| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 15 (0.100) | 14/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981119‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGT < BX571857/1025750‑1025656 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT < 2:1551332/97‑1CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT > 2:392789/1‑97 TTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 1:3037974/1‑97 TTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 1:2629286/1‑97 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 1:591853/97‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT > 1:1345407/1‑97 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 1:2559089/97‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT > 1:198332/1‑97 TATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCA > 1:1110194/1‑97 TATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCA > 2:2402254/1‑97 TATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATCAAGGCGTTATCTGTATCA > 2:2475265/1‑97 ATACTAAATTCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACTCCTTGAAAACACTGTAATTGAGGCGTTATCTGTATCAT < 2:2788510/97‑1 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCAT < 2:2432116/97‑1 TACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAACCACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT > 1:521361/1‑97 TACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT > 2:1488532/1‑97 ACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTA < 1:3473130/97‑1 CTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTAT < 1:3072691/97‑1 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTACCATTATG > 1:1770868/1‑97 AAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 1:866473/1‑97 AAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 1:3174901/1‑97 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACA < 2:2756430/97‑1 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACA < 1:1213743/97‑1 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCGTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACA < 2:2157184/97‑1 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACAT > 1:3363808/1‑97 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 1:1017565/1‑97 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT < 2:3683300/97‑1 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 1:488619/1‑97 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 2:711389/1‑97 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 2:3139166/1‑97 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAAC < 1:3142617/97‑1 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA > 2:1241455/1‑97 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA < 2:449989/97‑1 CCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACC > 2:3374331/1‑97 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCT < 1:1888129/97‑1 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCT < 1:1854800/97‑1 CTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA > 1:2720806/1‑97 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 2:2144900/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 2:2905133/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 2:1000584/97‑1 TATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGT > 1:1794024/1‑97 CCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAA > 2:2324595/1‑97 TTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCC < 1:1772029/97‑1 TTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCAT < 2:767994/97‑1 ACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGT < 2:1842292/97‑1 CACATCCTGCACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAGGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTA < 1:2105808/97‑1 CTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAA < 2:40072/97‑1 GTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTCATA > 2:86744/1‑97 ATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATC < 2:2800398/97‑1 ATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATC < 2:335393/97‑1 GTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTT < 1:2072111/97‑1 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT > 2:2691658/1‑97 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT < 1:89219/97‑1 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT > 2:2709733/1‑97 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT < 2:395897/97‑1 TATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTT > 1:3325154/1‑97 ATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTA < 1:785909/97‑1 ATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTA < 2:2122774/97‑1 ATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTA > 2:1667945/1‑97 ATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTA < 1:1707154/97‑1 TCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAA > 1:1653221/1‑97 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ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA < 2:478478/97‑1 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA < 1:1206397/97‑1 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA > 1:709970/1‑97 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA < 2:1008790/97‑1 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA < 1:2673031/97‑1 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACAAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACATTAAATTTA > 2:1077831/1‑97 TGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAA < 1:3223979/97‑1 GACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAA < 1:996550/97‑1 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CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981119‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGT < BX571857/1025750‑1025656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |