| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571858 | 1 = | 0 (0.000) | 259 (1.150) | 122/170 | NT | 100% | intergenic (–/‑11) | –/pSAS01 | –/putative ABC transporter ATP binding protein |
| ? | BX571858 | = 20651 | 0 (0.000) | intergenic (+5/–) | pSAS24/– | putative exported protein/– | |||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
ATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571858/96‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑TTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATC < BX571858/20651‑20557 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT > 2:594635/1‑97 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT > 1:3345334/1‑97 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT > 1:3492509/1‑97 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT > 2:3513923/1‑97 TTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAA < 1:1641215/97‑1 TTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAA < 2:3136516/97‑1 TCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAA > 1:2761413/1‑97 TCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAA < 2:585535/97‑1 TCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAA < 2:1459170/97‑1 AAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCT < 1:891217/97‑1 TAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGA > 1:307326/1‑97 AAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAA < 2:287316/97‑1 AAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAA < 1:1332330/97‑1 AAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAAT > 1:1256932/1‑97 GTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT > 2:1542012/1‑97 GTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT > 1:2119239/1‑97 GTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT < 2:2782039/97‑1 TTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATc < 2:1003734/97‑2 TTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATc > 1:790665/1‑96 TTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATc < 2:531668/97‑2 TTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATc > 2:186700/1‑96 TACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATct < 1:2711487/97‑3 ACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATctt > 2:2973563/1‑94 CATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑CTTT < 2:1599347/97‑1 CATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑CTTT < 2:727186/97‑1 CATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑CTTT < 1:1853646/97‑1 ATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑CTTTt < 1:396679/97‑2 CCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGT < 2:1129378/97‑1 CCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGT > 1:981321/1‑97 CCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGT < 2:820942/97‑1 CGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTA < 2:130754/97‑1 GTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAA < 1:2352649/97‑1 TCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAAT > 1:862254/1‑97 TCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAAT > 1:1965853/1‑97 TCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAAT < 2:2143299/97‑1 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATG > 2:2755156/1‑97 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATG > 1:2809598/1‑97 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATG < 1:1504558/97‑1 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATG < 2:2248650/97‑1 TAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGT < 2:1788211/97‑1 AATGTTTTTATTACCTTTTGTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATT < 1:3547297/97‑1 ATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTC < 1:1127684/97‑1 ATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTC < 1:2190326/97‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCG < 2:631279/97‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCG < 2:3397797/97‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCG < 1:603377/97‑1 TTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGA > 2:1933287/1‑97 CCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCAC > 1:2227968/1‑97 TTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACAT < 2:894323/97‑1 TTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATA > 1:10267/1‑97 TTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATA < 2:464824/97‑1 TTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATAT < 1:2933774/97‑1 TTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATT < 1:2726949/97‑1 TTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTT > 1:1472415/1‑97 TTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTT < 1:2590086/97‑1 TTACAAAATCATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTC < 1:708622/97‑1 TTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTC < 1:2980974/97‑1 TACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCC > 1:1145533/1‑97 TACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCC > 1:157878/1‑97 ACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCC > 2:1411839/1‑97 AAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTT < 2:3454531/97‑1 AAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTT > 1:2668054/1‑97 AAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTT > 2:3076029/1‑97 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTgt < 2:2079139/97‑3 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT > 1:2533817/1‑97 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT < 1:544053/97‑1 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT > 1:3310245/1‑97 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT < 1:2686617/97‑1 ACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATG < 1:1758085/97‑1 ACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATG < 1:3150395/97‑1 CATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGA < 1:628698/97‑1 CATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGA < 2:3314806/97‑1 TTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATT > 1:3440075/1‑97 TTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTA > 2:3561941/1‑97 TTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTA > 1:1379299/1‑97 TCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTAC > 2:2368761/1‑97 CAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACT < 2:1280704/97‑1 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CGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTG < 1:1040489/97‑1 TCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAG > 2:2708569/1‑97 TCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAG > 2:3199228/1‑97 TCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAG < 1:1901814/97‑1 CACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGG > 2:1731504/1‑97 ACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGA > 1:1860766/1‑97 CTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATC < 1:3384291/97‑1 ATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571858/96‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑TTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATC < BX571858/20651‑20557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |