New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3595947 | 31 (1.050) | 5 (0.170) | 5/238 | NT | 14.3% | intergenic (‑462/+4) | PP_3172/nemA | group II intron‑encoding maturase/FMN‑linked N‑ethylmaleimide reductase |
? | NC_002947 | = 4393488 | NA (NA) | intergenic (‑430/+40) | PP_3868/PP_3869 | group II intron‑encoding maturase/sheath protein |
CCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCCGGGCGGGGTCGGTAGTCG > NC_002947/4393354‑4393637 | ccGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACtt > 1:553294/1‑150 (MQ=33) cTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCtt > 1:685147/1‑150 (MQ=255) acTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGtt > 1:390324/1‑150 (MQ=255) ttCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTAc > 2:784108/1‑150 (MQ=255) ccccTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCAGCTCCAAGTGACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGTCTGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGa > 1:439746/1‑150 (MQ=255) ccTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACGAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTc < 1:645568/140‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTtggt < 1:596328/131‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTtggt > 2:596328/1‑131 (MQ=255) ccTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTc > 2:645568/1‑140 (MQ=255) ttGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTtggt > 1:691429/1‑129 (MQ=255) ttGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTtggt < 2:691429/129‑1 (MQ=255) gtAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACCACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAg < 2:89663/150‑1 (MQ=255) gtAGAGGACTCTCACCTCCAAGTCACCCCCTTGGCAACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAg < 2:439746/150‑1 (MQ=255) tAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGc < 1:340910/96‑1 (MQ=32) tAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGc > 2:340910/1‑96 (MQ=32) gagGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCg > 1:157365/1‑150 (MQ=255) tttCACCTCCAACTCACCCACTTGGCCAGCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTCCGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTg > 2:115885/1‑150 (MQ=255) ccTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTAtt > 1:87077/1‑150 (MQ=255) cTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTagt < 2:595395/149‑3 (MQ=255) cTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTAtt > 1:595395/1‑149 (MQ=255) cTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTg > 2:85253/1‑150 (MQ=255) cAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAg > 2:602821/1‑150 (MQ=255) aaGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAgg < 2:630526/150‑1 (MQ=255) aaGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAgg < 2:163851/150‑1 (MQ=255) cACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGACCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCaa < 1:178945/150‑1 (MQ=255) aaCCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCaa > 2:51728/2‑150 (MQ=255) cccACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGc > 2:521105/1‑113 (MQ=255) cccACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGc < 1:521105/113‑1 (MQ=255) ccACTTGGCCACCACAACCAAGCGAGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCa > 1:30093/1‑150 (MQ=255) ttGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCg > 2:137395/1‑150 (MQ=255) ccaccaCAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGc < 2:553294/150‑1 (MQ=255) accacAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTTCGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTa < 2:546839/126‑1 (MQ=255) accacAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTTCGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTa > 1:546839/1‑126 (MQ=255) ccacAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTgg < 1:51728/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCAc < 1:149330/150‑1 (MQ=255) ccAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCAcc < 1:115885/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCAc > 1:436543/1‑147 (MQ=255) aaGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCAc < 2:436543/147‑1 (MQ=255) gcgTTGCGCGTAAGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTa > 1:759146/3‑133 (MQ=255) gcgTTGCGCGTAAGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTa < 2:759146/131‑1 (MQ=255) gTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCcgg < 2:685147/150‑1 (MQ=255) ttGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTgg < 2:371943/108‑1 (MQ=255) ttGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTgg > 1:371943/1‑108 (MQ=255) ttGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCcggc < 1:784108/150‑1 (MQ=255) ttGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCcggc < 1:85253/150‑1 (MQ=255) ttGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTCGAGCACACAAAAATGCCCGCACTTGGCTTGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCcggc < 2:87077/150‑1 (MQ=39) cgcgCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGc < 2:756933/150‑1 (MQ=255) cAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGt < 2:462/150‑1 (MQ=255) aaCGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGtt < 1:137395/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGc > 1:499829/1‑108 (MQ=255) gCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGc < 2:499829/108‑1 (MQ=255) cTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCcgtgtggg < 2:157365/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCcgggcggg < 1:219514/150‑1 (MQ=255) gcgcACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGc < 1:28848/103‑1 (MQ=255) gcgcACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGc > 2:28848/1‑103 (MQ=255) gcACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTgg < 2:57822/77‑1 (MQ=255) gcACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTgg > 1:57822/1‑77 (MQ=255) caAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCCGGGCGGGGTCGGTAGTc < 2:390324/150‑1 (MQ=255) aaaaaGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCCGGGCGGGGTCGGTAGTCg > 1:21810/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTCGTGGATGATTAACTCACGATGCCCCGCACTGTAGGCGGGGCTGGGAGTGTAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCCGGGCGGGGTCGGTAGTCg > 2:489622/1‑150 (MQ=255) | CCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTGGCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCCGGGCGGGGTCGGTAGTCG > NC_002947/4393354‑4393637 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |