MQ=255) cgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAg > 1:1164326‑M1/93‑97 (MQ=255) cgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAg > 1:887086‑M1/93‑97 (MQ=255) tgAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGgtgt > 1:21430/1‑97 (MQ=255) ggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGtt > 2:382431‑M1/88‑97 (MQ=255) ggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGtt > 1:810357‑M1/88‑97 (MQ=255) gaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTa < 1:1060959‑M1/11‑1 (MQ=255) aaagtatttaaagttaaagtgataaaaacttggatattacagcgtttttaaaggttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTaa > 2:1116593‑M1/86‑97 (MQ=255) aaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTaa > 2:1087631‑M1/86‑97 (MQ=255) aTCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTaa < 2:1062435/97‑1 (MQ=255) aTCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTaa < 2:698619/97‑1 (MQ=255) aaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAAt < 2:1088297‑M1/13‑1 (MQ=255) aaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAAt > 1:114106‑M1/85‑97 (MQ=255) cAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAAtg < 2:609662/97‑1 (MQ=255) aatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAAtg < 1:208905‑M1/14‑1 (MQ=255) atatttaaagttacagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttcccATTAGGTGTTAAtgt > 2:144727‑M1/83‑97 (MQ=255) 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atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt > 1:237468‑M1/81‑97 (MQ=255) atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt < 2:441024‑M1/17‑1 (MQ=255) aaGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATgtgt < 1:1209386/97‑1 (MQ=255) tttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTc < 2:951483‑M1/18‑1 (MQ=255) aGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTc < 2:1123220/97‑1 (MQ=255) gATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATTGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCa < 1:1150754/97‑1 (MQ=255) gATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCa > 1:591773/1‑97 (MQ=255) taaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCAt < 2:107475‑M1/20‑1 (MQ=255) taaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCAt < 1:351811‑M1/20‑1 (MQ=255) taaagtgagagtgatagaaactttgatattacagcgtgtttaaacggtcgtgtacgtgtgggaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTTTCAt > 2:1285124‑M1/78‑97 (MQ=255) gATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATg < 2:949302/97‑1 (MQ=255) ttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa > 2:419699‑M1/73‑97 (MQ=255) taaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt > 1:738226‑M1/72‑97 (MQ=255) taaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt > 2:463735‑M1/72‑97 (MQ=255) aaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATa < 2:544810‑M1/27‑1 (MQ=255) taGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTTATAATTATAc > 2:247357/1‑97 (MQ=255) aGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACa > 1:1065142/1‑97 (MQ=255) gTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAg > 1:1409161/1‑97 (MQ=255) gataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGAt > 2:810554‑M1/66‑97 (MQ=255) gataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGAt < 2:618462‑M1/32‑1 (MQ=255) ttAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATa > 2:158731/1‑97 (MQ=255) aggAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAAc > 2:1304877/3‑97 (MQ=255) aaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAAc > 2:383616‑M1/63‑97 (MQ=255) aaGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAAc < 2:191997/97‑1 (MQ=255) aaGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAAc > 2:1187879/1‑97 (MQ=255) actttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCt < 1:758831‑M1/39‑1 (MQ=255) aaTGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCtt < 1:657924/97‑1 (MQ=255) tttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTa < 2:956318‑M1/41‑1 (MQ=255) aTGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTa < 2:1160354/97‑1 (MQ=255) ttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTaa > 2:22109‑M1/56‑97 (MQ=255) ttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTaa > 1:428819‑M1/56‑97 (MQ=255) gtgCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAAt < 2:1294058/97‑1 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GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980901‑981093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |