| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2295841 | 47 (0.630) | 11 (0.180) | 6/206 | NT | 21.8% | intergenic (+44/+89) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| ? | NC_002947 | = 2295878 | 41 (0.680) | intergenic (+81/+52) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein | |||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCG > NC_002947/2295692‑2295989 | ccatgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA > 2:128641‑M1/1‑150 (MQ=255)ccatgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA < 1:1543147‑M1/150‑1 (MQ=255) catgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAac > 1:1807046/1‑150 (MQ=255) ccGACAGCAGCTAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCATGAACCAACACTGATCTGGTTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCg < 2:479241/150‑1 (MQ=255) ccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCg < 2:7725/150‑1 (MQ=255) gACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGc > 1:370306/1‑150 (MQ=255) gACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGc > 2:685716/1‑150 (MQ=255) agcagcAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCaga < 1:756880/150‑1 (MQ=255) cagcaAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGc < 2:997456/150‑1 (MQ=255) aaGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt < 1:570115/150‑1 (MQ=255) gatCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGNCCTTGTGGGNGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCa < 1:87878/148‑1 (MQ=255) ccacccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCACGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCACAGCCGGTGCCAtagatc > 2:87878/1‑145 (MQ=255) ccccaGCTCCACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCCGCCCTGAGTGGCACGCACCACCACTTCTCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCAGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGGCGGTGCCATCCACcgccg > 2:610634/4‑148 (MQ=38) ccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCgg > 1:300126/1‑150 (MQ=255) acaGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTg > 2:301786/1‑150 (MQ=255) gCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTTGGTGCGTGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGccc < 1:1179570/150‑1 (MQ=255) tACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCAAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑c < 2:1616420/150‑1 (MQ=255) acCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCCCCCCCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCAGCGAAgtgggcaccgcggtggatggcaccggcagagccggtgcca < 1:441320‑M1/150‑41 (MQ=255) 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gCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAcaccggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgg < 1:823553‑M1/150‑46 (MQ=255) aGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggca > 2:1546239‑M2/1‑140 (MQ=255) gTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggcat < 2:268549‑M2/150‑12 (MQ=255) tACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggcatg < 2:1076976‑M2/150‑13 (MQ=255) ggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtcctTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGc > 1:381795‑M1/77‑150 (MQ=255) 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aTGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctc < 2:1345344‑M1/105‑30 (MQ=255) aTGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctc > 1:1345344‑M1/1‑76 (MQ=255) cTGATTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcggg < 1:782086‑M1/113‑46 (MQ=255) cTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcggg > 2:782086‑M1/1‑68 (MQ=255) gCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATGCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAAt > 2:1034062/1‑150 (MQ=255) gCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGc < 1:294461/150‑1 (MQ=255) accaccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGcc < 2:1201603/133‑1 (MQ=255) accaccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGcc > 1:1201603/1‑133 (MQ=255) ccaccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGC‑GGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAc < 1:682745/150‑1 (MQ=255) caccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAc < 2:1121844/150‑1 (MQ=255) cacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACTGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCAt > 1:217612/1‑150 (MQ=255) 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gggAGCGGGCATCCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggcgctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctg < 1:52525‑M1/150‑130 (MQ=255) GGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGAc < 2:175110‑M1/86‑1 (MQ=255) GGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGAc > 1:175110‑M1/1‑86 (MQ=255) GCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCAccc < 2:1703946‑M1/150‑1 (MQ=255) gggCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcag > 2:886195‑M1/1‑15 (MQ=255) gCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggt > 2:1675094‑M1/1‑13 (MQ=255) GCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGAc > 2:805274‑M1/1‑79 (MQ=255) cATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggta < 2:1076976‑M1/150‑139 (MQ=255) CATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGCAGCCAGCCACCCCtccc > 2:26818‑M1/1‑149 (MQ=255) tGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggtact > 2:1546239‑M1/1‑10 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcag > 2:782086‑M2/1‑45 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccaatcag < 1:782086‑M2/113‑69 (MQ=255) CCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcccgcca < 2:753207‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccagcca < 1:713591‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacacggaccgcacacaacccagatcagcggtggtacttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcgggtactgcc > 2:721870‑M1/1‑7 (MQ=255) ccGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggtactgct < 1:26818‑M1/150‑144 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCGGTGttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggtactgc < 1:823553‑M2/150‑106 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggcatgcccgctcccacacggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggtactgct < 1:1103052‑M2/150‑107 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgagggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggtactgct < 2:689334‑M2/150‑107 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccagccag < 2:1649061‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccagccag > 1:268549‑M1/1‑150 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccagccag < 2:657579‑M1/150‑1 (MQ=255) cgAAgcgggccccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggtactgctcgg < 1:1423845‑M1/150‑147 (MQ=255) gAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCGG‑Tgttcgcgggcatgcccgctcccacaaggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattggcgctctggcgcaggtactgctcgg > 2:823553‑M2/1‑40 (MQ=255) gAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggcatgcccgctcccacacggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattg < 1:855725‑M2/124‑85 (MQ=255) gAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑Cttcgcgggcatgcccgctcccacacggacctcacacaagccagatcagtggtggtgcttgccactcagggccgcatggaaattg > 2:855725‑M2/1‑40 (MQ=255) AACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCg > 1:1649061‑M1/1‑150 (MQ=255) AACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCg > 1:1123516‑M1/1‑150 (MQ=255) | CCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCG‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCG > NC_002947/2295692‑2295989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |