| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5594170 | 16 (0.540) | 6 (0.260) | 5/190 | NT | 29.8% | intergenic (‑66/+79) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| ? | NC_002947 | = 5594207 | 16 (0.700) | intergenic (‑103/+42) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
CAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATG > NC_002947/5594021‑5594309 | tgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 2:431990‑M1/123‑150 (MQ=255) tGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCCGGCTTGCCCGCGAacac < 2:39904/150‑1 (MQ=255) aaaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCgg < 2:587417/150‑1 (MQ=255) caagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGc < 2:503155‑M1/40‑1 (MQ=255) aaaaTGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCAc < 1:199711/150‑1 (MQ=255) gttgGATGGGGAGTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGtgctt < 2:767359/148‑1 (MQ=255) tcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGtgcttgct < 2:714070‑M1/66‑1 (MQ=255) gcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgc > 1:503155‑M1/81‑150 (MQ=255) aaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 1:714070‑M1/79‑150 (MQ=255) gATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagc < 1:690259‑M2/150‑14 (MQ=255) gaACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagg > 2:690259‑M2/1‑124 (MQ=255) gctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAgg > 1:156667/1‑150 (MQ=255) tGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCa < 2:627639/95‑1 (MQ=255) tGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCa > 1:627639/1‑95 (MQ=255) catggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa > 2:692804/1‑150 (MQ=255) atggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAA < 1:87457‑M1/68‑1 (MQ=255) atggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAA > 2:87457‑M1/1‑68 (MQ=255) tggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCACGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGa > 2:103543/1‑150 (MQ=255) gtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACt > 1:630949/1‑150 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcg < 1:99917‑M1/105‑44 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcg > 2:99917‑M1/1‑62 (MQ=255) 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aGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgagcaagcccgctccc < 2:182309‑M2/109‑22 (MQ=255) aGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgagcaagcccgctccc > 1:182309‑M2/1‑88 (MQ=255) tGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacag < 2:57971‑M2/111‑26 (MQ=255) tGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacag > 1:57971‑M2/1‑86 (MQ=255) tGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAA < 2:565654‑M1/49‑1 (MQ=255) tGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAA > 1:565654‑M1/1‑49 (MQ=255) tctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgc < 1:537563‑M1/70‑1 (MQ=255) tctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgc > 2:537563‑M1/19‑88 (MQ=255) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcg > 2:634666‑M2/1‑76 (MQ=255) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcg < 1:634666‑M2/133‑58 (MQ=255) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTg > 1:87935/1‑150 (MQ=255) gCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcg > 1:776267‑M1/1‑37 (MQ=255) gCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcg < 2:776267‑M1/80‑44 (MQ=255) gCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc < 2:630949/150‑1 (MQ=255) acacCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttc < 2:373438‑M2/73‑4 (MQ=255) acacCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttc > 1:373438‑M2/1‑70 (MQ=255) accaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc > 2:278899/1‑144 (MQ=255) accaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc < 1:278899/144‑1 (MQ=255) accaccCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGTTGCCGTGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGCTTTAGACTTTGTGGTCCAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAAcc > 2:312361/1‑150 (MQ=25) ccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttc > 2:690259‑M1/1‑26 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatca < 2:57971‑M1/111‑87 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatca > 1:57971‑M1/1‑25 (MQ=255) gggAGCGGGCTTGCTCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcact > 1:182309‑M1/1‑21 (MQ=255) gggAGCGGGCTTGCTCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcact < 2:182309‑M1/109‑89 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGtt < 2:698517‑M1/100‑1 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGtt > 1:698517‑M1/1‑100 (MQ=255) GGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGc < 2:42864‑M1/150‑1 (MQ=255) 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TTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCg < 2:319676‑M1/135‑1 (MQ=255) TTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATg > 1:42864‑M1/1‑150 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTcc < 2:41291‑M1/64‑1 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTcc > 1:41291‑M1/1‑64 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCt > 1:394327‑M1/1‑117 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCt < 2:394327‑M1/117‑1 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacat < 1:99917‑M2/105‑63 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacat > 2:99917‑M2/1‑43 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgc > 1:776267‑M2/1‑43 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgc < 2:776267‑M2/80‑38 (MQ=255) gAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgt < 2:373438‑M1/73‑71 (MQ=255) gAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgt > 1:373438‑M1/1‑3 (MQ=255) | CAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATG > NC_002947/5594021‑5594309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |