| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1780109 = | 33 (0.440) | 15 (0.240) | 12/216 | NT | 41.6% | intergenic (+26/+80) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| ? | NC_002947 | 1780171 = | 14 (0.220) | intergenic (+88/+18) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase | |||||
GGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCC > NC_002947/1779965‑1780225 | tacctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCg > 2:1213829‑M1/145‑150 (MQ=255) aGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGcgaagg < 1:549431/150‑6 (MQ=255) aGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGcgaagg > 2:549431/1‑145 (MQ=255) cGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATAGTACGCACCCGTTGTGTTAGGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCcaca < 1:1866504/150‑1 (MQ=255) cgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAg > 1:89469‑M1/136‑150 (MQ=255) cgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAg > 1:1396935‑M1/136‑150 (MQ=255) tGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTa < 2:564220/150‑1 (MQ=255) gtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGccc > 2:1379467‑M1/121‑125 (MQ=255) gtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGccc < 1:1379467‑M1/5‑1 (MQ=255) ccTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAcagcgctgatttc > 1:1794593/1‑145 (MQ=255) cTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAcagcgctgatttca > 1:1816343/1‑144 (MQ=255) cTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTg > 2:720045/1‑150 (MQ=255) gCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGaa < 2:1768612/150‑1 (MQ=255) tCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAgc < 2:662948/150‑1 (MQ=255) gCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAg < 2:246448/122‑1 (MQ=255) gCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAg > 1:246448/1‑122 (MQ=255) gCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCt > 2:1263814/1‑150 (MQ=255) gcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCt > 2:1771834‑M1/102‑150 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCtgt > 1:67360/1‑150 (MQ=255) tgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCtgtg > 2:356578‑M1/99‑150 (MQ=255) gggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCtgtg < 2:67360/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCTCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:192812/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:1598133/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:751506/150‑1 (MQ=255) gcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCt > 2:1544125‑M1/96‑144 (MQ=255) gcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCt < 1:1544125‑M1/49‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACATGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg < 1:1263814/150‑1 (MQ=255) gcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCT‑‑‑‑‑TGAA‑ATCAGCGCTGTACCTATgg > 2:155182‑M1/91‑138 (MQ=255) gcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCT‑‑‑‑‑TGAA‑ATCAGCGCTGTACCTATgg < 1:155182‑M1/48‑1 (MQ=255) gtgCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 2:1635375/150‑1 (MQ=255) tgCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGACTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGATTTCAAG‑CGCAGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGCGcc > 2:1119762/1‑150 (MQ=17) aaGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTG‑ATTTCAAGCGCAGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGaa < 1:1119762/150‑1 (MQ=14) aGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAg < 1:720045/150‑1 (MQ=255) gCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGGA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGt > 2:1596914/1‑142 (MQ=255) gCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGGA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGt < 1:1596914/142‑1 (MQ=255) tatGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTAc < 2:1381857/106‑1 (MQ=255) tatGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTAc > 1:1381857/1‑106 (MQ=255) gcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCtgt > 2:1541055‑M1/58‑108 (MQ=255) gcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCtgt < 1:1541055‑M1/51‑1 (MQ=255) tgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACtgcgctgcgc < 2:154552/82‑1 (MQ=255) tgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACtgcgctgcgc > 1:154552/1‑82 (MQ=255) gagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGt > 2:1206788‑M1/52‑96 (MQ=255) gagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGt < 1:1206788‑M1/45‑1 (MQ=255) cGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcg > 1:110378/1‑150 (MQ=255) cTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAAt > 1:1602160/1‑150 (MQ=255) ggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCa > 2:301157/1‑123 (MQ=255) ggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCa < 1:301157/123‑1 (MQ=255) cttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCtgt > 2:382529‑M1/38‑88 (MQ=255) cttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCtgt < 1:382529‑M1/51‑1 (MQ=255) tCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACCGCAACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAGGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTccgcc > 1:1294343/1‑150 (MQ=255) gctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTg < 2:990097‑M1/44‑1 (MQ=255) aaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGt > 2:379519‑M1/17‑61 (MQ=255) aaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGt < 1:379519‑M1/45‑1 (MQ=255) | GGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAA‑ATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCC > NC_002947/1779965‑1780225 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |