New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1651040 | 82 (1.100) | 9 (0.130) | 9/238 | NT | 10.4% | coding (62/2043 nt) | PP_1446 | TonB‑dependent receptor |
? | NC_002947 | = 1651049 | 78 (1.120) | coding (53/2043 nt) | PP_1446 | TonB‑dependent receptor |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAGGTTTTGCCTCTGACCAGCGA > NC_002947/1650891‑1651189 | cGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GG < 2:1334242‑M1/150‑1 (MQ=255) tgctTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑At < 2:765065/150‑1 (MQ=255) tgctTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑At < 2:1321578/150‑1 (MQ=255) ttGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGctgcatcc > 2:752503‑M1/1‑142 (MQ=255) ttAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGcc < 2:1741795‑M2/150‑3 (MQ=255) ttAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGG‑TAACTAGAGTTATCTGCGGTGGTGGCCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCG‑GGGTG‑ATGcagct < 2:1005400/150‑2 (MQ=255) tAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGcca > 1:817803‑M2/1‑147 (MQ=255) aaGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGccag > 2:1490189‑M2/1‑146 (MQ=255) aaGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGccag < 2:1099068‑M2/150‑5 (MQ=255) gTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTCCCCAGCG‑GGGTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCCGccagccag < 2:1565387‑M2/150‑9 (MQ=255) gTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGctgcatcccccagccag < 1:752503‑M1/150‑18 (MQ=255) tttCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCaga < 1:336052/150‑1 (MQ=255) tttCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCaga < 2:126727/150‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGc > 2:1574993/1‑150 (MQ=255) aCCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGc < 2:516199/150‑1 (MQ=255) cccAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGctgcatcccccagccaggcc > 2:1833726‑M1/1‑127 (MQ=255) cccAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGC‑‑‑‑CT‑GGctgcatcccccagccaggccgtagaac < 1:636854‑M1/150‑28 (MQ=255) cccAGGCTGACGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGctgcatcccccagccaggcc < 1:1833726‑M1/147‑21 (MQ=255) tGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCaa > 2:1685089/1‑150 (MQ=255) ccGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAgg > 2:1538241/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAggg < 1:1538241/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAgggg > 1:1298172/1‑150 (MQ=255) gTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAgggg < 1:123741/150‑1 (MQ=255) 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agGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGAAGGGGGAGACCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGgt > 1:449320/1‑150 (MQ=255) gTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGgtgt < 2:201673/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAg > 1:1439261/1‑150 (MQ=255) ttCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAg < 1:1072475/129‑1 (MQ=255) ttCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAg > 2:1072475/1‑129 (MQ=255) ttCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAg > 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aaGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAgg < 1:429615/150‑1 (MQ=255) aaGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAgg > 1:1314710/1‑150 (MQ=255) gTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGccaggccgtagaacttgagccgcaggtcatcaccgccaacccgctgggtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctggg < 1:636854‑M2/150‑124 (MQ=255) gTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAGGtt > 1:199430/1‑150 (MQ=255) ttCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAGGttt > 1:1266172/1‑150 (MQ=255) 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ct‑ggctgcatcccccagccaggccgtagaacttgagccgcaggtcatcaccgccaacccgctgggtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctgggtgaaaccctt > 2:1490189‑M1/1‑4 (MQ=255) t‑ggctgcatcccccagccaggccgtagaacttgagccgcaggtcatcaccgccaacccgctgggtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctgggtgaaaccctta > 1:817803‑M1/1‑3 (MQ=255) ggctgcatcccccagccaggccgtagaacttgagccgcaggtcatcaccgccaacccgctgggtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctgggtgaaacccttaa < 2:1741795‑M1/150‑149 (MQ=255) gggg‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAGGTTTTGCCTCTGACCAGCGa < 2:178089/150‑1 (MQ=255) gggg‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAGGTTTTGCCTCTGACCAGCGa < 1:1785741/150‑1 (MQ=255) gctgcatcccccagccaggccgtagaacttgagccgcaggtcatcaccgccaacccgctgggtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgctc < 2:1820110‑M1/96‑96 (MQ=255) gctgcatcccccagccaggccgtagaacttgagccgcaggtcatcaccgccaacccgctgggtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgctc > 1:1820110‑M1/1‑1 (MQ=255) | CGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCG‑GGTTGGCGGTGATGACCTGCGGCTCAAGTTCTACGGCCTGGCT‑GGGGG‑ATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTTCCTTGGCAGATGCTTTTTAGTGTTACAACATAACATAACTATTCCATCACAGAGGTTTTGCCTCTGACCAGCGA > NC_002947/1650891‑1651189 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |