| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2295879 = | 21 (0.710) | 3 (0.110) | 3/230 | NT | 9.0% | intergenic (+82/+51) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| ? | NC_002947 | 4282196 = | 41 (1.480) | coding (1078/1089 nt) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator | |||||
CACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAC > NC_002947/2295731‑2296017 | cacCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCtt > 1:75588/1‑150 (MQ=255) cGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcgc > 1:19137/1‑150 (MQ=255) aGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCCTGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg < 1:241699/150‑1 (MQ=255) aGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg < 2:19137/150‑1 (MQ=255) cAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCggg < 1:457996/129‑1 (MQ=255) cAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCggg > 2:457996/1‑129 (MQ=255) ggCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGcc > 1:525510/1‑150 (MQ=255) tGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGTGAGCGCGAATGCGCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCCGGACCCATGTACAGCACGATg > 2:202386/1‑150 (MQ=38) gCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGc < 2:149403/150‑1 (MQ=255) acTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCAGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATg > 2:578087/1‑150 (MQ=255) ggCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCAGACAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCtt < 1:439556/150‑1 (MQ=255) ttGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCGCGCTCCGACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa < 2:75588/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAt < 1:599323/89‑1 (MQ=255) gAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAt > 2:599323/1‑89 (MQ=255) gCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCGCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCTGAAGCCAGCCACCCCTcc > 1:472451/1‑150 (MQ=255) catgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatgtcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAAGGACCCACGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcca < 2:37975‑M1/101‑1 (MQ=255) atgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAAt > 2:147755‑M1/49‑100 (MQ=255) atgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAAt < 1:147755‑M1/52‑1 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccagcca > 1:667719/1‑150 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg > 1:463570/1‑51 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg < 2:463570/51‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGa < 1:482514/88‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGa > 2:482514/1‑88 (MQ=255) tCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcca < 2:451896/118‑1 (MQ=255) tCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcca > 1:451896/1‑118 (MQ=255) gcgGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAc < 2:667719/150‑1 (MQ=255) | CACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAC > NC_002947/2295731‑2296017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |