New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 884638 = | 37 (1.250) | 5 (0.170) | 5/240 | NT | 11.6% | coding (546/2718 nt) | PP_0767 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 884681 = | 40 (1.390) | coding (589/2718 nt) | PP_0767 | LuxR family transcriptional regulator |
CTGCTCGACGAGCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGC > NC_002947/884489‑884776 | cgcaacgcggccacccagccgtcgctgcgctggatcaggttgtccagtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggac > 2:154039‑M1/150‑150 (MQ=255) tCGACGAGCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAgcc > 1:458544/1‑150 (MQ=255) tCGACGAGCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTG‑CCAgcct > 1:184612/1‑149 (MQ=255) acgacgaGCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGAACGTTGCCTGCAGTTCTTCCACAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAgcc > 2:545776/2‑150 (MQ=255) cgaGCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCTGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCCGCTCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCa < 1:386436/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCg < 2:150203/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCg‑g > 1:237541/1‑150 (MQ=255) tgcgctggatcaggttgtccagtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCAcc < 1:503719‑M1/26‑1 (MQ=255) gttgtccagtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgaaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaCAGGCGCAGGCGCGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgc > 2:273192‑M1/112‑150 (MQ=255) ccgcTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgc < 1:75858/150‑1 (MQ=255) agtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTcc > 2:503719‑M1/105‑150 (MQ=255) gTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAg < 2:158300/150‑1 (MQ=255) gacgacTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcct > 2:83519/1‑128 (MQ=255) gacgacTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcct < 1:83519/128‑1 (MQ=255) gacgacTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTc > 1:125198/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGGTTGTCGAGCTTAACg > 2:323536/1‑150 (MQ=255) cTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGaa < 2:237541/150‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGaa > 1:694807/1‑150 (MQ=255) cgggggCAGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCAGGCAGTTGGTCGAGATTAACGAACAGGAc < 2:167329/148‑1 (MQ=255) cAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGTGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGAc < 2:458544/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTgc < 2:125198/150‑1 (MQ=255) tCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCCGCCCCCCGCG‑ACCAGGCTGGCCCCGGGCGCGCCCGGCCCTGTCCCGGCAGGTGGCAGCGCTTCACGCACAGCACGTGCGCCTCACcg > 1:286161/1‑150 (MQ=255) tCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACcg > 1:331313/1‑150 (MQ=255) gACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTgc > 2:452818/1‑139 (MQ=255) gACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTgc < 1:452818/139‑1 (MQ=255) aacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgcct > 1:316728‑M1/60‑101 (MQ=255) aacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgcct < 2:316728‑M1/42‑1 (MQ=255) ccGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGa < 1:538074/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGAc > 2:217955/1‑127 (MQ=255) ccTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGAc < 1:217955/127‑1 (MQ=255) gcgatttcttcCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGt > 1:626344/6‑150 (MQ=255) gCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGtt > 1:373200/1‑150 (MQ=255) gCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGtt > 2:744238/1‑150 (MQ=255) cAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTg > 2:328431/1‑150 (MQ=255) aaTCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGt < 2:694807/150‑1 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGa > 2:235216/1‑117 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGa < 1:235216/117‑1 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTAc > 1:227009/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCGGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTAc > 1:660585/1‑150 (MQ=255) cccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACa > 2:662139/1‑95 (MQ=255) cccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACa < 1:662139/95‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCg < 1:744238/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCg < 2:725209/150‑1 (MQ=255) gCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGt < 2:404717/127‑1 (MQ=255) gCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGt > 1:404717/1‑127 (MQ=255) ttGCTGGTGACCAGCCTCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGACTGCGCGGc > 1:235603/1‑150 (MQ=255) | CTGCTCGACGAGCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACCAGCCGCCAGCG‑GCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGC > NC_002947/884489‑884776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |