New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4282133 = | 33 (1.120) | 6 (0.220) | 6/230 | NT | 14.3% | intergenic (‑666/+52) | PP_3751/PP_3753 | cyanate transporter/AraC family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 4282196 = | 41 (1.480) | coding (1078/1089 nt) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator |
TATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGA > NC_002947/4281989‑4282273 | tatGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTcgcg > 1:745129/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGcc > 2:405820/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTAGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGcc > 1:270809/1‑150 (MQ=255) ttcAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCg > 2:640732/3‑150 (MQ=255) gAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATACGCGGGCAAGCCCGCTCCt > 2:798/1‑150 (MQ=255) aagaagtggaccgggcagagcccagggagctaccgggcgcggctggtcggcctgcgttctacctgtaggagcgggcatgcccgcgaagaaaccaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCgg < 2:592967‑M1/7‑1 (MQ=255) aagaagtggaccgggcagagcccagggagctaccgggcgcggctggtcggcctgcgttctacctgtaggagcgggcatgcccgcgaagaaaccaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCgg > 1:592967‑M1/125‑131 (MQ=255) ttCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAAtt > 1:741333/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTggg > 1:450346/1‑150 (MQ=255) ccTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATGCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCgg < 2:382543/150‑1 (MQ=255) cTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTACCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCTCTGTAGGAGCGGGTTTAc > 1:215627/1‑150 (MQ=255) caTCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGct > 1:467207/1‑149 (MQ=255) aTCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:771881/134‑1 (MQ=255) aTCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTAc > 1:771881/1‑134 (MQ=255) aTGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGcc > 1:168451/1‑150 (MQ=255) aTGCCTGGAACCGGTTCGGCGTAGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATGCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGcc < 2:270809/150‑1 (MQ=255) ccTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt < 1:405820/150‑1 (MQ=255) cTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTg > 1:89783/1‑150 (MQ=255) cTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTAACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTg > 2:206282/1‑150 (MQ=255) tacctgtaggagcgggcatgcccgcgaagaaaccaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 2:4596‑M1/58‑1 (MQ=255) tacctgtaggagcgggcatgcccgcgaagaaaccaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTAccc > 1:4596‑M1/66‑123 (MQ=255) cGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCTCTGCCGGTgttcgcgg < 2:467207/150‑8 (MQ=38) cGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCggtg > 2:236133/1‑150 (MQ=255) ggCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGttt > 1:636193/1‑150 (MQ=255) tttGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTttctt > 2:193762/1‑150 (MQ=255) tttGCCATGGTGCCGGCCAGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTTTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGAGAACACCTGCAGACCCGTTTCCATCCACCGCGGTGGTttctt > 2:288184/1‑150 (MQ=38) gCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGc < 2:786856/114‑1 (MQ=255) gCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGc > 1:786856/1‑114 (MQ=255) gCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGc < 2:161662/150‑1 (MQ=255) tGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTTGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCAGGCCCGCTcc > 2:352205/1‑150 (MQ=255) tGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTcc > 1:545168/1‑150 (MQ=255) cTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCGCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGACGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAg < 2:741333/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGt > 2:183174/1‑150 (MQ=255) gcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAg > 1:376487‑M1/19‑62 (MQ=255) gcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAg < 2:376487‑M1/44‑1 (MQ=255) tGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACa > 1:525934/1‑141 (MQ=255) tGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACa < 2:525934/141‑1 (MQ=255) ccTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTAACGTGCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAg < 1:640732/150‑1 (MQ=255) gctctgccggtgTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCggg < 2:403158‑M1/51‑1 (MQ=255) gctctgccggtgTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCggg > 1:403158‑M1/13‑63 (MQ=255) gCTGGCCTATACGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGa < 1:798/150‑1 (MQ=255) | TATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGA > NC_002947/4281989‑4282273 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |