New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 192167 | 35 (1.180) | 7 (0.240) | 6/240 | NT | 16.4% | coding (1351/2157 nt) | paxB | toxin secretion ATP‑binding protein |
? | NC_002947 | = 192188 | 37 (1.280) | coding (1330/2157 nt) | paxB | toxin secretion ATP‑binding protein |
CAGGTTCTGCTGGTTCGGATAAGTGAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAGGTACACGCCGACGCAGATCATTGCCACGCCTGCC > NC_002947/192021‑192315 | cAGGTTCTGCTGGTTCGGATAAGTGAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTg < 1:115919/150‑1 (MQ=255) gATAAGTGAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCttgctggcccgctaccagca > 1:482451‑M1/1‑130 (MQ=255) aTAAGTGAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCttgctggcccgctaccagcaa < 1:135187‑M1/150‑22 (MQ=255) gTGAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCgg > 2:602522/1‑138 (MQ=255) gTGAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCgg < 1:602522/138‑1 (MQ=255) gAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCttgctggcccgctaccagcaagccaag < 2:482451‑M1/150‑28 (MQ=255) aGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGa < 2:779582/150‑1 (MQ=255) cgcgGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGATCACGTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCtaggacg > 1:144109/1‑144 (MQ=255) gACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCcagca < 1:164166/122‑1 (MQ=255) gACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCcagca > 2:164166/1‑122 (MQ=255) gCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTTGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGc > 2:558918/1‑150 (MQ=255) gcagggcagcaCCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACg < 2:783519/145‑1 (MQ=255) ccTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTTGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGc < 1:558918/150‑1 (MQ=255) gcaCCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGa < 1:584019/150‑1 (MQ=255) gcaCCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGa < 2:646460/150‑1 (MQ=255) caCCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAg < 1:372486/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCAAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAg < 2:326086/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGcc < 2:578778/150‑1 (MQ=255) gCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGcca > 1:477701/1‑150 (MQ=255) gTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCctgctggcccgctaccagcaagccaag > 1:392326‑M1/1‑67 (MQ=255) gTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCctgctggcccgctaccagcaagccaag < 2:392326‑M1/94‑28 (MQ=255) ttcGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTTGCCCAACGGACCGAGCGGACAGCCGCTCAGCGTGTATCAGGCCACCAGgccgcc > 1:513351/1‑150 (MQ=255) ttcGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGgccgcc > 1:266680/1‑150 (MQ=255) cGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCa < 2:477701/150‑1 (MQ=255) ctctTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGtt < 2:266680/150‑1 (MQ=255) ctctTGCGGTAGATCCATCATGTGGCCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGtt > 1:76246/1‑150 (MQ=255) ctTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGc > 1:684855/1‑150 (MQ=255) gCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCctgctggcccgctaccagcaagccaaggtgaccatggtc < 2:248449‑M1/85‑40 (MQ=255) gCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCctgctggcccgctaccagcaagccaaggtgaccatggtc > 1:248449‑M1/1‑46 (MQ=255) aTCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAg > 2:202206/1‑135 (MQ=255) aTCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAg < 1:202206/135‑1 (MQ=255) catcatGTGGTCGGTGGAGACTATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAg < 2:501127/150‑1 (MQ=255) catcatGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCga > 2:166185/1‑143 (MQ=255) catcatGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCga < 1:166185/143‑1 (MQ=255) atcatGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAgg > 2:578155/1‑150 (MQ=255) tcatGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCtt > 1:419904/1‑36 (MQ=255) tcatGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCtt < 2:419904/36‑1 (MQ=255) tcatGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGcc < 1:484824/91‑1 (MQ=255) tcatGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGcc > 2:484824/1‑91 (MQ=255) gTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAGGTACACGCCGACg > 1:393712/1‑150 (MQ=255) gaCCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGgccaaggtgaccatggtctccaccgaccacatgatggatctaccgc < 2:248449‑M2/85‑47 (MQ=255) gaCCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGgccaaggtgaccatggtctccaccgaccacatgatggatctaccgc > 1:248449‑M2/1‑39 (MQ=255) cATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGccac < 2:674972/93‑1 (MQ=255) cATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGccac > 1:674972/1‑93 (MQ=255) cATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAGGTACACGCCGACGCAGATCAt > 2:531922/1‑150 (MQ=255) tCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAGGTACACGCCGACGCAGATCATTGCCa > 1:620857/1‑150 (MQ=255) cTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGgccaaggtgaccatggtctccaccgaccacatgatggatctaccgcaagagcgcaacttcgaagaac > 1:392326‑M2/1‑27 (MQ=255) cTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGgccaaggtgaccatggtctccaccgaccacatgatggatctaccgcaagagcgcaacttcgaagaac < 2:392326‑M2/94‑68 (MQ=255) cTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAGGTACACGCCGACGCAGATCATTGCCACGcc > 1:124043/1‑150 (MQ=255) cTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAAgccaaggtgaccatggtctccaccgaccacatgatggatctaccgcaagagcgcaacttcgaagaacgcccgctgagccgcaaggtgctgcagggcagcgtcgagttccgcggggtcgacttc < 2:482451‑M2/150‑124 (MQ=255) gCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAGGTACACGCCGACGCAGATCATTGCCACGCCTGcc > 1:278513/1‑150 (MQ=255) | CAGGTTCTGCTGGTTCGGATAAGTGAAGTCGACCCCGCGGAACTCGACGCTGCCCTGCAGCACCTTGCGGCTCAGCGGGCGTTCTTCGAAGTTGCGCTCTTGCGGTAGATCCATCATGTGGTCGGTGGAGACCATGGTCACCTTGGCTTGCTGGTAGCGGGCCAGCAGGCCGTTGAGCTGGCCCAACGGGCCGAGGGCACGGCCGCTGAGCATGTAGCAAGCCACCAGGCCGCCCATGCTCAGGTTGCCGTCGATGATCAGGTACACGCCGACGCAGATCATTGCCACGCCTGCC > NC_002947/192021‑192315 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |