| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 19 (0.130) | 16/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980901‑981093 | acacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAt < 1:330985‑M1/2‑1 (MQ=255) acacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAt < 2:3136771‑M1/2‑1 (MQ=255) aagaaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAAt < 2:3246039/97‑1 (MQ=255) agaaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAAtt < 2:3404984/97‑1 (MQ=255) gaaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTa < 2:2551013/97‑1 (MQ=255) aaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAg > 1:60115/1‑97 (MQ=255) 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(MQ=255) atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt < 2:417594‑M1/17‑1 (MQ=255) atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt < 2:1645529‑M1/17‑1 (MQ=255) atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt > 1:2422332‑M1/81‑97 (MQ=255) aaGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATgtgt < 1:1997987/97‑1 (MQ=255) tttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTc < 1:2310573‑M1/18‑1 (MQ=255) tgtaaagttgaagtgagcaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTc > 2:2241425‑M1/80‑97 (MQ=255) aGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTc > 2:2354378/1‑97 (MQ=255) aGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTc < 1:1643738/97‑1 (MQ=255) gATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCa > 2:734070/1‑97 (MQ=255) taaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCAt < 2:3262037‑M1/20‑1 (MQ=255) taaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCAt < 2:2415949‑M1/20‑1 (MQ=255) aTGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCAt < 2:1297509/97‑1 (MQ=255) aTGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCAt > 2:2443675/1‑97 (MQ=255) tGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATa > 1:125211/1‑97 (MQ=255) aaagttaaagtgttaaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATa > 2:1119547‑M1/77‑97 (MQ=255) aaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATa < 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ttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa < 2:2762748‑M1/25‑1 (MQ=255) ttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa < 1:3504749‑M1/25‑1 (MQ=255) ttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa > 2:3452305‑M1/73‑97 (MQ=255) tataGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt > 1:691339/1‑97 (MQ=255) taGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAc > 1:2939762/1‑97 (MQ=255) gtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAg < 1:1234464‑M1/30‑1 (MQ=255) gTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAg < 1:2579196/97‑1 (MQ=255) aTTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGAt < 2:2269527/97‑1 (MQ=255) tAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATaa > 1:513018/1‑97 (MQ=255) aaGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAAc > 1:670950/1‑97 (MQ=255) aaGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAAc > 1:1278166/1‑97 (MQ=255) aactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGcc < 1:415588‑M1/38‑1 (MQ=255) aactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGcc < 1:2740266‑M1/38‑1 (MQ=255) ctttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCtt < 2:3002470‑M1/40‑1 (MQ=255) aaTGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCtt > 1:3424411/1‑97 (MQ=255) gCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTa < 1:2803633/97‑1 (MQ=255) ccTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTAc < 2:1828732/97‑1 (MQ=255) ccTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTAc < 1:803742/97‑1 (MQ=255) cTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACa < 1:1071975/97‑1 (MQ=255) tacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAgt > 1:2174227‑M1/49‑97 (MQ=255) ttATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAgtg < 1:2687913/97‑1 (MQ=255) ttATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAgtg < 1:2277490/97‑1 (MQ=255) tataTTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAgtgt > 2:1248535/1‑97 (MQ=255) tatTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGttt > 1:1587861/1‑97 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GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980901‑981093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |