New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1811653 | 45 (1.520) | 4 (0.140) | 4/236 | NT | 7.7% | coding (807/897 nt) | PP_1615 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 1811699 | 53 (1.870) | coding (761/897 nt) | PP_1615 | LysR family transcriptional regulator |
CAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGC > NC_002947/1811505‑1811801 | caGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCTGGCGACCACGCCAACTCCGCCTACGGAGAATCCAGCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCg < 1:216588/150‑1 (MQ=255) gtcgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACa > 2:226563/1‑150 (MQ=255) cGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCtggaggcgcaccaaccg > 2:249840‑M1/1‑133 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATAccgc > 1:127439/1‑150 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATAccgc > 1:309032/1‑150 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATAccgc > 1:771253/1‑150 (MQ=255) tttACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATAccgcc < 2:66051/150‑1 (MQ=255) aaGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGTTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑cggcg < 1:382268/150‑1 (MQ=255) ccAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGt < 1:226563/150‑1 (MQ=255) cAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTg > 2:201138/1‑150 (MQ=255) cagcagCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTc > 1:730430/1‑150 (MQ=255) acaTCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAgcagc > 1:108370‑M2/1‑145 (MQ=255) tCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCtggaggcgcaccaaccgccgaatacggcggtatgggcgctgtatccgcagcaga < 1:249840‑M1/150‑55 (MQ=255) gTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCa < 2:730430/150‑1 (MQ=255) cGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGcac > 1:130449/1‑150 (MQ=255) aCGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATACACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGcaccaca < 2:545205/150‑2 (MQ=255) aTACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGtt < 2:277325/150‑1 (MQ=255) aCTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGTGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCa < 2:413055/150‑1 (MQ=255) aCTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCa < 2:21649/150‑1 (MQ=255) cTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAg < 2:309032/150‑1 (MQ=255) tCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAgg > 2:501134/1‑150 (MQ=255) ccGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGgt < 1:501134/150‑1 (MQ=255) cGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGAGACAGCGCCCATACCGCCGTCTTCCTGCATGCGCTG‑GGCTCTATCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGgtg > 1:776006/1‑150 (MQ=255) cccGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCtggaggcgcaccaaccgccgaatacggcggtatgggcgctgtatccgcag > 2:52215‑M1/1‑66 (MQ=255) cccGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCtggaggcgcaccaaccgccgaatacggcggtatgggcgctgtatccgcag < 1:52215‑M1/116‑51 (MQ=255) cGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAg < 1:255776/138‑1 (MQ=255) cGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAg > 2:255776/1‑138 (MQ=255) gCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACg < 2:251182/150‑1 (MQ=255) cAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACgta > 1:777178/1‑150 (MQ=255) aaCCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACgtag < 1:142543/150‑1 (MQ=255) cccTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTaa < 2:771253/150‑1 (MQ=255) cctcctTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAAt > 2:788486/1‑150 (MQ=255) ctcctTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATc > 1:278050/1‑150 (MQ=255) ctcctTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATc < 1:386065/150‑1 (MQ=255) ttCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTcc < 1:547033/132‑1 (MQ=255) ttCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTcc > 2:547033/1‑132 (MQ=255) ttCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGc > 2:96216/1‑150 (MQ=255) aGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAAc > 1:655807/1‑150 (MQ=255) ggTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACt > 1:290768/1‑150 (MQ=255) gTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCa > 2:532047/1‑119 (MQ=255) gTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCa < 1:532047/119‑1 (MQ=255) accaGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCa > 1:630799/1‑112 (MQ=255) accaGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCa < 2:630799/112‑1 (MQ=255) ccaGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAAcc < 2:604262/150‑1 (MQ=255) gccgccGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGa > 2:256376/1‑150 (MQ=255) ccgccgTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGAt < 2:655807/150‑1 (MQ=255) cgccgTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGAtt < 1:201138/150‑1 (MQ=255) ccTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCACCACCAGCGTAACAATGTTCATGTATTGTAGTACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCa < 1:413984/150‑1 (MQ=255) ggcggctggTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGcgcc < 1:350431/143‑1 (MQ=255) gCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACAAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCACCTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGcgccc > 2:75915/1‑149 (MQ=255) tctGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAgcagcagaggcacctgtcgccgaaggtacggcggctggtggattacctgaaggaggggttggcggggttgccggagtatcgtttcggctgacggga < 1:249840‑M2/150‑97 (MQ=255) tctGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTg > 1:689560/1‑150 (MQ=255) gctgctggaggcgcaccaaccgccgaatacggcggtatgggcgctgtatccgcagcagaggcacctgtcgccgaaggtacggcggctggtggattacctgaaggaggggttggcggggttgccggagtatcgtttcggctgacgggatgt > 1:108370‑M1/1‑5 (MQ=255) gtgcGGATACGGCGCCCATACCGCAGTCTT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGACACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTg < 2:130449/149‑1 (MQ=255) ctgcGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAgcagcagaggcacctgtcgccgaaggtacggcggctggtggattacctgaaggaggggttggcggg < 1:52215‑M2/116‑67 (MQ=255) ctgcGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAgcagcagaggcacctgtcgccgaaggtacggcggctggtggattacctgaaggaggggttggcggg > 2:52215‑M2/1‑50 (MQ=255) tgcGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTgg > 1:249077/1‑150 (MQ=255) gcGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGc < 2:777178/150‑1 (MQ=255) cGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGc > 2:358616/1‑100 (MQ=255) cGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGc < 1:358616/100‑1 (MQ=255) | CAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATT‑CGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGC > NC_002947/1811505‑1811801 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |