| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 30 (0.200) | 25/120 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981120‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGTTT < BX571857/1025750‑1025654 GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT < 2:632444/98‑1GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT > 1:2689546/1‑98GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT > 2:2377578/1‑98GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT < 1:201473/98‑1GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACCGTAATTAAGGCGTTATCTGT > 2:3498259/1‑98 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 1:3223753/1‑98 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA < 1:536009/98‑1 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 1:820967/1‑98 TTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 1:370060/98‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC > 1:2687311/1‑98 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC < 1:502315/98‑1 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCA < 1:326960/98‑1 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTCTAATTAAGGCGCTATCTGTATCA > 2:11523/1‑98 TATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCAT > 2:248324/1‑98 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTGTGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT < 2:495371/98‑1 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT > 1:1636229/1‑98 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT < 2:3362158/98‑1 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT < 1:2959850/98‑1 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 2:1009829/1‑98 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 1:3038297/1‑98 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACAC > 1:3440271/1‑98 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 1:1921122/98‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA > 2:7197/1‑98 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 1:1340671/98‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 2:1397738/98‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA > 2:1667224/1‑98 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 2:857821/98‑1 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 1:1433148/1‑98 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 2:2842508/1‑98 ATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAA < 1:1020122/98‑1 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAAC > 1:3204437/1‑98 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA > 2:2834532/1‑98 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA > 2:3644444/1‑98 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA < 1:1834609/98‑1 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA < 1:1779691/98‑1 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACAC < 2:1563924/98‑1 CCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCT < 1:2795499/98‑1 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGACAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA > 1:1308290/1‑98 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA > 1:2635501/1‑98 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA > 1:2354574/1‑98 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA < 1:2184570/98‑1 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACACTAACACCTA > 1:376176/1‑98 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT > 1:2750473/1‑98 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 2:665572/98‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT > 1:1242141/1‑98 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 1:705215/98‑1 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATG > 2:2792505/1‑98 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATG < 1:466570/98‑1 TGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAA < 2:1384873/98‑1 CCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACG < 1:2930143/98‑1 TACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTC > 1:2882907/1‑98 ACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCT > 2:1482391/1‑98 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ATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAA > 1:230257/1‑98 ATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAA > 2:3091741/1‑98 TCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAAC < 2:2507016/98‑1 CATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACT > 2:823151/1‑98 CATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACT > 1:407707/1‑98 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAA < 1:1156396/98‑1 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAA > 2:3160729/1‑98 GACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAAT < 1:3563924/98‑1 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GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981120‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGTTT < BX571857/1025750‑1025654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |