| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 15 (0.100) | 14/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
AAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980902‑981093 | acacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAt > 2:3163069‑M1/96‑97 (MQ=255)acacgagaggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAt < 2:1940239‑M1/2‑1 (MQ=255) cacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAtt < 1:3249681‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAtt < 2:1778449‑M1/3‑1 (MQ=255) acgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTa < 2:2043087‑M1/4‑1 (MQ=255) aaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAg > 2:2212926/1‑97 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaatattgaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTaa > 2:3278473‑M1/86‑97 (MQ=255) cAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAAtg > 1:600640/1‑97 (MQ=255) cAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAAtg < 1:3077229/97‑1 (MQ=255) atatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAAtgt > 2:2815814‑M1/83‑97 (MQ=255) atatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAAtgt < 1:1646726‑M1/15‑1 (MQ=255) tatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAAtgtg < 2:277676‑M1/16‑1 (MQ=255) atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt > 1:883598‑M1/81‑97 (MQ=255) atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt > 1:1423597‑M1/81‑97 (MQ=255) aaGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATgtgt < 1:3500624/97‑1 (MQ=255) aGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTc < 1:2518285/97‑1 (MQ=255) aGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTc > 1:2125610/1‑97 (MQ=255) taaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCAt < 1:2673031‑M1/20‑1 (MQ=255) aTGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTTTTTTTATATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCAt > 2:391519/1‑97 (MQ=255) tGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATa < 2:899210/97‑1 (MQ=255) aaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATa > 1:773047‑M1/77‑97 (MQ=255) gCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATaa > 2:2423038/1‑97 (MQ=255) cGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAAt > 2:1618145/1‑97 (MQ=255) cGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAAt < 1:709362/97‑1 (MQ=255) agttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAAt < 2:3096577‑M1/23‑1 (MQ=255) gttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATg > 1:1364490‑M1/74‑97 (MQ=255) atatAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa < 2:752676/97‑1 (MQ=255) atatAGTATTAAGAAAAGGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa < 2:1206130/97‑1 (MQ=255) tataGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt > 2:1373410/1‑97 (MQ=255) taaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt < 1:1707154‑M1/26‑1 (MQ=255) taaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt < 2:2122774‑M1/26‑1 (MQ=255) aaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATa < 2:2864730‑M1/27‑1 (MQ=255) aaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATa > 2:1804110‑M1/71‑97 (MQ=255) taGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAc > 2:2708147/1‑97 (MQ=255) taGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAc > 2:1497055/1‑97 (MQ=255) aagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAc < 1:2072111‑M1/28‑1 (MQ=255) gtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAg < 1:9977‑M1/30‑1 (MQ=255) 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AAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980902‑981093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |