| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 19 (0.130) | 16/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 | aaaCACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTTATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTAcc < 1:2385067/97‑1 (MQ=255) aaCACGAGGGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCa < 1:2673669‑M2/97‑2 (MQ=255) cacGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatt > 1:1977322‑M2/1‑94 (MQ=255) gAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattagg < 2:498206‑M2/97‑7 (MQ=255) gAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattagg > 2:148374‑M2/1‑91 (MQ=255) gTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtg > 1:3234505‑M2/1‑89 (MQ=255) 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1:2601955‑M2/97‑15 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt > 2:2778820‑M2/1‑80 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt < 2:1645529‑M2/97‑18 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt < 2:2112983‑M2/97‑18 (MQ=255) tttAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtc > 2:1959172‑M2/1‑79 (MQ=255) tttAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtc < 1:1922266‑M2/97‑19 (MQ=255) tttAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtc < 1:2310573‑M2/97‑19 (MQ=255) ttaaagttaaagTGATAAAAACTTTGATTTTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtttatgtgtca > 1:3184373‑M2/1‑78 (MQ=255) 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1:1405615‑M2/1‑73 (MQ=255) ttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatga > 2:3452305‑M2/1‑72 (MQ=255) ttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatga > 2:434362‑M2/1‑72 (MQ=255) attGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTGAAACGTTCGTGGACGTTTGAGAATGTCCGTTTTACCAGTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAg < 2:1036749/95‑1 (MQ=39) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTg < 2:1154771/97‑1 (MQ=255) gATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGa < 2:1210755/97‑1 (MQ=255) aTAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAt < 2:3359885/97‑1 (MQ=255) aaaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAttt > 2:2364734/1‑97 (MQ=255) aaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtttt > 1:2349059/1‑97 (MQ=255) aaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTa < 2:1284799/97‑1 (MQ=255) aaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTa < 1:1108685/97‑1 (MQ=255) aaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgcc < 1:415588‑M2/97‑39 (MQ=255) aaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgcc < 1:2740266‑M2/97‑39 (MQ=255) aCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgcct > 1:284629‑M2/1‑58 (MQ=255) cTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgcctt < 2:3002470‑M2/97‑41 (MQ=255) cTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTg < 1:990641/97‑1 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa < 1:79800/97‑1 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa > 2:2143089/1‑97 (MQ=255) tGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAAt > 1:1206891/1‑97 (MQ=255) gATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATg < 1:1738057/97‑1 (MQ=255) gATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATg < 2:1343503/97‑1 (MQ=255) atatTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATgg < 2:2875664/97‑1 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAg < 1:372085/97‑1 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCACTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGACTGGAg > 2:2194739/1‑97 (MQ=255) 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ttttACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaaaa < 2:2037109/97‑1 (MQ=255) tttACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAg < 1:2410345/97‑1 (MQ=255) ttACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAgg > 2:376321/1‑96 (MQ=255) ttACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGt > 2:70513/1‑97 (MQ=255) tACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTc > 1:809302/1‑97 (MQ=255) tACCATTAGGTGTTAATGTGTAATAATGAAAAGTTATCTTATTGAATGGAGGTGCGCTGAGGGGATGTTGGGAATAAACATGATATTTCTaaaactt > 2:648829/1‑94 (MQ=255) ccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAg > 1:940148/1‑97 (MQ=255) cATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGt < 1:3355924/97‑1 (MQ=255) | AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |