| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 17 (0.160) | 14/120 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981120‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGTTT < BX571857/1025750‑1025654 GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT > 1:329146/1‑98GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT > 1:2457089/1‑98GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT < 2:1554436/98‑1GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGT < 2:2179848/98‑1 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 2:1740670/1‑98 CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA < 1:895173/98‑1 TTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 2:675204/98‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC > 1:1728326/1‑98 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACAATCTGCACGCCTTGAAAAAACTGTTATGAAGTCGTTATCTGTATC > 2:1774962/1‑98 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCA > 2:1898440/1‑98 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT > 1:1391470/1‑98 TACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTA > 2:1640227/1‑98 ACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTAT > 1:479079/1‑98 CTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATG < 2:1912101/98‑1 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 2:1559476/1‑98 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA < 2:2142542/98‑1 TAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 1:2373147/1‑98 AAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACA > 1:1363599/1‑98 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTCTCTGTATCATTATGACAC > 2:1001988/1‑98 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACAC > 2:329459/1‑98 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACAC < 1:1799198/98‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACCCCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 2:1337766/98‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA > 2:498557/1‑98 TCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACAT > 2:1302327/1‑98 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 1:2311982/1‑98 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATT > 1:1022130/1‑98 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTA < 2:1553072/98‑1 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTA < 2:885725/98‑1 CATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTA < 1:132697/98‑1 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAAC < 1:2425206/98‑1 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA > 2:2058102/1‑98 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGGATCATTATGACACATTAACc > 1:1180126/1‑97 cGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTTCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACAC < 2:860440/97‑1 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACAC < 1:847430/98‑1 CCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCT < 2:1134783/98‑1 CCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCT < 1:894/98‑1 CCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTGGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACCCCT < 2:2546802/98‑1 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA > 1:260323/1‑98 CCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA > 1:271325/1‑98 CTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA > 1:162869/1‑98 CTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 1:1884949/98‑1 CTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 2:1319633/98‑1 CTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 2:1019758/98‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 1:1931472/98‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 1:2195800/98‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 2:1921608/98‑1 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATG < 1:235285/98‑1 GCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATGAACACCTAATGGTAAAA > 2:1765264/1‑98 TTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAACACGGCCATTATCAA > 2:830932/1‑98 TGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAA < 1:330669/98‑1 CTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAA > 1:514951/1‑98 AAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCT > 2:1734184/1‑98 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TTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTT < 1:640793/98‑1 TTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTCTTATCACTTTAACTTT > 2:1999285/1‑98 TATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA > 2:1412983/1‑98 TATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTA > 1:1439276/1‑98 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAA > 1:2536119/1‑98 ATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAA < 1:175525/98‑1 ACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATA < 1:1225430/98‑1 CACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATAT < 1:1303283/98‑1 CACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATAT > 2:377551/1‑98 CACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATAT < 2:2042754/98‑1 CACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAANATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATAT < 1:1354536/98‑1 ACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATT < 1:1233474/98‑1 ACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATT < 2:1606085/98‑1 ACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATT < 1:296339/98‑1 CATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTT > 2:2170646/1‑98 ATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTT < 2:778344/98‑1 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GCTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981120‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGTTT < BX571857/1025750‑1025654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |