New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 637157 | 44 (1.490) | 4 (0.140) | 4/234 | NT | 8.6% | coding (32/630 nt) | PP_0548 | phenylacrylic acid decarboxylase PadA |
? | NC_002947 | = 637180 | 43 (1.530) | coding (55/630 nt) | PP_0548 | phenylacrylic acid decarboxylase PadA |
CTCGAAGCGATCATCGAGCGGGTCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGATGTTGTGTTGCCGGCCAAGCCCCAGGCG > NC_002947/637013‑637305 | cTCGAAGCGATCATCGAGCGGGTCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCAGAGACGCTGAAGTAAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACgg > 1:301352/1‑150 (MQ=255) cGAAGCGATCATCGAGCGGGTCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGgc < 1:751372/150‑1 (MQ=255) atcatcGAGCGGGTCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCgg < 2:565186/150‑1 (MQ=255) atcGAGCGGGTCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCATAGGGTg > 2:201812/1‑150 (MQ=255) gTCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATgacgggcacccgaggcgcccgtcatg < 1:561171‑M1/150‑27 (MQ=255) tCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTatgg < 2:393931‑M2/150‑5 (MQ=255) aaGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATactgggcacccgaggcgcccgtcatggcca < 1:229965‑M1/150‑31 (MQ=255) aGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTGTGGCCtt > 1:165342/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTc < 2:132287/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAGGCACCCAGGTAGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTtctc > 2:175806/1‑150 (MQ=255) tggtgATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGa > 1:683060/1‑150 (MQ=255) gtgATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGgc < 1:641365/98‑1 (MQ=255) gtgATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGgc > 2:641365/1‑98 (MQ=255) tgATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGCGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGa < 1:373174/150‑1 (MQ=255) tCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTAGCGTGCGCGATTGCCTGGTACGCGAAGAccc > 1:599310/1‑149 (MQ=255) aTGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACcgcg > 2:510323/1‑150 (MQ=255) tGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACcgcgg > 1:170330/1‑149 (MQ=255) gAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTGTGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAg < 2:165342/150‑1 (MQ=255) gAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAg > 2:508110/1‑150 (MQ=255) gCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGt < 1:122659/150‑1 (MQ=255) gCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGt > 1:589432/1‑150 (MQ=255) cggcggCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGt < 2:249713/128‑1 (MQ=255) cggcggCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGt > 1:249713/1‑128 (MQ=255) ttCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGa > 1:228657/1‑150 (MQ=255) gcCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCaa < 2:774406/150‑1 (MQ=255) ccTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAg < 1:510323/150‑1 (MQ=255) ccTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGGATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAg > 1:156955/1‑150 (MQ=255) cTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAgg > 1:595133/1‑150 (MQ=255) cTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAgg < 1:583903/150‑1 (MQ=255) cTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAgg > 1:244597/1‑150 (MQ=255) cTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAgg < 2:595133/150‑1 (MQ=255) tGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGcc > 1:238379/1‑107 (MQ=255) tGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGcc < 2:238379/107‑1 (MQ=255) cTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCTTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGTCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTgg < 2:331086/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGa < 2:244597/150‑1 (MQ=255) ccGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATactgggcacccgaggcgcccgtcatggccag < 2:300159‑M1/76‑32 (MQ=255) ccGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATactgggcacccgaggcgcccgtcatggccag > 1:300159‑M1/1‑45 (MQ=255) cGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATg < 1:324710/150‑1 (MQ=255) cGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCAGACGTGATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATg < 1:201812/150‑1 (MQ=255) aaGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCgaga < 2:683060/150‑1 (MQ=255) gTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACg > 2:410927/1‑150 (MQ=255) aCGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATg < 2:48507/124‑1 (MQ=255) aCGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTGCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATg > 1:48507/1‑124 (MQ=255) cGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGATGTTGTGTTGCCg < 2:589432/150‑1 (MQ=255) aCCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGATGTTGTGTTGCCGGCCAAg > 1:497044/1‑150 (MQ=255) cccTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGAtgttgtgtt > 1:610162/1‑139 (MQ=255) cccTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGAtgttgtgtt < 2:610162/139‑1 (MQ=255) cTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTatggccagggtgatgcgttccggcccgttcacttcagcgcctcgg < 2:300159‑M2/76‑46 (MQ=255) cTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTatggccagggtgatgcgttccggcccgttcacttcagcgcctcgg > 1:300159‑M2/1‑31 (MQ=255) cTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGATCCATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGATGTTGTGTTGCCGGCCAAGccc > 2:311263/1‑150 (MQ=255) tGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTatggccagggtgatgcgttccggcccgttcacttcagcgcctcggccagcttgccgtgcaggccgccgaagccgccgttgctcatgatcaccacctgggtgcctgggcgagcctgacctt < 1:229965‑M2/150‑121 (MQ=255) tGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGAtgtt < 2:432214/131‑1 (MQ=255) tGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGAtgtt > 1:432214/1‑131 (MQ=255) ccATactgggcacccgaggcgcccgtcatggccagggtgatgcgttccggcccgttcacttcagcgcctcggccagcttgccgtgcaggccgccgaagccgccgttgctcatgatcaccacctgggtgcctgggcgagcctgacctttga < 2:393931‑M1/150‑147 (MQ=255) cATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCCCTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGATGGTGTGTTGCCGGCCAAGCCCCAAGc > 2:134471/1‑150 (MQ=255) cATGACGGGCGCCTCGGGTGCCC‑GTcatggccagggtgatgcgttccggcccgttcacttcagcgcctcggccagcttgccgtgcaggccgccgaagccgccgttgctcatgatcaccacctgggtgcctgggcgagcctgacctttgac < 1:561171‑M2/150‑126 (MQ=255) | CTCGAAGCGATCATCGAGCGGGTCAAAGGTCAGGCTCGCCCAGGCACCCAGGTGGTGATCATGAGCAACGGCGGCTTCGGCGGCCTGCACGGCAAGCTGGCCGAGGCGCTGAAGTGAACGGGCCGGAACGCATCACCCTGGCCATGACGGGCGCCTCGGGTGCCCAGTATGGCCTTCGCCTGCTCGATTGCCTGGTACGCGAAGACCGCGAGGTGCACTTCCTGATTTCCAAGGCCGCACAGTTGGTGATGGCCACCGAGACGGATGTTGTGTTGCCGGCCAAGCCCCAGGCG > NC_002947/637013‑637305 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |